从兰贵人到太后
慈禧太后，那拉氏，祖居叶赫，故称叶赫那拉。满洲镶蓝旗人。道光十五年十月十日（1835 年11月29日）生于北京。父惠徵，曾任安徽宁池太广道。咸丰元年（1851），咸丰皇帝诏选秀女。次年，那拉氏被选入宫，封兰贵人。咸丰四年（1854），晋封懿嫔。咸丰六年三月二十三日（1856年4月27日），生皇长子载淳，晋封懿妃。咸丰七年（1857），晋封懿贵妃。从此，她在宫中的地位，仅次于咸丰帝的皇后钮钴禄氏。由于得到咸丰帝的宠幸，“时时披览各省章奏”，开始干预朝廷政事。
咸丰十年七月（1860 年8月），英法联军攻陷大沽炮台，占领天津，进逼北京。八月初七日（9月21日），清军与英、法侵略军大战于八里桥，清军失利，次日黎明，咸丰帝带着皇后、妃嫔、子女和一些贵族官僚匆匆从圆明园逃往热河（今河北省承德市）避暑山庄。留下他的异母弟恭亲王奕�与英、法侵略军进行谈判。
咸丰帝即将出逃时，懿贵妃极力谏阻，忤逆了咸丰帝的意旨。到达避暑山庄之后，肃顺乘机劝说咸丰帝像汉武帝赐死钩弋夫人那样杀掉懿贵妃。咸丰帝“濡需不忍”，没有按他的意见办。但是，懿贵妃已“声势大减，诸所钻求，不敢轻诺”了。
咸丰十一年七月十七日（1861年8月22日），咸丰帝病死于避暑山庄，6岁的载淳即皇帝位，年号祺祥。尊皇后为母后皇太后，尊懿贵妃为圣母皇太后。不久，又分别加上徽号，称慈安太后、慈禧太后，俗称东太后、西太后。
除“八大臣”，垂帘听政
咸丰帝临死的时候，一方面派怡亲王载垣、郑亲王端华、御前大臣景寿、尚书肃顺、军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛等8 人赞襄一切政务，另一方面又赐给皇后和载淳各一颗图章作为权力的象征。发布谕旨，均由赞襄政务王大臣草拟缮递后，请皇太后、皇上钤用图章发下。上曰“御赏”二字，下曰“同道堂”三字以为符信。慈禧太后则以皇帝生母的身份代行皇帝的职权。当时人称这种体制是“垂帘辅政，盖兼有之”。
但是，载垣等人为了独揽大权，不仅排斥远在北京的奕�，也不愿两位皇太后干预朝政。慈禧太后非常不满，她首先说服慈安太后，然后派人和奕�取得联系。奕�不顾载垣等以皇帝名义发布的“无庸前赴行在”的上谕，请求叩谒梓宫。八月初一日（9月5日），奕�到达热河，哭祭后，慈禧太后传旨召见，载垣等极力阻挠。但是，慈禧坚决要见，多次派太监传旨。奕�请端华作陪，端华目视肃顺，肃顺笑着说：“老六，汝与两宫叔嫂耳，何必我辈陪哉！”于是，奕�单独进见，和慈禧、慈安太后秘密策划从载垣等手中夺权。奕�认为，热河是载垣等的势力范围，要除掉他们，非回北京不可。慈禧太后担心外国人出面干涉，奕�满有把握地说：“外国无异议，如有难，惟奴才是问。”这次密谈，长达两个多小时。在一切安排就绪之后，奕�离开热河，连夜赶回北京。
八月初六日（9 月10日），山东道监察御史董元醇奏请皇太后权理朝政，更于亲王中简派一二人，令同心辅弼一切事务。慈禧太后看后，非常高兴，召载垣等面谕照所请传旨。载垣等却以祖宗旧制向无皇太后垂帘之礼为理由，坚持写明发上谕痛加驳斥，并由焦佑瀛起草了一份措辞严厉的上谕稿，送交慈禧太后。慈禧太后将它和董元醇的原折留下，不予发抄。慈禧太后召见载垣等人，载垣等怒形于色，说他们是“赞襄皇上，不能听太后之命”，“请太后看折，亦系多余之事”。慈禧太后气得两手颤抖，小皇帝吓得直哭，把慈禧太后的衣服也尿湿了。慈安太后从中调停，劝双方“留着明日再说”。第二天清晨，慈禧太后没有传旨召见。载垣等以“搁车”相威胁，发下的折件，他们拒绝开视，说：“不定是谁来看。”到了中午，慈禧太后才将董元醇的奏折和焦佑瀛所拟谕旨发下照抄。载垣等要求钤用图章，慈禧太后也照办了。载垣等始“照常办事，言笑如初”。载垣等以为，慈禧太后已经向他们屈服，不再把慈禧太后放在心上。而慈禧太后则利用对方的麻痹，积极进行政变的准备。九月十八日（10月21日），慈禧太后就在热河行宫让她的妹夫、咸丰帝的异母弟醇郡王奕譞草拟谕旨，准备回北京后发布。
根据奕�在热河时一同商定的日程，九月二十三日（10月26日），咸丰帝的梓宫从避暑山庄启运回京。慈禧、慈安太后和载淳在避暑山庄丽正门外恭送梓宫上车后，就从小路先行，同行的有载垣、端华、景寿、穆荫。肃顺则和奕�等随梓宫后发。赞襄政务王大臣中的三位核心人物——载垣、端华、肃顺，被巧妙地分割开了。
九月二十八日（10 月31日），慈禧太后到达石槽，钦差大臣、督办直隶山东军务、兵部右侍郎胜保，奏请皇太后亲理大政，并另简近支亲王辅政。九月二十九日（11月1日），慈禧太后一行进德胜门回宫。三十日（2日），大学士贾桢、周祖培，户部尚书沈兆霖、刑部尚书赵光4人联名上疏，请皇太后亲操政权以振纪纲而防流弊。政变的时机已经成熟，于是慈禧太后以皇帝的名义发布早在热河就已经拟好的上谕，以不能尽心和议、阻挠咸丰帝国銮、反对太后垂帘等罪名，将载垣、端华、肃顺解任，令景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛退出军机处。接着，慈禧太后又以载垣、端华“肆言不应召见外臣，擅行阻拦”，将载垣、端华、肃顺革去爵职拿问。不久，肃顺被斩首，载垣、端华赐令自尽，景寿，穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛均被革职。之后，决定改年号为同治，以翌年为同治元年。
咸丰十一年十一月一日（1861年12月2日），载淳奉两宫皇太后在养心殿垂帘听政。奕�任议政王、军机大臣，管理总理各国事务衙门事务，集内政外交大权于一身，成为统治集团的核心人物。
惩儆恭亲王奕�
慈禧太后登上最高统治者的宝座之后，依靠曾国藩、李鸿章组织的地主武装湘军和淮军，勾结外国侵略势力，先后镇压了太平天国、捻军和云南、贵州、陕西、甘肃等地的苗民、回民起义，使清皇朝的统治得到暂时稳定。在统治集团内部她一方面采用洋务派“自强”和“求富”的方针，购买洋枪、洋炮，训练海军、陆军，开办一些新式的军事工业和民用工业以加强清皇朝的实力，另一方面又支持顽固派对洋务派进行牵制以巩固自己的统治。
随着慈禧太后地位的巩固，她和奕�之间的矛盾日益尖锐。
同治四年三月四日（1865 年3月30日），编修蔡寿祺上疏弹劾奕�贪墨、骄盈、揽权、徇私，并要他“归政朝廷，退居藩邸，请别择懿亲议政”。尽管所劾各款，均无实据，但是，慈禧太后于三月初七日（4月2日）召见倭仁、周祖培等人时，却交给他们一份别字连篇的朱谕，指责奕�：“从议政以来，妄自尊大，诸多狂敖（傲）。以（倚）仗爵高权重，目无君上。看朕冲龄，诸多挟致（制）。往往谙始（暗使）离间，不可细问。每日召见，趾高气扬。言语之间，许多取巧，满口中胡谈乱道。”谕令革去他的一切差使。这道朱谕，经周祖培等人修改后，当日由内阁颁发。
但是，这种做法，遭致许多亲王和大臣的反对。次日，惇亲王奕誴上书慈禧太后，说：“恭亲王自议政以来，办理事务，未闻有昭著劣迹，惟召对时语言词气之间诸多不检，究非臣民所共见共闻。而被参各款，查办又无实据，若遽行罢斥，窃恐传闻中外，议论纷然，于用人行政，似有关系，殊非浅鲜。”请求“饬下王公大臣集议，请旨施行”。当天，慈禧太后召见孚郡王奕譓及军机大臣文祥等3 人，令传谕王公大臣翰詹科道明日于内阁会议，将惇王、蔡寿祺的奏折发下，并对文祥等说：“恭亲王于召见时一切过失，恐误正事，因蔡寿祺折，不能不降旨示惩。惇王折亦不能不交议。均无成见，总以国事为重。朝廷用舍，一秉大公，从谏如流，固所不吝。君等固谓国家非王不治，但与外廷共议之，合疏请复任王，我听许焉可也。”于是，北京城内盛传慈禧太后的怒气已消，她对奕�仍然信任。宫中甚至传说，恭亲王将再行辅政。
但是，在会议之前，慈禧太后召见倭仁、周祖培、瑞常、万青藜、基溥、吴廷栋、王发桂等时，却讲了另一番话，她说：“恭王狂肆已甚，必不可复用。即如载龄人材，岂任尚书者乎？而王必予之。惇王今为疏争，前年在热河言恭王欲反者非惇王耶？汝曹为我平治之。”召见后，倭仁等至内阁与王公大臣等会议，转述了慈禧太后的意见，文祥也转述了昨天慈禧太后召见时的谈话。这两种意见，截然相反。诸臣相顾愕然，无所适从，不成议而散，定三月十四日（4月9日）再议。
三月十三日（4 月8日），醇郡王奕譞自东陵赶回北京，急上一疏为恭王求情，他说：“恭亲王感荷深恩，事烦任重，其勉图报效之心，为我臣民所共见。至其往往有失于检点之处，乃小节之亏，似非敢有心骄傲，且被参各款，本无实据，若因此遽尔罢斥，不免骇人听闻，于用人行政，殊有关系。”请求慈禧太后宽其既往，令其改过自新，以观后效。慈禧太后将这一奏折也发交王大臣会议。
三月十四日，王大臣等再次在内阁会议，仍然议论纷纭。倭仁按照前日慈禧太后的面谕，起草了一份疏稿，认为醇王等疏可置勿议。肃亲王隆■惑等则赞同醇王的意见，写成另一疏稿，许多人表示赞同。倭仁不得不4 次修改自己的疏稿。后来，军机大臣名列于倭仁折；礼亲王世铎及王公宗室大臣70余人则署名于肃王折；都察院、宗人府别有折；内阁学士殷兆镛、潘祖荫，给事中谭锺麟、广成，御史洗斌，学士王维珍等均有折上呈。慈禧太后感到这个问题如果得不到妥善解决，不仅会遭到统治集团内部的反对，而且会引起外国的干涉。既然惩儆的目的已经达到，于是顺水推舟，于十六日发布上谕：恭亲王奕�著即加恩仍在内廷行走，并仍管理总理各国事务衙门事务。四月十四日（5月8日），慈禧太后又以奕�因谢恩召见，伏地痛哭，深自引咎，颇知愧悔为理由，让他仍在军机大臣上行走，议政王名目则不再恢复，奕�的权力，被大大地削弱了。
同治十二年一月二十六日（1873年2月23日），同治帝亲政，两宫太后撤帘归政。
再次垂帘听政
同治十三年十一月一日（1874年12月9日），同治帝染病，御医诊断为天花。在慈禧太后的授意下，所有内外各衙门陈奏事件，又由她批览裁定。
同治十三年十二月初五日（1875 年1月12日）酉刻，同治帝死于养心殿东暖阁。戌刻，慈禧、慈安太后就在养心殿西暖阁召见奕誴、奕�、奕譞、李鸿藻、徐桐、翁同龢等20余位王公大臣。慈禧太后首先发问：“此后垂帘如何？”一位军机大臣回答说：“宗社为重，请择贤而立，然后恳乞垂帘。”慈禧太后说：“文宗无次子，今遭此变，若承嗣年长者，实不愿，须幼者乃可教育。现在一语即定，永无更移，我二人同心，汝等敬听。”她选的这个人，就是醇亲王奕惇的儿子，她的侄子，年仅4岁的载湉。这个决定使与会诸臣都感到吃惊，醇亲王奕譞“惊遽敬唯，碰头痛哭，昏迷伏地，掖之不能起”。
诸臣遵命，退至军机处拟旨。慈禧太后派遣御前大臣及孚郡王奕譓等以暖舆前往宣武门外太平湖醇亲王府迎接载湉。初六日（13日）凌晨，数百名侍卫和太监手提灯笼，簇拥着4岁的载湉，蟒袍补褂入大清门，从正路入乾清门，至养心殿谒见两宫皇太后，以承继文宗显皇帝为子的名义入承大统为嗣皇帝，年号光绪。慈禧、慈安太后又一次垂帘听政。
光绪七年三月九日（1881年4月7日），45岁的慈安太后突然死去。她的死因引起人们的怀疑。有人认为，慈安太后是被慈禧太后毒死的。光绪十年三月（1884年4月），中法战争中，清军接连受挫。慈禧太后以奕�“因循委靡，决难振作”为借口，免去他的一切职务，撤去恩加双俸，家居养疾。宝鋆、李鸿藻、景廉、翁同龢等四位军机大臣全部罢免。令礼亲王世铎在军机大臣上行走。庆郡王奕劻管理总理各国事务衙门事务。世铎、奕劻，才具平庸，惟慈禧太后之命是听。慈禧太后的权力得到进一步加强。
光绪十一年二月（1885年3月），清军大败法军于镇南关（今友谊关），法国茹费理内阁倒台。慈禧太后不顾中国军民的反对，决意乘胜求和，下令撤军，并授权李鸿章与法国公使巴德诺于四月二十七日（6月9日）在天津签订《中法新约》。
光绪十二年六月十日（1886 年7月11日），慈禧太后面谕醇亲王奕譞及军机大臣世铎等：自本年冬至大祀圜丘为始，皇帝亲诣行礼，并著钦天监选择吉期，于明年举行亲政典礼。光绪帝当即长跪恳辞，奕譞、世铎等也恳请从缓，都遭到慈禧太后的拒绝。不久，发布懿旨：“皇帝亲政典礼，于明年正月十五日举行。”王大臣等又纷纷上书恳请训政。经过再三请求。慈禧太后才表示同意于皇帝亲政后，再行训政数年。
光绪十四年十月五日（1888 年11月8日），由慈禧太后作主，将自己的胞弟副都统桂祥之女指立为光绪帝的皇后，侍郎长叙的两个女儿同时入选，封瑾嫔、珍嫔。次年，大婚礼成。二月初三日（3月4日），慈禧太后撤帘归政。御史屠仁守请明降懿旨：外省密折，廷臣封奏，仍书皇太后圣鉴字样，恳恩批览，然后施行。慈禧太后斥为“乖谬”，将屠仁守开去御史，交部议处。但是，慈禧太后的急于归政，并不是她自愿放弃权力，她的一再推辞，甚至处分屠仁守，只不过是企图使人们相信“垂帘听政，本非意所乐为”，她的垂帘听政、训政，都是“一时权宜”，出于“万不得已”。
六十寿典与中日甲午战争的失败
光绪十一年九月（1885年10月），成立海军衙门，派醇亲王奕譞总理海军事务，庆郡王奕劻、大学士直隶总督李鸿章为会办。他们禀承慈禧太后的意旨，以办海军的名义，修葺咸丰十年（1860年）被英法联军焚毁的清漪园。为了掩人耳目，恢复昆明湖水操，并设水师学堂于昆明湖。
光绪十四年二月一日（1888年3月13日），以光绪帝的名义发布上谕，将这一工程公开，取“颐养冲和”的意思，将清漪园改名颐和园。
光绪二十年十月初十日（1894 年11月7日）是慈禧太后的60岁生日，准备在颐和园大规模地进行庆祝。光绪十八年十二月（1893年1月），委派礼亲王世铎、庆郡王奕劻总办万寿庆典。不久，又成立庆典处，专办庆典事宜。仿照乾隆年间为皇太后祝寿的成例，自紫禁城西华门至颐和园东宫门跸路所经，分设60段点景，建造各种不同形式的龙棚、经坛、戏台、牌楼和亭座。江南、杭州、苏州三个织造衙门，特造彩绸10万匹，以供庆典之需。
光绪二十年六月（1894年7月），中日战争爆发，中外舆论都认为中国必胜。光绪帝主战，慈禧太后亦主战，“不准有示弱语”。但是，当有人建议停止颐和园工程、停办点景，移作军费的时候，慈禧太后却非常生气，说：“今日令吾不欢者，吾亦将令彼终身不欢。”后来，清军在朝鲜战场上接连失利，北洋海军又在黄海之战中受到严重挫折，慈禧太后转而支持李鸿章避战求和的方针，幻想外国出面调停。由于形势日益紧张，慈禧太后不得不宣布：“所有庆辰典礼，著仍在宫中举行，其颐和园受贺事宜，即行停办。”在大连陷落，旅顺危急的情况下，慈禧太后在宁寿宫度过了她的60岁生日。
十月二十四日（11月21日），旅顺失守。美使田贝根据美国政府的指示为中日调处，先令停战，若议不成，再开战。光绪帝认为，“冬三月倭人畏寒，正我兵可进之时而云停战，得无以计误我耶？”不愿接受。主战派与主和派之间的斗争更加激烈。珍妃之兄礼部侍郎志锐“上书画战守策，累万言”。并与文廷式等弹劾李鸿章、孙毓汶、徐用仪等主和派大臣。为了打击主战派，十月二十九日（11月26日），慈禧太后以“近来习尚浮华，屡有乞请之事”为借口，将晋封不久的瑾妃、珍妃降为贵人。一天之后，又说珍妃位下太监高万枝“诸多不法”，交内务府杖毙。接着，将奉光绪帝之命在热河练兵的志锐召回北京，调充乌里雅苏台参赞大臣，并裁撤满汉书房以孤立光绪帝。但是，主战的呼声并未因之停止。十二月初一日（12月27日），御史安维峻上书，请杀李鸿章并弹劾军机大臣，认为“此举非议和也，直纳款耳，不但误国，而且卖国”。并托之传闻说，“和议出自皇太后，太监李莲英实左右之”。尽管他表示对于这样的传闻“未敢深信”，而“未敢深信”的理由则是：“皇太后既归政，若仍遇事牵制，将何以上对祖宗，下对天下臣民？”把予头直接指向慈禧太后。慈禧太后大怒，将安维峻革职，发往军台效力赎罪。
光绪二十一年正月十三日（1895 年2月7日），刘公岛陷落，北洋海军全军覆没。而清廷派往日本议和的使臣张荫桓、邵友濂又遭到拒绝，日本要求另派十足全权、曾办大事、名位最尊、素有声望的人为谈判代表。慈禧太后决定派遣李鸿章为全权代表赴日议。这时，李鸿章已被拔去三眼花翎，褫去黄马褂，革职留任。正月十八日（2月12日），慈禧太后面谕军机大臣：“即著伊去，一切开复，即令来京请训。”奕�说：“上意不令来京。如此，恐与早间所奉谕旨不符。”慈禧太后说：“我自面商。既请旨，我可作一半主张也。”次日，发布上谕，李鸿章著赏还翎顶，开复革留处分，并赏还黄马褂，作为头等全权大臣前往日本议和。三月二十三日（4月17日），李鸿章与日本代表签订了《马关条约》。
戊戌政变
中日甲午战争之后，帝国主义掀起了一个瓜分中国的狂潮，民族危机空前严重，在维新运动的影响下，光绪帝锐意变法，遭到了守旧势力的激烈反对。光绪帝曾对庆亲王奕劻说： “太后若仍不给我事权，我愿退让此位，不甘作亡国之君。”奕劻转告慈禧太后，慈禧太后非常生气说：“他不愿坐此位，我早已不愿他坐之。”奕劻再三劝说，慈禧太后才表示同意，“由他去办，俟办不出模样再说。”光绪二十四年四月初十日（1898年5月29日），恭亲王奕�病死。四月二十三日（6月11日），慈禧太后面告光绪帝：“前日御史杨深秀、学士徐致靖言国是未定，良是。今宜专讲西学，明白宣示。”于是，光绪帝发布了由翁同龢起草的定国是诏。四月二十五日（6月13日），诏命康有为等于二十八日（16日）进见。二十七日（15日），慈禧太后却迫使光绪帝下诏，将协办大学士、户部尚书翁同龢开缺回籍；并接连发布几道上谕：命王文韶来京陛见，以荣禄暂署直隶总督，嗣后在廷臣工，如蒙皇太后赏加品级及补授满汉侍郎以上各官，均著于具折后诣皇太后前谢恩，各省将军、都统、督抚、提督等官，亦著一体具折奏谢。又寄谕荣禄，定于本年秋间恭奉太后由火车路巡幸天津阅操。五月初五日（6月23日），王文韶补授户部尚书，在军机大臣上行走；荣禄补授直隶总督，兼充办理通商事务北洋大臣，节制北洋三军；崇礼补授步军统领，将人事、财政和军事大权牢牢掌握在自己手里。
当变法的诏书接连而下的时候，守旧官员非常惶恐，多跪请于太后，请她出面禁止，慈禧太后笑而不言。有人再三哭求，慈禧太后笑着说：“汝管此闲事何为乎？岂我之见事犹不及汝耶？”七月十九日（9月4日），礼部尚书怀塔布等阻格王照条陈事务，光绪帝一怒之下，将礼部尚书怀塔布、许应骙、侍郎堃岫、徐会沣、溥■、曾广汉6人同时革职。怀塔布的妻子向慈禧太后哭诉，慈禧太后对怀塔布深表同情，“召赴颐和园，详询本末，令其暂且忍耐”。二十日，光绪帝赏给谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭4人四品卿衔，在军机章京上行走，参预新政事宜。康有为建议仿先朝开懋勤殿故事，选举英才，并延请东西洋专门政治家日夕讨论，讲求治理。光绪帝令谭嗣同拟旨，并让他查阅历朝圣训，将康熙、乾隆、咸丰三朝开懋勤殿故事写进上谕。七月二十九日（9月14日），光绪帝去颐和园向慈禧太后请求开设懋勤殿，“太后不答，神色异常”。光绪帝感到自己的处境非常危险，召见杨锐，赐给密诏，要他与林旭、刘光第、谭嗣同及诸同志妥速筹商良策。谭嗣同建议争取正在小站练兵的直隶按察使袁世凯的支持。八月初一日（9月16日），光绪帝在颐和园玉澜堂召见袁世凯，著开缺以侍郎候补，专办练兵事务。初三日，谭嗣同夜访法华寺，劝袁世凯于初五日（20 日）请训时，请光绪帝面付朱谕一道，令其带领本部兵赴天津，见荣禄，出朱谕宣读，立即正法，即以袁某代为直隶总督，传谕僚属，张挂告示，布告荣禄大逆罪状，即封禁电局、铁路，迅速载所部兵入京，“派一半围颐和园，一半守宫”。袁世凯表示同意，并满有把握地说：“诛荣禄如杀一狗耳！”但是，守旧势力并没有睡觉。早在七月二十日（9月5日）以后，怀塔布、立山、杨崇伊等就先后前往天津与荣禄密谋。袁世凯奉诏入京之后，荣禄即假称有英国兵船数只游弋大沽海口，传令各营整备听调。令聂士成带兵10营来津，驻扎陈家沟，以断袁军入京之路，并派人给袁送信，要他立即回防。这时，日本前首相伊藤博文已到达北京，光绪帝准备于八月初五日（9月20日）召见。一些维新派人士认为，如果任用伊藤等人，就可以使新政成功，国家转危为安。守旧势力则认为：“伊藤果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人。”八月初三日（9月18日），御史杨崇伊通过庆亲王奕劻呈递密折，指控维新派“蛊惑人心，紊乱朝政，引用东人，贻误宗社”，并“吁恳皇太后即日训政，以遏乱谋”。这天，奕劻、载漪同赴颐和园，哭请太后训政，并说：“伊藤已定于初五日（20日）觐见，俟见中国事机一泄，恐不复为太后有矣。”慈禧太后立即决定，改变原定计划，提前于初四日（19日）由颐和园还宫。慈禧太后直入光绪帝寝宫，抄走了所有的奏折，当即令人将光绪帝送往瀛台。从此，光绪帝失掉了人身自由，尽管八月初五日（9月20日）袁世凯请训，伊藤博文觐见，都按原计划进行，但是，这些活动，都有慈禧太后的心腹严密监视。
八月初六日（9月21日），慈禧太后以光绪帝的名义发布上谕，由慈禧太后再行训政。就在这一天，慈禧太后以“结党营私，莠言乱政”的罪名，将工部候补主事康有为革职，并令步军统领衙门将康有为及其弟康广仁拿交刑部治罪。以“滥保匪人，平素声名恶劣”的罪名，将御史宋伯鲁革职，永不叙用。
八月初八日（9 月23日），慈禧太后在勤政殿举行训政大典。由于袁世凯的告密，慈禧太后已经知道康有为等的密谋。初九日（24日），又下诏将张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第革职，交步军统领衙门拿解刑部审讯。未俟复奏，即以“与康有为结党，隐图煽惑”的罪名，于十三日将康广仁、杨深秀、谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第6人杀害。康有为、梁启超在外国人的帮助下逃亡国外。许多参与或支持维新变法的官员，分别受到了降级、革职、流放的处分。一切新政全被废除，一场自上而下的救亡图存的维新运动，被以慈禧太后为首的守旧势力扼杀了。
但是，慈禧太后并不以此为满足，她还想以光绪帝病重为借口，另立新君。由于列强和一些地方督抚的反对，慈禧太后的计划没有实现。
最后，慈禧太后采纳了荣禄的建议，以光绪帝“痼疾在躬，艰于诞育”为理由，于光绪二十五年十二月二十四日（1900年1月24日），立端郡王载漪之子溥儁为大阿哥。
对义和团的抚与剿，对帝国主义屈膝投降
义和团运动刚刚在山东兴起、开展“灭洋仇教”的反帝斗争的时候，慈禧太后是一意主剿的。她曾多次谕令地方督抚“实力搜剿，毋得养痈贻患”。随着义和团运动的发展和帝国主义侵略的加深，慈禧太后的态度逐渐发生变化。光绪二十五年十一月四日（1899年12月6日），慈禧太后屈服于帝国主义的压力，撤换了同情和支持义和团的山东巡抚毓贤而代之以袁世凯。但是，在十天之内，她接连三次发布谕旨，要袁世凯严饬各属，“遇有民教之案，持平办理，不可徒恃兵力”。总以弹压解散为第一要义，“倘办理不善，以致腹地骚动，惟袁世凯是问”。这时的慈禧太后，既不敢得罪帝国主义，又害怕一味操切，会激成巨祸。她希望各省督抚慎选贤吏，整饬地方，与民休息。遇有民教词讼，持平办理，不稍偏重，化大为小，化有为无，从而达到“固根本”、“联邦交”的目的。后来，山东义和团由于袁世凯的镇压，遭受了严重的损失，直隶的义和团却得到迅猛的发展，并进入北京。光绪二十六年四月二十四日（1900年5月22日），涞水义和团杀死了前往镇压的清军副将杨福同。二十九日，义和团约30000人占据了涿州。各国驻华公使在照会清廷强烈要求镇压义和团之后，又不顾清廷的反对，坚持调兵进京保护使馆。五月初三日（5月30日），军机大臣、刑部尚书兼顺天府尹赵舒翘、顺天府尹何乃莹奏称：义和团声势浩大，“诛不胜诛，不如抚而用之，统以将帅，编入行伍，因其仇教之心，用作果敢之气，化私忿而为公义，缓急可恃”。对于这样的意见，慈禧太后非常欣赏。但是，义和团是否可靠，慈禧太后还没有把握。五月初九日（6月5日），慈禧太后派遣赵舒翘、何乃莹前往涿州，“名为宣旨解散，实隐察其情势”。次日，慈禧太后又加派协办大学士刚毅前往涿州。当晚，慈禧太后召集王公大臣密议对付义和团的策略，经过激烈的争论，决定对义和团实行招抚。十二日（8日）夜间，各国驻京领事分别收到本国公使请即火速调兵进京的急电，立即举行会议，决定各派水师弁兵，组成近2000人的联军，以英国海军中将西摩为统帅，美国海军上校麦卡加拉为副统帅，于五月十四日（6月10日）分批乘坐火车，自津赴京。行至廊坊，遭到义和团的阻击。十五日，义和团大规模地进入北京。第二天，北京义和团开始焚烧教堂。慈禧太后派遣启秀等以她的名义慰问各国公使和他们的夫人，并派许景澄、敬信、那桐、赵舒翘等赴英使馆会晤窦纳乐，再次劝阻各国调兵进京。各国公使却联名照会总署，声称“各国之兵现已决计入京，我等无力阻止，深为贵国惋惜”。以保卫使馆为名强行进入北京的侵略军，在各国使馆官员的指挥下，在北京街头肆意抓捕、驱赶、枪杀甚至炮击义和团及中国居民。十八日，刚毅自涿州奏报察看良乡、涿州一带义和团情形，强调“蚩蚩之众，诛不胜诛”，“非推诚布公，剀切晓谕，使知改悔，不能期其相安，断无轻于用剿之理”。统治集团内部，围绕着对义和团是剿还是抚，对帝国主义是战还是和的争论更加激烈。以载漪、刚毅、徐桐为代表的顽固派，主张招抚义和团，抗击列强；而奕劻、王文韶、刘坤一、张之洞、袁世凯等中央大员和地方督抚，则主张痛剿义和团，避免列强的武装侵略。慈禧太后虽然倾向于前者，但是向列强宣战事关重大，所以在一段时间里，依违于剿抚和战之间。为了争取更多的人的支持，从五月二十日至二十三日（6月16日至19日），慈禧太后连续召开了四次御前会议，讨论剿抚和战问题。在第一天的会议上，两派就展开了激烈的论争。太常寺卿袁昶认为，义和团是乱民，万不可恃，就令有邪术，自古及今，断无仗此成事者。慈禧太后立即加以驳斥：“法术不足恃，岂人心亦不足恃乎？今日中国积弱已极，所仗者人心耳，若并人心而失之，何以立国？”当天晚上，江苏粮道罗嘉杰派遣他的儿子面见荣禄，送上一份机密情报，据称得悉洋人照会，内容共有四条：（1）指明一地，令中国皇帝居住；（2）代收各省钱粮；（3）代掌天下兵权；（4）勒令皇太后归政。荣禄得到这一情报，绕屋而行，彷徨终夜，次日黎明，即进呈慈禧太后。慈禧太后看后，悲愤交加，决心对列强宣战。二十一日（17日）申刻，在仪鸾殿召开第二次御前会议。慈禧太后在宣读了所谓洋人照会的前三条之后，接着表明自己的意见：“今日衅开自彼，国亡在目前，若竟拱手让之，我死无面目见列圣。等亡也，一战而亡，不犹愈乎？”与会诸臣纷纷表示愿效死力，有的甚至痛哭流涕。端郡王载漪、侍郎溥良，更是激昂慷慨，极力主战。慈禧太后又高声说道：“今日之事，诸大臣均闻之矣。我为江山社稷，不得已而宣战，顾事未可知，有如战之后，江山社稷仍不保，诸公今日皆在此，当知我苦心，勿归咎予一人，谓皇太后送祖宗三百年天下。”诸臣又叩头说：“臣等同心报国。”于是，慈禧太后命徐用仪、立山、联元往使馆，谕以利害，若必欲开衅者，可即下旗归国。立山以自己不是总理衙门官员为理由，不愿前往。慈禧太后勃然大怒说：“汝敢往，固当往；不敢往，亦当往。”立山只好与徐用仪、联元一起叩头退出。慈禧太后又令荣禄以武卫军备战守，并要他派兵遥护身入险地的徐用仪3人。
五月二十二日（6 月18日），慈禧太后召开第三次御前会议，筹议和战。二十三日（19日），慈禧太后已经得知罗嘉杰递送的情报纯属伪造。但是，法国驻天津总领事杜士兰关于各国水师提督、统领限清军于二十一日（17日）凌晨两点将大沽口各炮台交出，否则以武力夺取的照会，已由直隶总督裕禄奏报清廷。杜士兰的照会表明，战争即将开始。当慈禧太后读到这份照会的时候，大沽口各炮台早已陷落了。这天未刻，慈禧太后在仪鸾殿召开第四次御前会议，决定宣战，命许景澄等往告各国使臣，限他们于24小时内离开北京。光绪帝不愿开战，拉着许景澄的手说：“更妥商量。”慈禧太后怒斥道：“皇帝放手，勿误事！”于是，总理衙门向各国使臣发出照会，令各国使臣及眷属人等，带同护馆弁兵，于24小时之内起行，前往天津。二十四日下午，董福祥所部甘军及武卫中军联合义和团开始围攻东交民巷使馆。二十五日，慈禧太后以光绪帝的名义发布宣战诏书。慈禧太后明令嘉奖义和团为“义民”，并令各省督抚，将他们“招集成团，藉御外侮”。清廷对义和团的方针，由攻剿改为招抚。为了加强对义和团的控制，二十七日，慈禧太后派庄亲王载勋、协办大学士刚毅统率京、津一带义和团，并派英年、载澜会同办理。但是，慈禧太后的决定，遭到刘坤一、张之洞等地方督抚的反对。他们联名电奏清廷，力主剿团乞和，并积极活动，与列强订立条约，实行“东南互保”。慈禧太后的决心开始动摇。二十九日，慈禧太后电谕李鸿章、李秉衡、刘坤一、张之洞等沿海沿江各督抚，说明此次宣战，并非衅自我开。当天下午，慈禧太后命荣禄前往使馆慰问各国使臣，并于北御河桥竖立木牌，牌上大书：“钦奉懿旨，力护使馆。”六月初三日（6月29日），慈禧太后在给各驻外使臣的谕旨中，虽仍然坚持此次兵端，并非衅自我开，但是，义和团则成了“乱民”，说什么“中国即不自量，亦何至与各国同时开衅？并何至恃乱民以与各国开衅？”要他们向各国外交部切实声明，达知中国本意，并表示对各国使馆仍严饬带兵官照前保护，对“乱民”将“设法相机自行惩办”。在帝国主义的进攻面前，慈禧太后一方面继续声称“现在中外业经开战，断无即行议和之势”，要求各省将军督抚“务将和之一字先行扫除于胸中”，认真布置战守事宜。另一方面，她却分别致国书于俄、英、日三国君主，请他们出面“排难解纷”。接着，任命李鸿章为直隶总督兼北洋大臣，准备与列强谈判。慈禧太后对义和团虽仍继续利用，六月初七日（7月6日），还出内帑银10万两，发给天津浴血奋战的义和团以示奖励。但是，在这之前，慈禧太后就已谕令载勋“务将假托冒充义和团，藉端滋事之匪徒驱逐净尽。倘仍有结党成群，肆意仇杀者，即行拿获，按照土匪章程惩办，以靖地方”。六月十八日（ 7月14日），天津失陷。二十一日，慈禧太后又分别致国书于德皇和美、法两国总统，请他们“设法维持，执牛耳以挽回时局”。令荣禄停止攻打使馆，并令总理衙门给各使馆送去西瓜、面粉、蔬菜、水果、冰块等物。但是，帝国主义并没有停止进攻。七月十八日（8月12日），八国联军攻陷通州。二十日，进入北京。二十一日（15日）凌晨，慈禧太后装扮成民间妇女，头挽便髻，身穿蓝布夏衫，带着光绪帝、皇后、瑾妃、大阿哥及王公大臣十二三人，在2000余名兵勇的护卫下仓皇出逃。行前，将请求让光绪帝留京的珍妃投入乐寿堂后的井中；令奕劻、李鸿章为全权大臣与帝国主义进行谈判。八月十四日（9月7日），慈禧太后到达山西崞县，正式发布谕旨，说：“此案初起，义和团实为肇祸之由，今欲拔本塞源，非痛加■除不可。”由于慈禧太后的叛卖，一场反对帝国主义的群众运动被断送了。
慈禧太后以为，只要她把责任推给义和团，就可以取得侵略者的谅解。但是，各国使臣却以请太后归政，严惩支持义和团的王公大臣作为议和的先决条件，同时，要求慈禧太后、光绪帝及早回銮。在侵略者的压力下，慈禧太后于闰八月初二日（9月25日）发布上谕，以“纵庇拳匪，启衅友邦”的罪名，将载勋、溥静、载濂、载滢革去爵职，载漪撤去一切差使，交宗人府严加议处，并著停俸，载澜、英年交宗人府、都察院议处，刚毅、赵舒翘交都察院、吏部议处。对于回銮一事，慈禧太后却很不愿意。因为，北京在八国联军的控制之下，一旦回銮，光绪帝就可以恢复自由，行使皇帝的权力，慈禧太后则不能“再预国政”，只有“退居深宫，以乐余年”了。这样的条件，慈禧太后是绝对不能接受的。她不仅不回銮，反而走得更远。闰八月初八日（10月1日），慈禧太后一行离开太原，前往西安。
经过几个月的反复交涉，参加武装侵略的国家除了俄、英、美、日、德、法、意、奥之外，又加上比利时、西班牙和荷兰，它们共同拟定了议和大纲十二条草案。十一月初一日（12 月22日），奕劻、李鸿章从美国使馆抄得这份“议和大纲”，立即电告军机处，转呈慈禧太后。慈禧太后得知没有将她列为祸首，也没有要她归政光绪帝，如获大赦，当天就电复奕劻、李鸿章，对大纲十二条，原则上“照允”。光绪二十六年十二月二十六日（1901年2月14日），慈禧太后发布上谕，表示要“量中华之物力，结与国之欢心”。为了尽快达成和议，慈禧太后全部接受了帝国主义提出的条件。光绪二十七年七月二十五日（1901年9月7日），奕劻、李鸿章代表清廷与11个帝国主义国家签订了丧权辱国的《辛丑条约》。
八月二十四日（10月6日），慈禧太后自西安行宫启跸，取道河南、直隶回京，在开封度过了她67岁生日，并颁发上谕，撤去溥儁大阿哥名号，立即出宫。光绪二十七年十一月二十八日（1902年1月7日）午刻回到北京，结束了她一年零五个月的流亡生活。
施行“新政”和“预备立宪”
为了讨好帝国主义，缓和统治阶级的内部矛盾，欺骗人民，抵制革命，慈禧太后在西逃的途中，就以光绪帝的名义下诏罪己，下诏求直言，到达西安后，又下诏变法。光绪二十八年三月十四日（1902 年4月21日），谕令设立督办政务处，作为筹办“新政”的机关，派奕劻、李鸿章、昆冈、荣禄、王文韶、鹿传霖为督办政务大臣，刘坤一、张之洞遥为参与。根据刘坤一、张之洞等人的建议，陆续实行了一些新政，诸如废科举、兴学校、派遣留学生、鼓励农工商业、编练新军、调整一些政府机构等。但是，这些新政并没有超出戊戌变法的范围。在资产阶级领导的人民革命迅猛发展的形势下，点滴的改良已经无济于事。慈禧太后也不得不承认，尽管“朝廷屡下明诏，力图变法，锐意振兴”，但是“数年以来，规模虽具，而实效未彰”。光绪三十一年六月十四日（1905年7月16日），慈禧太后选派载泽、戴鸿慈、徐世昌、端方、绍英等五大臣分赴东西洋各国考察政治。次年五月（1906年 7月），载泽等先后回国，奏请宣布立宪。载泽在密折中说立宪有三大好处：一是皇位永固，二是外患渐轻，三是内乱可弭。经过激烈的争论，七月十三日（9月1 日），慈禧太后发布了“仿行宪政”的上谕。但是，立宪的原则是：“大权统于朝廷，庶政公诸舆论。”实际上是以立宪之名行专制之实，并且以“目前规制未备，民智未开”为借口，没有宣布实行立宪的时间。由于要求速开国会的呼声日益高涨，而参加这个行列的已经不只是资产阶级上层的代表人物，还包括一些驻外使臣、地方督抚、中央官员以至皇室成员。为了拉拢立宪派，共同对付革命党人，慈禧太后于光绪三十四年八月一日（1908年8月27日）颁布《钦定宪法大纲》，并且宣布：预备立宪以9年为期。
这时，清皇朝的统治已处于风雨飘摇之中，阶级矛盾、民族矛盾、统治阶级的内部矛盾日益尖锐，慈禧太后“万几待理，心力俱殚”。光绪三十四年（1908）夏天“时有不适”，九月（10月）出现了腹泻。十月初十（11月3日），她在西苑度过了她的74岁生日。由于举行庆典，她的活动过多，病情继续发展。十月十四日（11月7日），出现了“头痛目倦，……烦躁不安，口渴舌干，咳嗽，时而恶寒发热”等症状。次日，又“周身疼痛，面目发浮”。十月二十一日（11月14日），光绪帝在瀛台涵元殿含恨死去。慈禧太后为了继续掌握朝政大权，将光绪帝的异母弟醇亲王载沣之子、年仅3岁的溥仪立为皇位继承人，年号宣统，继承同治帝、兼祧光绪帝，慈禧太后被尊为太皇太后，仿照顺治朝故事，授载沣为摄政王。但是，一切军国政事，载沣都要秉承慈禧太后的“训示”，“裁度施行”。她万万没有料到，第二天的未正三刻，她的长达47年的统治就随着她生命的终结而结束了。因为她和光绪帝的死仅相隔一天，所以光绪帝的死因引起了人们的怀疑，产生了种种传说，成为晚清的一大疑案。慈禧太后是同治、光绪两朝的实际统治者，她的丧礼，按照清朝列代皇帝的规格举行。她生前的徽号，已有“慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙”十六字，她死后的谥号，将徽号全部保留，前面加“孝钦”二字，后面加“配天兴圣显皇后”七字，史称孝钦显皇后。宣统元年十月初四日（1909年11月16日），葬定陵东菩陀峪，称定东陵。