羊水穿刺可能对孕妇和胎儿造成损伤，刺破胎盘是最常见的潜在损伤，但是利用超声波引导穿刺针能很大程度上减少这种风险，在超声监测下找到一个羊水最多又远离胎儿身体的位置进行穿刺，并且即使是发生损伤，也是可以愈合的，不会留下任何问题。
如果孕妇存在感染，那么羊水穿刺过程中可能把细菌带入羊膜囊内，感染能够引起高热、子宫收缩和或腹部疼痛等问题，但是这种情况是非常罕见的。
羊水穿刺的另外一个潜在风险是，有一定的几率使孕妇和胎儿的血液接触，当发生接触时，如果孕妇的的血液为Rh阴性，并且胎儿的血液为Rh阳性时，会出现危险。
羊水穿刺风险并发症的发生率
破水：发生率1％，会在几天内自行愈合。
羊膜腔炎：发生率0.1％，会引起下腹痛、发烧等症状，极容易早产。
阴道出血：发生率2~3％，几天内会自行好转。
胎儿刺伤：在超音波的引导下绝少发生，偶尔胎儿会突然动一下，医师多能立即避开，若不慎刺伤也无大碍，会自行愈合。
呼吸窘迫：有少数研究发现，接受过羊水穿刺的胎儿，在出生后较易有呼吸窘迫的问题，发生率为1.1％，未接受过羊水穿刺的胎儿则为0.5％。