明代史料中还有一些相对分散的档案材料，虽然数量不及徽州文书，但也有着十分重要的作用。这些档案材料包括明代的官方文书和民间文书两种，官方文书如：明代的户帖、黄册、鱼鳞图册、题本奏本等官府公文、军职选簿、战报、邸抄、塘报、刑讯口供等；民间文书如：买卖地契、买卖山塘契、婚书、占地契据、账簿等。
档案材料不同于一般史料，它的特点是具有较高的真实性。一般来说，除了有些官方文书在造作之初即已有所不实之外，其中大多数都较之后来所修纂的官私史籍更具有原始性特征，也就更趋于真实。档案史料的另一个特征是每一件史料的孤立性，因此在有些问题的研究中，或者在利用档案史料的同时参阅其他史料，或者所用档案材料必须具备一定的数量。
对于明代档案的收藏与利用早就引起了研究者们的重视，近年来，随着明史研究工作的开展，在发现和利用明代档案方面也有了较快的发展。但是由于明代现存档案不像清代档案那样丰富而且系统，除去徽州档案之外，一般都比较分散，而且尚未整理发表，因此在使用中还存在着一定的困难。
明代档案保存相对较多的机构有中国第一历史档案馆、孔府博物馆和辽宁省档案馆等单位。
中国第一历史档案馆所藏明代档案
中国第一历史档案馆于1958 年时曾改为明清档案馆，1980年恢复中国第一历史档案馆。馆藏明清两代官方文书档案共七十四个全宗、一千余万件。但是其中绝大部分为清代档案，明代档案数量相对较少，仅三千余件，主要是天启、崇祯朝兵部档案，也有少量洪武、永乐、宣德、成化、正德、嘉靖、隆庆、万历、泰昌朝的官方文书。
这些明代官方文书档案并非明朝档案库中的旧存，而是清初为修纂《明史》征集到的明代档案。据清顺治朝实录，顺治五年（1648）九月上谕，有命内三院征集明朝档案的记述：“今纂修《明史》，缺天启四年、七年实录及崇祯元年以后事迹，著在内六部、都察院等衙门，在外督、抚、镇、标及都、布、按三司等衙门，将所缺年份内一应上下文移有关政事者，作速开送礼部，汇送内院，以备纂修。”（卷四○）再据康熙朝实录，至康熙四年十一月，又有上谕：“前于顺治五年九月内，有旨纂修《明史》，因缺少天启甲子、丁卯两年实录及戊辰年以后事迹，令内外衙门速查开送，至今未行查送。尔部即再行内外各衙门，将彼时所行事迹及奏疏、谕旨、旧案俱著查送。”（卷十六）《明熹宗实录》缺天启四年、七年事迹，据传清初为阉党余孽冯铨所毁：“《熹宗实录》成，藏皇史宬。相传顺治初，大学士涿州冯铨复入内阁，见天启四年纪事，毁己尤甚，遂去其籍无完书。”中国第一历史档案馆所藏明代档案，主要即顺治、康熙两朝所征集之物，并存于清内阁大库之中。明朝档案于明亡时毁于宫殿官署之火，清初又经文字狱之销毁，故所存甚少，而征集于清内阁大库的档案，也同其他内阁大库档案一样遭到严重损失，存留下来的也就更为稀少了。
这些档案除天启、崇祯两朝之外的其他档案，多系1949 年后北京大学、东北图书馆及中国人民大学等单位移交而来的，因此在整理中也按照“北大移交”、“东北移交”、“人大移交”和馆存四部分编目。档案材料则按照朝别、年月和文种分类。这些明档种类繁多，包括有敕谕、诰命、题行稿、题本、奏本、奏疏、揭帖、奏表、呈、禀、启本、手本、塘报、咨文、札付、舆图、契约、税票、户口单、状纸、钞票、实录、圣训以及各种册簿等。其中绝大多数是题行稿、题本、奏本，大约占全部档案的百分之八十五以上。这批明档多为天启、崇祯时兵部的文书，记录了农民军在陕西、河南、山西、安徽、湖北、湖南、四川、江西、甘肃、河北等地的活动情况，尤其是在农民军攻克襄阳建立政权后的情况记述得尤为具体。对于研究明末农民战争有十分重要的价值。
在中国第一历史档案馆所藏档案中，还有两件稀见的南明弘光朝档案，其中一件是弘光元年（1645）兵部右侍郎左懋第、太仆寺少卿马绍愉为“乞辨先帝太子真伪”和“请求归期”致摄政王的揭帖。但是由于这些档案数量相对较少，内容也相对分散，一般需要与其他史料参考使用。
类似的文书档案还分散于从中央到地方的各级档案馆、博物馆和图书馆中，如中国历史博物馆、北京图书馆、中国科学院图书馆、北京大学图书馆、中国人民大学图书馆、中国社会科学院历史研究所图书馆等。此外，台湾的有关学术机构也保存了一定数量的明代档案。如张伟仁教授主编的《明清档案》，系整理历史语言所所藏内阁大库档案，现已出版的二百二十余册，四万余件档案，虽然称为明清档案，其实只包括清顺治元年至乾隆四十一年的清档，并无明代档案。此外，台湾故宫博物院亦藏有较多档案史料。主要是旧藏于清内府、军机处、内阁及史馆等四处的档案。依其类别可分为宫中档、军机处档、清史馆档、起居注、本纪、实录、诏书、国书、满洲老档及杂项档等十类，基本上均为清代档案。但其中亦有边疆档案及清入关前的满文老档逾万件（其中满文老档四十巨册），为研究清入关前与明之关系及边疆问题之重要档案史料。
此外，明代档案收藏相对集中之处还有山东曲阜的孔府档案和辽宁省档案馆的明代辽东档案。
孔府档案
孔子的后人作为特殊的世袭贵族，在任何朝代都保持了这种地位而没有受到改朝换代的影响。这一特殊的条件使孔府得以保存下来大量的档案材料，目前发现的留存下来的孔府明清两代档案总数约在二十万件以上。曲阜县文管会在国家档案馆专家指导下，对所有档案进行整理和妥善保护，将孔府档案整理分订为九千余卷，全部归类编号上架入箱。其中的明代部分主要集中于明中后期，除去少量成化、弘治至正德间的内容（包括了一些方志中的有关材料）外，大部分是从嘉靖十三年（1534）至崇祯十七年（1644），大约一百余年的各种文书档案。明档在孔府档案中所占的比重较少。
孔府的明代档案经整理后，共分作九大类，十余小类，据《曲阜孔府档案全宗类目索引》，其明代编目如下：
一、袭封 荣典 世职知县 先贤奉祀
二、宗族 家谱 资助族人
三、属员 庙廷官员 府内官员 经理租税人员 学录
四、徭役刑讼 徭役 刑讼 孔氏族人 属员 庙户 佃户 船户
五、租税 祀田 地亩钱粮 房租 集市
六、宫廷 朝贺进贡
七、灾异
八、资料
九、文书
其中资料部分包括一些与孔府相关的资料记录，如“明朝官服款式抄单”等，文书则为孔府中处理本府公务的稿簿，如票差某人为征收下属庄田租麦等事的票文。
孔府明档与清档相比虽然数量较少，但是在目前国内保存的明代档案中还是相对集中之处，而且“像这样的封建贵族地主的第一手私家档案，在中国为仅有，在全世界也不多见”。这就为我们通过研究这个具体而细微的宗法社会进一步去了解中国历史上的封建宗法社会提供了不可多得的第一手资料。
明代辽东档案
明代辽东档案，共一千零八十件，现经整理发表的有五百八十五件。这部分档案是在一种特殊情况下保存下来的。其中大部分是在1949 年春天，东北文物处的工作人员从沈阳故宫所藏的屏风和信牌套上发现的。这些档案经过工作人员的精心揭取修裱整理，习惯称之为“屏风档”和“信牌档”。少部分为北京故宫内阁大库的零散档案，后由罗振玉献给奉天图书馆，1949年后曾收藏于东北图书馆（今辽宁省图书馆），现藏于辽宁省档案馆。这部分档案于 1985年，由辽宁省档案馆和辽宁省社会科学院历史研究所编辑整理，为《明代辽东档案汇编》，由辽沈书社出版。全书共收入明代档案五百八十五件，分为四个部分：
一是辽东都指挥使司档案。档案所涉及时间从明洪武到万历末年，涉及内容包括了政治、经济、军事、文化、交通和民族关系等多方面，跨度相当大，内容相当广泛。但是由于这些档案被清朝入关前用作信牌套的衬纸，剪成椭圆形，造成材料的残缺不全。经过整理共收录军政、职官、财税、屯田、矿业、交通、马市、民族、司法、教育十类三百十六件。
二是山东等处总督备倭署、山东都司等档案。这部分档案多为明嘉靖年间关于山东军务及海防的公文。
三是崇祯年间部分兵部题稿。
四是洪武二十五年《明太祖实录》稿本。
这四部分中，除《明太祖实录》为稿本外，其余三部分内容都有较高的史料价值。
除了这些相对集中的明代档案之外，还有不少散见于各地的明代档案，一些地方博物馆中还藏有像明代铺商的日记流水账之类十分重要的档案资料。目前全国三千三百五十六个各级档案馆和数量相近的博物馆等单位，保存了一定数量的档案材料，其中也应有一定数量是明代的。此外，还会有一定数量散落于民间及个人手中，这都需要档案工作者和史学工作者去进一步收集利用。
许多学者对于档案的利用日益重视，他们不仅指出“编纂和公布档案文献更是档案学和历史学在较高层次的结合”，而且提倡在对于档案的收集、整理、编目、鉴定和对档案文献的编纂和公布等等基础上，“利用馆藏档案作为主要史料来源，对某些历史专题进行较深入的研究，写出有关论文、专著等”。在这方面，早在五十年代后期，邓拓撰写《从万历到乾隆》一文时已经开始这样做了，他在文章中主要利用了有关北京门头沟矿地区一百座民窑，从明朝万历到清朝乾隆间的一百三十七张档案文书。六十年代初期韦庆远的《明代黄册制度》一书也是在对于明代档案利用的基础上完成的。由中国第一历史档案馆编译出版的《锡伯族档案史料》（上、下册）共收入了从明朝万历到清朝宣统间的满文档案六百四十七件，汉文档案九十五件，这些档案材料解决了关于锡伯族族源等过去未曾解决的问题，成为今天研究锡伯族历史必不可少的依据。
就目前的情况看，明史研究对于档案的应用与清史研究相比，还有一定的差距，这一方面固然是由于明代档案在数量上无法同清代相比，因此大多数明代档案不可能形成清代那样的系统化内容，而只能作为研究中的补充，同时也应该看到，到目前为止，明史研究工作者对于明代档案的开发与利用工作还做得很不够，还有必要在今后的研究工作中去不断加强。