抱“匡济艰危”之志
秋瑾，原名秋闺瑾，小名玉姑，字璿卿，号竞雄、旦吾、鉴湖女侠、汉侠女儿，浙江省山阴县（今绍兴市）人。清光绪元年十月十一日（1875年11月8日）生于福建闽县。祖父秋嘉禾多年仕宦福建，父秋寿南同治年举人，母单氏出身浙江省萧山城内望族。
秋瑾在福建度过童年时代。她曾在祖父官衙耳闻目睹外国侵略分子的飞扬跋扈，深以为忧地对母亲说：“这样下去，中国人要成为他们的奴隶了。”从幼年起，秋瑾与兄秋誉章在家读书，由父母课督。她读书用功，天资聪颖，除读四书五经外，还广泛涉猎各种诗词、小说、史书，对一些描述古代游侠，特别是女杰的作品，怀有浓厚兴趣。
光绪十六年（1890），秋瑾由闽返浙，居绍兴城内和畅堂，除继续读书外，又向其萧山外婆家表兄弟单老四习武艺。
光绪二十年（1894）夏，秋寿南任职湖南湘潭县厘金局，一家随往。经媒人说合，父母作主，秋瑾于光绪二十二年四月五日（1896年5月17日），嫁湘潭城内大富商王黻臣之子王子芳（字廷钧）为妻。王子芳为不学无术的纨袴子，秋瑾对这桩婚事本极不愿，婚后夫妻感情淡漠，秋瑾抑郁不欢，激起对封建纲常之痛恨。
戊戌变法失败后，王子芳入赀为工部主事（后迁户部郎中），赴京任职，秋瑾同往。在北京，秋瑾闻见官场种种污秽，十分愤慨，曾写《黄金台怀古》讥讽之：“蓟州城筑燕王台，招士以财亦可哀！多少贤才成底事，黄金便可广招徕？”
不久，义和团运动兴起，八国联军侵占北京，秋瑾与王子芳匆忙离京返湘避难。其时秋瑾以强烈的忧国心情，写了《杞人忧》：“幽燕烽火几时收，闻道中洋战未休，漆室空怀忧国恨，难将巾帼易兜鍪。”她后来回顾说：“吾自庚子以来，已置吾生命于不顾。”
光绪二十七年九月（1901年11月），王子芳赴京复职，秋瑾也重到京华。但不久其父在湖南桂阳知州任上病逝，秋瑾又返湘居丧。其母、兄则在湘潭城内赁屋开设“和济钱庄”，但开张不到一年便本金亏尽，被迫关闭。不久，其母、兄等皆离湘回浙。秋瑾在夫家更感寂寞苦闷。
光绪二十九年（1903）春，秋瑾携女儿王灿芝，再次赴京，与王子芳一同生活。这时，秋瑾结识了与王子芳同在户部任职的廉泉之妻吴芝瑛。吴氏是当时著名的“桐城派”学者吴汝纶之侄女，思想开通，精于书法、诗词，比秋瑾年长7岁。二人结识后感情日笃，几乎“无一日不相见”。至次年正月，即立盟结拜为姊妹。此外，秋瑾还结识了绍兴同乡陶大钧之妾陶荻子，以及其夫在京师大学堂执教的日本人服部繁子等人。
清末，资产阶级革命思想在国内很快传播，大批中国青年出国留学，前往日本留学者尤多。秋瑾在吴芝瑛、陶荻子等处，常看到一些宣传革命和救国的新书报，眼界为之大开，忧国之情更趋强烈，便更加不安于过碌碌无为的生活。她表示：“人生处世，当匡济艰危，以吐抱负，宁能米盐琐屑终其身乎？”乃决心摆脱依附丈夫生活的地位，出国留学。王子芳极力反对，竟窃走秋瑾自筹用作留学费用的珠宝财物，以阻其行，引起秋瑾极大反感，从此夫妻反目成仇。秋瑾另筹学费，脱下红装，丢掉女子裹脚布和三寸弓鞋，换上全副男装，直至牺牲，终未再穿清朝礼服。
从准备出国留学遭丈夫阻止这件事，使秋瑾认识到，女子“革命当自家庭始”的道理。
东渡日本，参加反清革命
光绪三十年五月（1904年6月），秋瑾离国赴日。她先在东京中国留学生会馆所设的日语讲习所补习日文，经半年刻苦努力，至年底结业。在此期间，一度入东京青山实践女校，旋因对校方在教学方法、生活管理上不满而退出。
在努力完成学业的同时，秋瑾在这半年间还积极参加留日学生各项活动。她广泛结交进步留学生和革命志士，与周树人、陶成章、宋教仁、王时泽、何香凝、冯自由等都有较多往来。她把志在反清革命的青年引为同志；对浮薄轻佻、吃喝玩乐者深恶痛绝；对那些顽固透顶、借留学为升官发财途径的人，更“自始至终口诛笔伐，面对面地展开斗争”。她积极发起或参加各种革命团体，开展革命和妇女解放活动，其中包括与留日女生陈撷芬等人一起，对拒俄运动时留日女生成立的“共爱会”进行改组，改名“实行共爱会”，举陈撷芬为会长，秋瑾为“招待”，欲办成一个团结全国妇女的团体，引导妇女们参加社会活动，争取妇女解放。这是秋瑾从事妇女解放运动的最初实践活动之一。秋瑾还与人组织“天足会”，提倡妇女放脚。又曾发动留日女生，开展反对纳妾的斗争。她自己则写信回国，请其兄作代表，与王子芳家“开谈判离婚”。这些均表现了秋瑾敢于向当时统治中国的封建礼教大胆挑战的勇气。
这年秋，冯自由、梁慕光奉孙中山之命，在日本横滨成立秘密反清团体“三合会”，作为“交通内地秘密会党之导线”。秋瑾得讯后，即与王时泽、刘道一、仇亮、刘复权等共10人，一同加入此会。秋瑾被封为“白扇”（俗称军师），刘道一被封为“草鞋”（俗称将军），刘复权被封为“洪棍”，是为“洪门三及第”。加入横滨三合会，是秋瑾日后广泛结交秘密会党的开始。
在参加上述各项活动同时或稍后，秋瑾还积极与人创办“演说练习会”。在该会所订十三条简章的第五条中，规定“会中当附属一普通语研究会，凡演说皆用普通语”，这是中国近代最早正式提出并实行推广普通话的组织之一。演说练习会每月开会演说一次，秋瑾尽管浙江口音很重，但努力学习用普通话进行演说。这个组织在留学生的进步青年和革命青年中，有很好的声誉，如著名的民主革命家宋教仁曾亲自向秋瑾提出加入该会的要求。演说练习会提倡演说技巧，把演说作为革命斗争的一种武器，用以使无钱订报或没有文化的人能了解革命的道理，同情和参加革命斗争。因此，创办演说练习会是秋瑾投入民主革命的组织活动的正式开始。
在参与创办演说练习会同时，秋瑾还积极参与创办《中国白话报》。该报附设在留学生会馆内，光绪三十年八月十五日（1904 年9月24日）创刊（月刊），内容包括论说、教育、历史、实业、地理、时评等十几个项目，全用白话文，它实是一种宣传反清革命的刊物，从目前所能见到的第一至三期内容看，充满了激烈反满的言论。秋瑾以“鉴湖女侠秋瑾”署名，在第一期上发表《演说的好处》，大力宣传用演说“开化人的知识，感动人的心思”，并尖锐揭露了清朝官场种种腐朽不堪的丑事。在第二期上，秋瑾发表了《敬告中国二万万女同胞》，揭示当时中国社会男女不平等的种种事实，大声疾呼提倡男女平等。在第三期上，她发表了《警告我同胞》，针对中日两国军人截然不同的社会地位，发出强烈感叹。
在日语讲习所毕业后，秋瑾又报名转入东京青山实践女校。乘学校放假，她决定回国探亲和续筹留学费用。实践女校托她顺便在国内招收师范、工艺两科女生留日。动身回国前夕，遇到刚在浙江各地联络秘密会党，并参与在沪创立光复会的陶成章。陶成章向秋瑾详细介绍了浙江各地秘密会党的情况，并为之写了介绍信，给当时在国内的光复会领导人蔡元培和徐锡麟。
光绪三十一年（1905）春，秋瑾回到上海。她先在上海爱国女校找到蔡元培，然后去南京，运动资本家辛某之子辛汉，无结果，乃返绍兴走访徐锡麟。四月，经徐锡麟介绍，加入光复会，从此秋瑾全身心地投入民主革命事业。五月，秋瑾由绍兴到沪，准备再去日本。陶成章这时正在上海，把秋瑾介绍给在沪的浙江处州会党头目丁■、吕熊祥等人，这是秋瑾与浙江秘密会党有正式联系之始。六月，秋瑾第二次到达日本。七月五日（8月5日），到青山实践女校注册，开始新的学习生活。她在此只读了1个学期，修读了9门功课，每周上课达33课时，另加6课时自修课。秋瑾以顽强刻苦精神，坚持学习，还在课外坚持体育锻炼，又学会了制作炸药之法。
这年七月，中国同盟会在东京成立。八月，秋瑾经冯自由介绍，在黄兴寓所宣誓加入同盟会，随即被指定为同盟会评议员和浙江省主盟人。
十月，日本政府应清廷要求，发布《关于准许清国人入学之公私立学校之规程》（当时中国报刊一般称之为《取缔规则》），剥夺留日中国学生言论、集会、结社、通信的自由权利。日本有的报纸且发表文章，恶意诋毁中国留学生为“乌合之众”、“放纵卑劣”。中国留学生停课抗议《取缔规则》，陈天华且以蹈海自尽抗议日本报纸的诋毁。秋瑾与宋教仁、胡瑛等力主全体停学回国，另一些留日生则认为这样做不妥。两派激烈争辩，最后由于中国留学生的激烈抗议，《取缔规则》没有实行，多数留学生仍留下学习，秋瑾则与易本羲等人于十一月底离日，十二月回到上海。这时，秋瑾的情绪已平静下来，她写信给留在日本的王时泽说：“诸君诚能忍辱以成其学者，则辱也甚暂，而不辱其常矣。”承认留日学习也可救国。她在信中还切望“诸君之无忘国耻”，表示自己归国以后“亦当尽力筹划，以期光复旧物，与君相见于中原。成败虽未可知，然苟留此未死之余生，则吾志不敢一日息也”。
回上海不久，秋瑾首先积极参与创设“中国公学”，用以安置反对《取缔规则》而回国的学生。不久，经同盟会员褚辅成介绍，于光绪三十二年二月（1906 年3月）到浙江湖州南浔镇，执教于浔溪女校，任日文、理科、卫生等课。在浔溪执教期间，秋瑾积极向师生宣传男女平等、兴办女学和民主革命。在她影响下，该校主教务的徐自华及其妹徐双韵和学生吴珉（以后改名惠秋）等都参加了光复会和同盟会，成为秋瑾的莫逆之交和革命同志。
创《中国女报》，宣传男女平等
秋瑾在浔溪女校执教两月后，因该校校董金子羽散布流言蜚语，乃愤而辞职赴沪。同年夏，她赴浙东一次，“阴求死士，得吕东升诸人”。八月间，与光复会员尹锐志、陈伯平、张剑崖、姚勇忱在上海虹口北四川路祥庆里，以锐进学社之名联络浙江和长江各地会党，并在此试制炸药以备起义之用。有一次试制炸药不慎爆炸，“伯平伤目，瑾伤手”，幸伤势很轻，不久即康复。
与此同时，秋瑾为了向广大妇女宣传男女平等，组织妇女斗争，积极筹创《中国女报》杂志。她原拟集股万元，“租座房子，置个机器，印报编书，请撰述、编辑、执事各员，象象样样、长长久久的办一办”。乃在虹口北四川路厚德里91 号设立蠡城学社，筹集股金，先在《中外日报》刊登章程、广告，并将另印的章程，分寄各地女学堂。但过了不少时间，入股的除四五人以外，连问都没有人问起，秋瑾极为痛心。在计无可施之下，她邀嵊县平阳党首竺绍康，于秋冬之间同往湖南，以计向王黻臣诱得一笔款子，终于在十二月初一（1907年1月14日）在沪出版《中国女报》创刊号。次年正月二十日（1907年3月4日）又出了第二期。第三期亦已排好，惜因经费拮据，秋瑾又无暇顾及，故未能印行。
秋瑾在《创办中国女报之草章及意旨广告》中，开宗明义地揭示创设该刊物之宗旨，是“开通风气，提倡女学，联感情，结团体，并为他日创设中国妇人协会之基础”。这个宏愿在当时虽然没有也不可能实现，但在中国历史上，秋瑾是第一个明确提出要成立“中国妇人协会”，亦即全国妇女协会的人，仅此即可说明她在中国妇女运动史上的突出地位。
在所出版的这两期《中国女报》上，秋瑾发表文章四篇，即《中国女报发刊词》、《敬告姊妹们》、《看护学教程》和《补登创办中国女报之章程及意旨广告》；诗四首，即《感时》、《日人石井君索和即用原韵》、《感愤》、《剑歌》；歌曲一首，即由她一人作词谱曲的《勉女权歌》。这些文章、诗歌，连同她前此发表在《白话报》上的文章，以及在留日时已开始、回国后继续创作的弹词《精卫石》和其他不少诗词、书信，是秋瑾宣传妇女解放的杰作，是中国妇女运动史上的珍贵史料。
在这些诗、文、歌、词中，秋瑾对广大妇女在婚姻、家庭、经济、文化、政治等各个方面受到的压迫、歧视，进行了全面的、淋漓尽致的揭露、控诉，对各种歧视妇女的纲常礼教、社会陋习和荒谬论调，进行了有力的批驳、鞭挞。特别是，她深刻地揭示了妇女受压迫之因在于未能自谋生计，经济没有独立，并针对这个原因而探索了妇女争取解放之途：“欲脱男子之范围，非自立不可；欲自立，非求学艺不可，非合群不可。”“求学艺”的办法是大兴女学，使女子学得文化知识，然后“做教习，开工厂”以便自立；“合群”则是妇女们联合起来，依靠自己的斗争来争取平等的权利。更为可贵的是，秋瑾还把妇女解放与民主革命事业联系起来，号召妇女们积极投入反清革命，与男子一起战斗：“扫尽胡氛安社稷，由来男女要平权。人权天赋原无别，男女还须一例担……男和女同心协力方为美，四万万男女无分彼此焉！”秋瑾关于妇女解放的这些思想、理论，达到了同时代中国人的最先进水平，正如郭沫若评述的：“秋瑾不仅为民族解放运动，并为妇女解放运动，树立了一个先觉者的典型。”
组织反清武装起义
在创办《中国女报》后，秋瑾即以全部精力投身于组织反清革命的活动。
光绪三十二年十月（1906 年12月），萍浏醴大起义爆发期间，光复会员集议于上海，谋在东南地区起兵策应，秋瑾参与密议。其时，光复会会长蔡元培已不多过问会务，实际主持光复会的徐锡麟则已捐得道台，正拟赴安徽任职。在浙江方面亟需有既具威望，又富才干者主持。陶成章乃派王文庆赴沪，与秋瑾商议组织浙江起义之事；徐锡麟也派王金发到沪，邀秋瑾回浙主持。秋瑾欣然接受，即以浙事自任，偕王文庆回浙，筹划浙江武装起义活动。
浙江是秘密会党分布很广的一个省份。清末，浙江各地的会党主要有：以沈荣卿、张恭、周华昌为首的龙华会（以金华为总部），以王金宝、吴应龙为首的双龙会（以丽水为总部），以竺绍康、王金发为首的平阳党（以嵊县为总部），以敖嘉熊为首的祖宗教（活动在浙北地区），等等。势力遍布全省，其中尤以金华府之武义、永康、东阳等县，台州府之仙居县，绍兴府之嵊县，处州府之缙云、青田、松阳、宣平等县为最。这些秘密会党都反对清朝统治，在鸦片战争后外国教会势力大举入侵中国，它们曾一度以反洋教为主要斗争目标。但到辛亥革命时期，因受资产阶级民主革命潮流的影响，反满色彩又浓厚起来，因而成为资产阶级革命党争取和依靠的一支重要力量。在秋瑾之前，陶成章、魏兰、敖嘉熊等已经在联络全浙各地会党，取得了显著的成就。秋瑾回浙，主要是在已有基础上把各地会党进一步组织起来，并予以必要的训练。
从上海回浙到达杭州时，正值徐锡麟由绍兴去安庆之际。秋瑾与徐锡麟乃在杭州西湖白云庵会商，粗略地拟定皖、浙两省同时起义的计划：以安庆为重点，以绍兴为中枢，金华、处州等同时发动，占领皖浙两省重镇后，分路会攻南京；安徽方面由徐锡麟主持，浙江方面由秋瑾主持，两地分头同时抓紧筹备；两地间的联络工作则由陈伯平负责。商定以后，秋瑾即回绍兴。这时，萍浏醴起义业已失败，但皖浙起义的计划照旧进行。秋瑾即于十二月中旬（1907年1月下旬至2月上旬间）往诸暨、义乌、金华、兰溪等县联络会党。光绪三十三年正月（1907年2月），秋瑾回绍兴，正式接任绍兴大通学堂督办，主持各项校务，并以此为中心，加紧组织浙江革命势力。
大通学堂全名“大通师范学堂”，由徐锡麟、陶成章、龚宝铨等人创办。该校普通班设国文、英文、日文、历史、地理、理化、算术、博物以及体操等14 门功课。此外，为了培训浙江会党骨干熟习军事，特设体操专修科，只学习军事体操、进行军事训练，不学别的课程；专招收金华、处州、绍兴三府的会党骨干人物，入校进行为期半年的训练。徐、陶等人还设法以合法和公开的方式，从上海购买了后膛9响枪50支、子弹2万发。并拟定章程，规定凡大通学员，一律得加入光复会，毕业以后仍受学堂办事人员的节制。从而大通学堂成了浙江各地会党的联络中心，光复会本部也由上海转移到了绍兴。
秋瑾接任大通学堂督办后，首先整顿纪律，消除内部宗派纠纷，严格各项管理制度，培养学员刻苦勇敢的精神。接着，她在绍兴城内诸暨册局（科举时代诸暨县考生到绍兴参加府试时住宿之地）设立体育会，拟招收一批女生，教以兵式体操，由秋瑾自己率领，组成一支女国民军。但因绍兴绅、学两界强烈反对，无报名者，只得作罢。秋瑾乃改招金、处、绍三府会党骨干60 多人入会习军事。对于大通学堂普通班，秋瑾也主张努力扩大招生，特于二月二十五日（4月7日）《绍兴白话报》第131号附张上，刊登《大通师范学堂第二次招生广告》。其目的也在于扩展光复会，增强革命势力。为了掩护革命活动，秋瑾还在大通学堂的开学典礼上，特邀绍兴知府，山阴、会稽知县到校致词，并与师生拍照留念。绍兴知府贵福见秋瑾办事能干、认真，很为满意，特将其别号“竞雄”二字拆开，凑成“竞争世界，雄冠地球”的对联，送给秋瑾。这样，经秋瑾积极整顿，大通学堂面目一新，规模也有了新的发展。
正月下旬和三月上旬，秋瑾又两次深入浙东诸暨、义乌、金华、东阳、永康、缙云等地，广泛联络会党，并在会党人员众多的嵊县设立光复会秘密机关。
秋瑾在积极联络各地会党的同时，还抓紧了另一条战线的工作，即利用各种关系在驻杭州新军、浙江武备学堂和弁目学堂中发展光复会员。
秋瑾于上年冬由沪回浙时，即在杭州与新军及武备、弁目二学堂中的革命党人联系，并通过他们发展了一批人加入革命党。接任大通学堂督办前后，她又到过杭州几次，继续在新军及武备、弁目学堂中发展革命党。经她前后几次发展入光复会的新军官兵和武备、弁目二学堂师生有几十名，其中重要的有吕公望、叶颂清、朱瑞、周凤岐、陈国杰、许耀、夏超、虞霆、黄凤之、张敢忱、傅孟、俞炜、裘绍、周亚卫、陈礼文等人，他们后来都参加了辛亥革命在浙江的起义活动，有的并成为主要领导人。连同在会党中发展入光复会的在内，秋瑾在主持大通学堂的前后半年内，共发展了光复会员600多人，从而使光复会的势力得到很大发展。
在联络会党和新军等取得顺利进展的基础上，秋瑾于三月间将光复会职员编为16 级，以“黄祸源溯浙江潮，为我中原汉族豪，不使满胡留片甲，轩辕依旧是天骄”的七律诗为表记。从“黄”字起至“使”字止共16级，以“黄”字为首领，推徐锡麟担任；“祸”字为协领，由秋瑾自己担任；“源”字为分统，由会党头目竺绍康、王金发、张恭、吕熊祥等担任；“溯”字为参谋，以会党头目充任；“浙”字以下为部长、副部长等等。各级职员均以金戒指为记，在戒指中嵌入代表自己职衔之代名词或A、B、C等英文字母。经此编组，上自处州府之缙云，亘金华全府，下及绍兴之嵊县的会党，都被编组起来了。
四月初，秋瑾又把浙江会党和光复会员数千人，按照“光复汉族，大振国权”8 个字，分别编成8个军，总称“光复军”，每军都设置大将、副将，参谋、副参谋，中军、左军、右军，中佐、左佐、右佐，中尉、左尉、右尉等13个军职，以白底黑色“汉”字旗为军旗，以黄色小三角形、内书黑色“复汉”二字并盖上图章的旗帜作为顺旗。还规定了军服、头布、肩章、胸带、图章、令符等的具体式样。至五月间，光复军初步编成。与此同时，起义的具体行动计划和发动日期也初步拟定：五月二十六日（7月6日），先由金华府发难，继而处州府响应，以吸引杭州方面派清军前往镇压；绍兴的光复军即渡过钱塘江袭击杭州，在事先约定的驻杭新军及武备、弁目学堂师生的配合之下，一举夺取杭州；若攻夺杭州的计划受挫，则光复军立即返回绍兴，经金华出江西，进入安徽，与徐锡麟会合再图进取。在浙江发动起义的同时，徐锡麟在安徽亦发动起义，浙皖两省配合，各自得手后合力会攻南京。
在进行这些组织活动时，秋瑾还手订了《普告同胞檄稿》、《光复军起义檄稿》等文件，以备起义时张贴。在这些文告中，秋瑾以强烈的忧国之情，痛切指出当时中国的险恶处境，怒斥清朝统治者各种罪恶。
光复军起义计划和发动日期拟定后，秋瑾即派陈伯平报告徐锡麟，约定两省配合行动。
这时，徐锡麟在安庆担任掌握全省巡警、治安大权的安徽巡警学堂会办兼安徽巡警处会办，他利用职务之便，积极开展革命活动，向巡警学堂学生宣传革命，在安庆新军中争取进步官兵，为武装起义加紧积聚力量。
但是，在尚未得知秋瑾在浙江的行动计划之前，徐锡麟在安徽的革命活动暴露，乃匆忙决定起义。光绪三十三年五月二十六日（1907 年7月6日），徐锡麟借安徽巡警学堂举行预定的毕业典礼之机，与光复会同志陈伯平、马宗汉突然发难，枪杀安徽巡抚恩铭，率三十几名学生冲出学堂，前往军械库，激战四时失败，陈伯平战死，徐锡麟、马宗汉被捕。当天，徐锡麟即遭惨杀，安庆起义失败。接着，清军在九江逮捕到徐锡麟之弟徐伟，并得知秋瑾是徐锡麟同志，安徽新任巡抚冯煦立即将此电告浙江巡抚张曾敭。
此时秋瑾正在对浙江光复军作最后部署，从大通学堂选派了32人，由俞炜、叶颂清和龙华会头领周华昌率领，前往杭州，潜伏待命；让周华昌招部下200人，驻伏杭州江干（钱塘江沿岸一带），以“伺动静为内应”。此外，秋瑾还派周亚卫去嵊县，让竺绍康发动同志作准备。
然而，浙江的一些会党和光复军，未及等到规定的六月十日起义之期，就纷纷行动。五月上旬，裘文高在嵊县西乡二十八都村首先发难。之后，金华府的武义县、金华县、兰溪县、汤溪县、浦江县等地的光复军亦因泄密或叛徒告密，遭到清廷地方当局的重大破坏。恰在这时，绍兴劣绅胡道南等人又向知府贵福密报：“大通体育会女教员革命党秋瑾及吕凤樵（按即吕熊祥）、竺绍康等，谋于六月初十日起事。竺号酌仙，平阳党首领，羽党万人，近已往嵊县纠约来郡，请预防。”贵福即于五月二十七日（7月7日）进省向张曾敭面陈。
安徽新任巡抚冯煦的来电，浙江各地接连发生的事件以及贵福的报告，使张曾敭确信主持绍兴大通学堂的秋瑾是浙江革命党的首要人物，便立即派兵赴绍兴捕拿、镇压。
五月底六月初，秋瑾从报纸上得悉徐锡麟安庆起义失败被杀的消息。她强忍悲痛，立即烧毁光复会来往函件和干部名册，指挥转移大通学堂所藏的大批枪支弹药。有人向她建议提前起义，但秋瑾以嵊县和绍兴各地的光复军尚未集结就绪，坚持待到六月十日预定之期再发动起义。
六月二日（7月 11日），浙江官府从杭州派遣新军300多人，由第一标第一营管带徐方诏率领赴绍兴，因担心官兵中有革命党人，行前对全体官兵进行搜身检查，引起骚动，为附近武备学堂学生听到，立即向绍兴通报。大通学堂方面在次日得报，许多人恳劝秋瑾乘早出走避祸。但秋瑾已置生死于度外，且早认为“男子之死于谋光复者，则自唐才常以后，若沈荩、史坚如、吴樾诸君子，不乏其人，而女子则无闻焉，亦吾女界之羞也”。决心以自己的流血，来一洗“女界之羞”，唤起广大妇女的觉醒。她还给在浔溪女校执教时的学生徐双韵寄去一诗，表示自己“虽死犹生，牺牲尽我责任；即此永别，风潮取彼头颅。壮志犹虚，雄心未满，中原回首肠堪断！”因而她坚决拒绝出走。她命当时从嵊县赶来劝她出走的王金发快离开绍兴，并要他和竺绍康等人在她牺牲后另谋再起。
六月四日（7月 13日）下午，贵福、徐方诏和山阴知县李钟岳、会稽知县李瑞年等人，率清军包围大通学堂。此时学堂内还有三十几人，秋瑾要他们逃出去，有两名学生在冲出去时被清军枪杀。最后只大通学堂教员程毅等6人和秋瑾留在学堂内。清军攻入，逮捕了秋瑾等7人，并搜去一些枪支弹药、马匹驴子和秋瑾所写的诗词、文告等。
秋瑾被押至绍兴知府衙门，当晚即由贵福、徐方诏、李钟岳、李瑞年等对她进行了会审，第二天又继续进行审讯，在审讯中，不论敌人怎样花言巧语，或是严刑逼供，秋瑾始终以凛然不可冒犯的英雄气概对付敌人。她斩钉截铁地告诉敌人：“论说稿（即清军从大通学堂内搜去的革命文告）是我所做，日记笺折亦是我办，革命党之事，不必多问！”敌人逼她说出王金发、竺绍康等人的去处，她以对敌鄙夷、不屑一顾的口气回答“不知道”三字。敌人刑逼她供出“匪党共有几人”时，她再也不予理睬，任凭敌人怎样软硬兼施，她始终“坚不吐供”。最后她只留下“秋风秋雨愁煞人”7个大字，以表示对祖国、民族所处险境的无限忧虑，对革命未成、壮志未酬的无限惋惜。
清廷对秋瑾和她主持的革命活动极为害怕。浙江巡抚张曾敭上奏朝廷说：“此次秋瑾等，乃以学界女子，于国家预备立宪时代，提倡革命，借体育会聚众谋乱，私蓄军火马匹，勾结土匪同时滋事，金华、武义、永康等属，以及绍兴之嵊县，各处响应，拒捕戕弁，又分遣竺绍康、王金发等赴嵊纠匪，谋劫郡城，其意固不专在掳抢，……非寻常盗贼可比。”两江总督端方在给张曾敭电文中也说：“匪首乃系女犯，党羽多至万人，闻之深为骇异。”
在用尽各种方法皆不能迫使秋瑾屈服之后，贵福决定尽快杀害秋瑾，以免浙江各地光复军，特别是嵊县竺绍康、王金发带人进攻绍兴，营救秋瑾。于是他一面命幕僚编造一份《秋瑾口供》向上司交账，一面电请张曾敭批准杀害秋瑾。张曾敭立即复电同意。
光绪三十三年六月六日（1907年7月15日）晨，秋瑾在绍兴城内轩亭口就义，年仅33岁。
秋瑾从光绪三十年投身社会活动起，在3年时间里，为民主革命和妇女解放都作出了杰出贡献，成为“中国近代史上一位伟大的女英雄”，“旧民主主义革命时期中国革命妇女的楷模”。
中华书局上海编辑所于1960年出版了《秋瑾集》，上海古籍出版社于1979年增补重印。