巨细胞病毒感染是胎儿在子宫内发生感染的主要原因之一。新生儿感染巨细胞病毒后，病毒在受感染的器官内会一直繁殖，并引起血管发炎、组织缺血、损伤，而且感染常常在多个器官发生。

新生儿巨细胞病毒根据感染的时间可分为两种情况，一种是先天感染，另一种是后天感染。先天感染是因为孕妇在怀孕期间或怀孕前感染了巨细胞病毒，胎儿在母亲体内时就受到传染而引发的疾病。后天感染是指婴儿出生时或出生后才感染了病毒，不会影响胎儿各器官的形成。

虽然先天性巨细胞病毒感染的婴儿已会有损害，但有初步数据显示用抗病毒药物治疗可能会减少婴儿的损害，因此出生后仍可考虑用药。

近年来更昔洛韦取得较好的疗效，剂量为每天每公斤体重5~6毫克药物，每12小时静脉滴注一次，疗程为6周。药物可以引起白细胞减少，血小板减少、肝功能异常、脉络膜视网膜炎、细菌感染等副作用。