硬膜外镇痛虽然还做不到真正的无痛分娩，但多数情况下确实能明显减轻你的分娩疼痛，而且还能让你在整个分娩过程中保持清醒。但是，分娩过程中的硬膜外镇痛也有它的缺点，主要包括：
在施行硬膜外镇痛时，你需要在10～15分钟内保持一种并不很舒服的姿势，然后还要再等上5～20分钟，药物才能完全起作用。虽然硬膜外镇痛并不十全十美，但想到它能起到几个小时的镇痛作用，这点不足似乎就微不足道了。
根据注射的药物种类和剂量的不同，你的双腿可能会失去部分知觉，不能站立。在一些情况下，特别是在分娩早期，你只需要少量麻醉，就可以感到很舒服，而且你的双腿能够保持知觉，能正常的站立和走动。这叫做"可行走的硬膜外镇痛"。但是，一旦采用了硬膜外镇痛，很多医院和医生都不允许你下床，不管你自己觉得能不能走动。
采用硬膜外镇痛需要对你进行静脉注射，并频繁测量血压、心率、呼吸，还要对子宫收缩和胎儿进行持续监测。
有时，硬膜外镇痛会使分娩速度减慢，在这种情况下，医生可能会为你注射缩宫素，使产程继续。
硬膜外镇痛通常会延长分娩中第二产程推出胎儿的过程。因为你的下半身失去知觉，减弱了向下用力的本能反应，所以把胎儿推出体外就更困难一些。你可能希望在推挤宝宝时，减少镇痛药物的剂量，让自己更主动地进行分娩，但是，镇痛药物的药性渐渐消失到你能恢复知觉需要一段时间，而且目前还没有证据显示减少镇痛药物的剂量，可以实际缩短这段产程。近年来麻醉药物的改进，可以减少这种缺点。
采用硬膜外镇痛，会增加采用胎头真空吸引术或产钳术助产的可能性，这会增加会阴侧切或裂伤的机会。
在某些情况下，硬膜外镇痛只能起到部分镇痛作用。出现这种状况是因为每个产妇的身体构造不同，或药物通过硬膜空间扩散时未能到达所有的脊神经。有时，导管也会略有"偏离"，使得刚开始的镇痛时候效果良好，一段时间后，就只能起到部分镇痛的作用。如果你发现某个部位开始疼痛，请告诉麻醉师或麻醉护士，请他们调整镇痛药的剂量，或者重新插入导管。
硬膜外镇痛使用的药物可能会暂时使你的血压下降，因而减少流向胎儿的血液，减慢胎儿的心率。控制镇痛药的流速或使用其他药物可以解决这一问题。
硬膜外镇痛注射的麻醉剂可能会导致瘙痒，特别是面部的瘙痒。它还可能引起恶心，但是比起全身麻醉的可能性要低一些。有些未使用镇痛药物的产妇也会感到恶心，甚至在分娩过程中出现呕吐现象。
通过硬膜外镇痛注射的麻醉药会使你较难判断什么时候需要排尿。此外，如果你不能将尿排在便盆里（很多人都觉得把尿排在便盆里要比去卫生间困难），医生可能得为你进行导尿。
硬膜外镇痛会增加你在分娩中发烧的风险。没有人清楚为什么会出现这种情况，但有一种理论认为，由于你感觉不到疼痛，你喘气和出汗都会减少，使得身体很难散发分娩中产生的热量。这不会增加你或宝宝出现感染的几率，但由于刚开始时很难判断发热是由硬膜外镇痛还是感染引起的，你和宝宝可能得服用不必要的抗生素。
硬膜外镇痛也可能会使宝宝出生时枕后位和面部朝上的比例增加。如果胎儿出生时面部朝上，孕妇分娩的时间会较长，也更容易需要使用缩宫素，并使阴道钳助产和剖腹产的几率显著增加。但是，胎儿最终形成这种姿势究竟是由硬膜外镇痛还是由其他因素引起的，仍然是有争议的。
在很少数情况下，硬膜外镇痛会影响你的呼吸。在极少数情况下中，它会导致你的神经受损或被感染。