海瑞（1514—1587），字汝贤，又字国开，号刚峰，世称刚峰先生。广东琼州琼山（今属海南）人。经历嘉靖、隆庆、万历三朝。这时，明朝已处处露出衰败象，政治污浊，风气大坏。海瑞居官则能严于律己，恪守朝廷法令与封建道德规范，不畏权势，敢于为民请命，积极革弊兴利；生活俭朴，不爱钱财。他的言行赢得了百姓的尊敬，人称“海青天”，成为中国历史上著名的“清官”人物。
聪敏好学，立志用世
海瑞生于正德八年十二月二十七日（1514年1月22日），出身于“海南望族”。祖父历官知县。从伯父做过监察御史。父瀚，为廪生，读书能明大义，安贫乐道。母谢氏粗识书史，持家有方，律身以正义。海瑞四岁时父亲去世，依靠母亲励节自守，抚养成人。海瑞自幼有用世之志。十三岁入琼山县海口镇私塾。二十七岁在琼山郡学，经常与二三志同道合者一起研究学问，纵谈古今，作《严师教戒》、《客位告辞》、《训诸子说》等文，抒发了自己的非凡抱负。在这些文章中，他一再告诫自己生于天地之间，不能虚度岁月，应当有所作为。他说：为人在世，惟务识真，要学圣贤，不做乡愿；不追求富贵利达，以宫室妻妾动心；不羡慕财帛世界，要做中流砥柱；要谦虚谨慎，不要讳疾忌医。否则，“不如速死”。这些发自腑肺之言，说明海瑞一生反对奢侈、主张节俭的高贵品德和立志为民、刚正不阿的思想性格，在他青年时代已经形成，并在后来的生活中一一付诸实践。海瑞的同乡、门生梁云龙评论说：“第以公之微而家食燕私，显而莅官立朝，质诸其所著《严师教戒》，一一契券，无毫厘假，孔子所谓强哉矫，而孟子所谓大丈夫乎！古今一真男子也。”
嘉靖二十八年（1549），海瑞三十六岁时中举人，似乎有点大器晚成。然而就在这一年，他以琼州为黎族聚居之区，地处海疆，位置重要，而地方不治，乃上《治黎策》，显示出他的政治才能。他认为治理琼州的上策是：开道置县，以靖乡土。“自此之外，虽议之之尽其方，处之之尽其术，皆下策也。”
嘉靖二十九年二月，海瑞进京参加会试，结果是榜上无名。伏阙上《平黎疏》及《上兵部图说》，再次陈述他关于经略琼州的方针大政和具体措施。说：区处琼州之要务，莫过于“招民、置军、设里、建学、迁创县所、屯田、巡司、驿传诸事宜”。并以琼州去京师万里，当事请裁，或致迟误，请嘉靖皇帝“明敕群臣中知识事机、力可大任、不贪富贵、志在立功者，以之充兵备副使，以专治黎之任”。同时向朝廷表明：他虽是一个“濡染翰墨之人”，“未尝手操矢刃”，但对于“地方变故区处事宜，则习闻知矣。倘得专任其事，驰驱兵革之间，俾黎土尽为治地，黎岐动变尽为良民，臣亦能之。事故不效，请甘服上刑，以谢欺罔虚费兵粮之罪”。奏疏呈上，识者壮之。而下兵部议核，卒不施行。
嘉靖三十二年二月，海瑞第二次公车北上，待到榜发，还是名落孙山。那时候，许多知识分子都以中进士为得志，从地方到朝廷各级的重要官员，绝大多数也由中进士者所担任。海瑞则不同凡俗。连续两次会试不第的遭遇，使他逐渐看清了科举取士的种种弊病；某些进士出身者的低能，也使他认识到一个人能否有作为，决不是非走此路不可。他说：“文不过如画师之写神者耳。穷一生读书作文，而于国家身心毫无补益，何异宋人所谓‘可惜一生心，用在五字上’者乎”；“士君子由科目奋迹，皆得行志，奚必制科”。遂毅然不再参加科举考试，听从吏部谒选派官。
以礼为教，不畏强权
嘉靖三十二年闰三月，海瑞被授为福建延平府南平县教谕。十二月二十日到任。教谕，为一校之长。为使“诸生立有成就”，他立《教约》，作《规士文》，上《申朱提学道教条》，重申县学的教育方针、内容、方法以及各种规章制度，整顿纪律，严肃校风。强调教官为人师表，要做遵守封建礼仪的模范，尽心教好学生；学吏职在供写文案，若“索取生员一钱，并为生员改洗文卷，决无轻贷”；学生学问之道，应遵循朱熹倡导的“父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信”的五教之目，以博学、审问、慎思、明辨、笃行作为为学之序，还要懂得修身、处事、接物之要。又立二簿，分别稽考学生之德、学。海瑞认为：学生只要“率此而行”， “异日为国家建伟业无难矣”。在具体执行封建礼仪方面，他明确宣布：今后教官和学生于县学明伦堂见官，要遵从《会典》诸书所订立之礼节，“不许行跪，学前迎接亦然”。在校风方面，严禁互相造谣中伤，播弄是非，“此等士风，最坏心术”。尤其反对借斯文之名，倡义气之说，以为“结党”一事，“尤干法纪”。这些教育主张，既反映了海瑞维护封建礼教的立场，也与他“以礼为教”的思想相吻合。海瑞长校，还颇有些民主作风，他说：“本职初至学中，某善可兴，某敝可革，尚未尽识，容与诸生会议，并参酌提学道教条别为更定。”所有这一切，对于当时日益败坏的士风，无疑起到了一定的整饬作用。
海瑞是言行一致的。到校的当年，延平府督学官莅校视察，在明伦堂召见教官，诸教官一见，皆左右跪拜。唯特海瑞一人，以学校为养士之重地，师长应受到尊敬，如笔架挺立在中间，拒不跪拜，仅长揖而已。由是得了个 “笔架博士”的雅号。督学官为此嫉妒他，百般刁难。海瑞志在行道，谓：“此阙陷世界，何能有济”，遂愤然乞休。后经福建按察司提学副使朱衡再三慰留，始复教谕之职。
海瑞在训士之余，依然十分关心地方政事。在南平县学任上，他又著文重申他在《治黎策》和《平黎疏》中所提出的思想和建议。当他得知福建驿递困苦，即作《驿传申文》与《驿传议》，上报有关衙门。略曰：驿递之疲，千疮百孔。为今之计，只有恢复国初之法，厘清积弊，凡利者兴之，才是上策。否则，就是中策、下策乃至无策。
时至嘉靖三十七年（1558）春，海瑞长校已四年有余。以实事求是、治学有方、成绩显著，巡抚监司交章论荐，授为浙江严州府淳安县知县。由此步入政界。
丈田均赋，革弊兴利
“知县知一县之事。一民不安其生，一事不得其理，皆知县之责。”不惩贪暴，害怕别人诽谤自己；凡事不认真，害怕生怨取祸，不顾朝廷利益，做个乡愿，“浮沉取名，窃取官爵，非知县也”。从这一思想出发，抱着革弊兴利的决心，海瑞于嘉靖三十七年五月初到达淳安任上。
淳安，地瘠民贫，所产只有茶、竹、杉、柏。田亩悉归豪右，穷者卒岁不粒食，百姓“疾苦万状”，“民之逃亡者过半”。海瑞下民间，访其故。盖由于赋役不均，浮粮数多，大户转嫁。“富豪享三四百亩之产，而户无分厘之税。贫者产无一粒之收，虚出百十亩税差。不均之事，莫甚于此。赔貱则困苦，困苦不堪，相继逃亡，皆虚税所压为之，不可不加意也”。又淳安位于新安江下流，诸官舫日五六次，夫役迎往，费不可支。于是定《兴革条例》三十六项，悉心规划，认真清丈土地，度田定税，均平赋役。同时雷厉风行清查积弊，严行革除一切陋规，裁冗费，革冗役，息词讼，惩贪官，肃吏治，民困渐苏。
海瑞从政克尽职守，为事不惧强权。是年，浙直总督胡宗宪之子过淳安，依仗权势，盛装以行，竟以不备供应，吊打驿吏。海瑞得讯，当即下令拘禁之，并将其所带数千银子如数没入充库。然后去信报告胡宗宪，说此人胡作非为，还冒充总督公子，真不敢相信。气得胡有口难开，只好作罢。嘉靖三十九年三月，严嵩党羽、总理盐政都御史鄢懋卿奉命巡查盐务，欲取道淳安县境。鄢招权纳贿，贪酷成性。若依之，势必扰民。海瑞以“邑小不足奉迎，愿取他道往”，去信挡之。鄢不得不怀恨绕道而去。此两事“更为人所不敢为者”，百姓为之拍手称快，一时传为佳话。
海瑞一心为民除弊兴利，而他自己却清苦自持，衣服破旧单薄；为母亲做寿，只买肉二斤，别无他物。淳安百姓颂之曰：“爱民如子，视钱如仇。”海瑞去县之日，人人放声痛哭，“如丧父母”。
嘉靖四十一年（1562）五月初，朝廷以海瑞在淳安政绩卓著，擢浙江嘉兴府通判。由于他在淳安得罪过鄢懋卿，这时鄢便嗾使其党羽袁淳上疏弹劾他，海瑞遂被取消任命。不久，严嵩败落，鄢、袁相继去官，海瑞乃调任江西赣州府兴国县知县。
四十二年（1563）春到任。兴国地薄民穷，时弊亦在浮粮，“岁征不满什之伍”。“虚粮不能貱，重役不能供”，以故“逃绝户极多”。针对当地的实际情况，海瑞在深入调查研究的基础上，制定《兴国八议》，厘清宿弊，发展生产。“八议”之要者有五：一曰屯田，恢复明初拨军下屯、军民各有定分之法，清退军队由侵吞民田而来之“余田”，“以补民田之虚貱”，使“下之小民无军人之扰，上之屯粮无亏欠之累”。二曰地利，招民开垦“无主山地荒田”，使地尽其利，而民无游食之人。三曰均赋役，此为“八议”之急务，重点是清丈土地，稽查丁粮虚实、人户富贫，按实征发。四曰招抚逃民，蠲除虚粮重役，招民复业，“三年后实有收成，依例报税，收成稀少则听之”。五曰革冗员，凡军政各衙门一切人浮于事者，皆裁革之。“八议”上南赣巡抚吴百朋，次第施行，官吏“畏法听令”，“民间用度十分中减去三四”。任兴国知县一年有余，因功被荐，应召入京。母谢氏畏北国严寒，留居兴国。
冒死上疏，抨击皇帝
嘉靖四十三年（1564）十月，海瑞升为户部云南清吏司主事。嘉靖皇帝自中年以后，崇信道教，一意修仙，侈兴土木，劳民伤财；刚愎自用，喜欢阿谀奉迎，拒绝廷臣劝谏，以致国事日非，民不聊生，怨声载道。四十四年十月，海瑞愤时政阙失，为维护封建皇朝的久安长治，列举事实，犯颜直谏。上疏严厉抨击嘉靖皇帝，名曰《治安疏》。因该疏主旨为“直言天下第一事，以正君道，明臣职，求万世治安，故又称为《直言天下第一疏》。这就是当时震惊朝野、后人所说的“海瑞骂皇帝”。海瑞一生在政治上影响较大的有两件事，此为其一。该疏谓：
君者，天下臣民万物之主也。惟其为天下臣民万物之主，责任至重，凡民生利瘼一有所不闻，将一有所不得知而行，其任为不称。是故养君之道，宜无不备，而以其责寄臣工，使尽言焉。京工尽言而君道斯称矣。……陛下则锐精未久，妄念牵之而去矣，反刚明而错用之，谓遥兴可得而一意玄修。富有四海，不曰民之膏脂在斯也，而侈兴土木。二十余年不视朝，纲纪弛矣。数行推广事例，名爵滥矣。二王不相见，人以为薄于父子；以猜疑诽谤戮辱臣下，人以为薄于君臣；乐西苑而不返宫，人以为薄于夫妇。天下吏贪将弱，民不聊生，水旱靡时，盗贼滋炽，自陛下登极初年，亦有之而未甚也。今赋役增常，万方则效陛下，破产礼佛日甚，室如悬磬，十余年来极矣。天下因即陛下改元之号，而亿之曰：“嘉靖者，言家家皆净而无财用也。”……一意玄修，是陛下心之惑也，过于苛断，是陛下情之偏也。……君道不正，臣职不明，此天下第一事也。于此不言，更复何言！大臣持禄而外为谀，小臣畏罪而面为顺，陛下诚有不得知而改之行之者，臣每恨焉。是以昧死竭惓惓为陛下一言之。
此疏一出，海瑞“直声震天下。上自九天，下及薄海内外，无不知有海主事也”。海瑞自度此疏呈上，必触怒皇帝，获罪而死。因此买好棺材，告别妻子，遣散僮仆，托人料理后事，毫无惧色，从容赴朝，席櫜待罪，“真是铮铮一汉子”。果然不出海瑞所料，皇帝大为震怒，将该疏掷之于地，命令左右：赶快把海瑞抓起来，不要让他逃跑了。宦官黄锦说：海瑞素有痴名，听说上疏时自知必死，已安排好后事，在朝听候处置。皇帝默然。少顷，复取疏览之，若有所动，遂将其留在宫中者数月。至次年二月，皇帝余怒未消，还是以“骂主毁君，悖道不臣”之罪，下旨逮捕海瑞，杖六十，抛入锦衣卫狱，后转刑部狱。户部司务何以尚疏请释放海瑞，皇帝命锦衣卫杖之百，亦锢之诏狱，昼夜榜讯。
同年十二月，世宗病逝，第三子朱载垕继位，是为穆宗。次年改元隆庆，颁布遗诏，大赦天下，海瑞、何以尚同时获释。海瑞复官户部主事。不久，改为兵部武库司主事。隆庆元年（1567）二月，升为尚宝司丞。海瑞上疏请求归家养母，不予允准。四月，擢大理寺右侍丞。时内阁首辅徐阶与高拱之间的矛盾愈演愈烈，高拱欲夺徐阶之权，指使门生、广东道试监察御史齐康奏劾徐阶。海瑞上疏支持徐阶，说：徐阶为首相，“天下骎骎然有向治之渐”，而且“不招权，不纳贿”；高拱为人“狡且凶”，才不足任；齐康捏架无影虚词，“以是为非，以非为是”，请罢斥高拱，重治齐康。结果九卿科道合疏挽留徐阶，齐康被谪远出，高拱落职回家闲住。为此，高拱心里痛恨海瑞。是年冬，海瑞改调为南京通政司右通政，次年二月初至南京任上。七月，徐阶致仕还乡，次辅李春芳为内阁首辅。隆庆三年春，海瑞迁通政司右通政。六月二十四日，晋升都察院右佥都御史、总督粮储、提督军务，巡抚应天十府，遂离开京师，启程南下，出任江南巡抚。这是海瑞一生在政治上影响较大的另一件事。
巡抚江南，挫抑豪强
应天十府是明代经济、文化最为发达的地方，是明皇朝经济重心之所在，但又是历来素号“繁剧难治”之区。为了巩固明皇朝在江南的统治地位，海瑞遵照朝廷的法令与条例，根据江南的具体特点，并参照他在南平、淳安、兴国的施政经验，慨然以澄清天下自任，竭尽心力，一意挫豪强，抚穷弱，做了不少有利于发展社会生产的事情。择其大要，有三：
一曰整饬吏治。自明初以来，江南地区不法官吏往往与当地豪绅大户串通一气，贪赃枉法，敲榨勒索，谋财害命，成为地方百姓的一大祸害。据此，海瑞先后颁布《督抚条约》、《续行条约册式》、《考语册式》等，斥黜贪墨，搏击豪强，矫革浮淫，厘正宿弊。具体有：禁迎送、禁请托、禁请客送礼、禁苛派银粮包揽侵欺、禁假公济私、禁苛派差役、禁官吏敷衍塞责、禁私役民壮、禁滥取民财民物、禁差遣人役骚扰乡里、禁官吏奸利侵吞、禁贿赂书吏、正军法、革募兵、定抚按出使车马，等等。严令各府、州、县大小官吏“一体遵奉施行，俱毋违错”。令既下，“郡邑吏凛凛竞饬，若非往日人。赇者则望风解印绶去，权豪势宦，敛手屏息，至移他省避之”。
二曰勒令退田。应天十府州强宗巨室数多，土地高度集中，是造成当地阶级矛盾尖锐的重要原因。嘉靖以来，兼并之风更为盛行，各地乡官豪绅无不采取各种卑劣手段大肆掠夺田产。其中比较普通的一种形式是通过“投献” 侵占农民的土地。由于该地赋繁役重，“每一役出，辄破数大家。以故富者辄籍其产于士大夫，宁以身为佣而输之租，用避大役，名曰投献”。至于其他小民之田产，为奸民籍而献诸势要归其所有者，更是“不知凡几矣”。松江府华亭县，“乡官田宅之多，奴仆之众，小民詈怨而恨，二京十二省无有也”。其余府县亦大都如此。江南乡官的代表人物徐阶家所拥有的二十多万亩（一说四十万亩）土地，有相当一部分就是通过所谓“投献”夺来的。在海瑞巡视各地之时，控告缙绅豪强侵渔白夺小民田产者不计其数，仅松江一地即有“告乡官夺产者几万人”。对此，海瑞十分气愤，为了缓和阶级矛盾，适当调整土地关系，使乡官豪绅“百年后得安静”，维护地主阶级的长远利益，他坚决勒令受献者必须如数退还白夺之田，或者允许被献者赎回。对势力最大的徐阶也不例外。此令一下，四方震动。贫苦农民热烈拥护；而豪强缙绅则恨之入骨，谤议纷起，伺机报复。由于官绅势力的反抗和抵制，遂使这项改革半途而废。
三曰兴修水利。江南河流众多，湖泊交错。境内吴淞江水道，尤为“国计所关”，纵贯苏、松两府，穿越吴县、吴江、昆山、青浦、嘉定五县。由于长期失修，淤积不通。屡议疏浚，迄无成效。民有谣曰：“惟是海龙王始得开耳。”河道涸塞为陆，使农业生产受到严重破坏。海瑞巡抚江南时，恰遇暴雨不断，吴淞江泛滥成灾，广大农民衣食无着，纷纷背井离乡。海瑞通过民间私访和实地勘量河道，提出用“以工代赈”（即按工给银、救济饥民）的办法，一面赈济救灾，一面修复水利。隆庆四年正月初三日，召集饥民正式动工修吴淞江，至二月二十日告成，全长八十余里。又以三吴入海之道，南止吴淞江，北止白茆河，“若止开吴淞而不开挑白茆，诚为缺事，难免水患”，于二月初九日集众兴工开挑白茆河，至三月底完工。总计救济饥民数十万人，而用银不过五、六万两。且所用钱粮，皆为历年导河夫银、巡抚衙门赃罚银以及部分义捐的“赈济谷”。“不取之民，不捐之官”。官“借饥民之力而故道可通，民借银米之需而荒歉有济，一举两利”。海瑞还劝民在吴淞江旁垦田四十万亩。两河开通，不仅太湖之水直入于海，滨海诸渠皆得以引流灌溉，而且旱涝有备，水患可除。“吴民永赖，乐利无穷。公之开河之功，创三吴所未有也”。就是当地竭力反对海瑞的官绅们也不得不承认他的功劳。说：“隆庆四年、五年皆有大水，不至病农，即开吴淞江之力也。非海公肯担当，安得了此一大事哉。”又云：开河费用之省，皆由“海公清白、不妄用，又用法严也”。根除水患，是海瑞在应天巡抚位上最有成效的政绩。
此外，针对江南官户多、优免户多，转嫁赋役十分严重的现象，海瑞在推行“一条鞭法”时，尤其注意均平赋役，制定《钱粮册式》、《均徭册式》，减轻农民负担。同时，认真严治刁讼，平反冤狱。时人评曰：海瑞抚江南九阅月，“而天下财赋之原，肃然一清”。
海瑞巡抚期间实行的虽然只是局部的改革，但已经触犯了江南官绅的利益，因此遭到他们大肆攻击和极力反对，纷纷指责他“第一不知体”、“不识时务”、“不近人情”、“管闲事”，甚至投匿名信，进行威胁。不仅如此，他们还和朝廷内部的一些人上下勾结，“共思逐公自便”，千方百计要把海瑞赶走，以便改变他所实行的政策。
隆庆四年（1570）正月，正当海瑞领导大批饥民破土修浚吴淞江，江南“小民始忻忻有更生之望”的时候，刑科给事中舒化首先发难，上疏指责海瑞在巡抚任上“迂滞不谙事体”，所立条例“非人情”、“出寻常之外”、“创新奇之法”，提出只宜与两京清秩处之，而不可重用。穆宗没有同意，仍“留抚地方如故”。接着吏科给事中、嘉兴人戴凤翔受徐阶指使，劾论海瑞“不谙吏事”，“庇奸民，鱼肉缙绅，沽名乱政”，“不可一日居地方”。海瑞向来以刚为主，挺立于世，对于戴凤翔之流的无耻攻击，他针锋相对上疏辩明，用大量的事实予以驳斥。指出戴凤翔疏中所言，“无一字是臣本心，无一事是臣所行事迹”，纯属“诬妄”，“逞己邪思，点污善类，不为“报国”，而以“行私”。
此时，与海瑞有夙怨的高拱东山再起，以吏部尚书入阁柄政，从而给海瑞的前途蒙上了一层重重的阴影。吏部见到戴凤翔的奏疏以后，以海瑞“志大才疏”为由，罢其应天巡抚的职务。消息传出，江南小民“号泣载道，家绘像祀之”。隆庆四年二月十五日，改为以原官总督南京粮储。当海瑞将赴南京粮储之际，高拱又从中作梗。三月二十五日，穆宗诏令裁革南京粮储都御史，以其事归南京户部侍郎兼管。海瑞被迫上《告养病疏》，明确表示坚持自己的主张，并提出希望，曰：“臣二经论劾，众口呶呶，臣尚执己为是，臣实见得是也”；“臣叨任巡抚，凡所施为，竭尽心力，一皆采访民言，考求成法，民利与兴，民害与除，不可易也。伏愿皇上所敕新任抚臣，勿以臣受谤而轻改臣事”。同时，恳乞“赐臣回籍，永终田里”。上允其请。
四月，海瑞离开南京回琼山老家。他自四十岁跨入仕途，至此十有七年。俸禄所余，仅置居第一区，值一百二十金；租田十亩，其他皆无所增益。其清苦如此，在当时的官僚中是罕见的。
退居林下，关心国事
海瑞罢归山林，但并没有消沉下去，心里依然关心国事。在田里闲居的十多年间，尤以吏治为急。经常为地方府县官员指点政令得失，痛斥贪官污吏，每一次都是“侃侃条陈，毫无忌讳，耻为面谀，罔及其私”。他向琼州分巡道提出清丈土地、平均赋役的方针办法，亲自草拟条例，绘制图样。有一个书吏出于敬慕之心少计海瑞家一亩八分地，他发现后立即予以纠正。上书两广军门，严斥官军无能，以致倭寇猖獗，地方遭残，提出御倭剿倭的策略。隆庆五年，史际升任浙江布政司参政，他先后两次去信详陈地方安危和自己在淳安的施政经验。
隆庆六年五月，穆宗卒。六月，年仅十岁的皇太子朱翊钧继位，是为神宗，次年改元万历。同月，宦官冯保以两宫懿旨将高拱逐出都门，张居正与冯保相结，出任内阁首辅。居正当国，“惮公（即海瑞）刚直”。万历元年（1573）正月十一日，吏科都给事中雒遵上疏推荐海瑞，吏部谓：“海瑞秉忠亮之心，抱骨鲠之节，天下信之。然考其政，多未通方。只宜坐镇雅俗，不当重烦民事”，拒绝起用。
万历元年二月，为京师会试之期。张居正以子托会试总裁、大学士吕调阳，一时物议沸腾。海瑞闻之，立即上书吕调阳，曰：“今年春公当会试天下士，谅公以公道自持，必不以私徇太岳（按：即张居正），太岳亦以公道自守，必不以私干公也。惟公谅之。”时，神宗登极伊始，一再欲起用海瑞。海瑞则因这事得罪了张居正而不得出山。万历五年，张居正以父忧起复，朝廷内外更加议论纷纷，江南宁国人吴仕期出于义愤，暗中用海瑞的名义，拟疏指责张居正父死“夺情”，不遵制回籍守孝，是贪图禄位、不行孝道、不忠不义，并私拟罢张居正、召海瑞为相的圣旨。尔后，吴中好事者又进一步将吴仕期所拟的“奏疏”和“圣旨”合刻刊行，广为传布。江南人见之，信以为真，举手相庆，谓“朝廷以安车征海公相矣”。此事本与海瑞毫无关系，张居正闻之则大为震怒，不但兴大狱，株连无辜，而且特地派御史渡海到琼山探察海瑞的行迹。海瑞居于京城万里之外的深山老林，消息不通，对张居正父死夺情、吴仕期伪造奏疏之事，确实一无所知，他不卑不亢，以实相告。御史没有抓到任何把柄，空手而回。可是，张居正并没有因为无隙可寻，就此罢休，而是凭借手中的权力，百般阻挠，拒不起用海瑞。
任劳任怨，一生清贫
万历十年（1582）六月，张居正逝世，张四维、申时行相继为内阁首辅。万历十三年正月十日，七十二高龄的海瑞，因众望所归，被起复为南京都察院右佥都御史。二月十一日，诏改南京吏部右侍郎，由正四品升为正三品。这时海瑞已经过了七十致仕之年。闻其复起，众人多举手加额，亦有劝其辞退者。海瑞思虑再三，最后在“主上有特达之知，臣子不可无特达之报”的“忠君报国”思想的驱使下，于二月二十八日“欣然离家”，渡海北上，结束了整整十六年的闲居生活。
五月十二日，赶到南京吏部右侍郎任上，因吏部尚书丘橓未曾赴任，由他主持部事。海瑞留心吏治，至老不倦。一上任就以当年的作风，洞察时弊，首先抓住五城兵马司扰民问题，颁布《禁革积弊告示》，严禁侵用里甲，摊派物品，勒索钱银。指出：“以五城之人，当千百官大小用度之害，侵用里甲，朝廷历历明禁。……今后如有部议之外，仍前票扰者，虽小费一分一文不及先日万分之一，亦不姑恕”。万历十四年二月，晋南京都察院右都御史，以“民困火甲，所从来远”，旋禁旋废，令而不行，特制定《夫差册》，均徭役，苏民困。是册，“上考法度，下酌人情”，应存应革，一一明文规定。“有册外取一物一夫者，先执其将票之人，参奏候旨。兵马司暗地奉行，地方总甲私为科派，一同处治”。部院科道官亦要互相监督纠正，不得官官相护。同月，恳乞致仕。又上《一日治安要机疏》，谓：“今日贪墨为奸，毫不可纵。欲使百姓安乐，其于守令务极选，欲督守令先司道，督司道先抚按，而致望部阁大臣，乃归本于君身”。并主张恢复明太祖“枉法八十贯绞之”律令和“剥皮法”等重刑，严惩贪官污吏。
《一日治安要机疏》一出，同样遭到反对派的责难。三月六日，山东道监察御史梅鹍祚上疏曰：海瑞言“今日刑轻，而侈谈高皇帝剥皮囊草之法者。以清平之世，创闻此不祥之语，岂引君当道志于仁者哉”。四月，向以“凌士纳贿”、“贪污狼籍”闻名的南直隶提学御史房寰，采取“以攻为守”、“先发制人”的伎俩，也操着梅鹍祚的腔调，疏劾海瑞“莅官无善状”，主张恢复国初重典是“妄引剥皮囊草之刑，启皇上好杀之心”。七月二十二日，吏部办事进士江南人顾允成、诸寿贤和湖北人彭遵古联名上疏，为海瑞辩诬，认为他是“当朝伟人”，房寰是“不识廉耻二字”的伪君子，并揭露房寰欺君罔上的六大罪行。神宗降旨，一方面责斥房寰所论“不当”，另一方面又严责顾允成等三进士尚未授官便出位言事，“是何事体？好生轻肆！姑各革去冠带，退回原籍。且令各衙门堂上官约束办事进士，不许妄言渎扰”。
海瑞见正义不得伸张，奸贪之徒姑纵不治，振风肃纪毫无希望，遂连续上疏，乞归田里。谓“年七十有四非做官时节，况天下事只如此而已，不去何为”。至万历十五年（1587）九月，疏凡七上，皆不允归。入秋，病情渐重，又不服药。万历十五年十月十六日（1587年11月15日），卒于南京都察院右都御史任上。享年七十四岁，无子。赠太子少保，谥忠介。
海瑞极力把“忠君”与“爱民”调和、统一起来，由此形成他的矛盾性格，并招致统治阶级中腐败势力的攻击和迫害。他为了“利民”、“裕民”，而“一意约己”、任劳任怨，一生清贫。至死仍“无一语及身后事”。他身为都察院都御史，官秩正二品，可称得上是个有名的大官。然而，作古之时，佥都御史王用汲入视，室中惟有葛帏敝籝，俸金十余两（另说一百五十两），旧袍数件，其清贫苦境，为寒士所不堪。王用汲见状，不禁泣下，率同列捐金治棺。百姓闻之，奔走相告，扶服悲号，罢市数日，哭声震天动地。及“丧出江上，白衣冠送者夹岸，哭而奠者百里不绝，家家绘像祭之”。史家的描写，虽有溢美之词，但大体上是符合实际的。
海瑞的著作，均已辑录在《海瑞集》。