治疗原则：针对病因治疗，纠正营养缺乏和使用必要的代谢疗法。
一、病因治疗：
1、停用不耐受的饮食：
如乳糖吸收不良者停止进食含乳糖的食物。
2、补充缺乏的消化酶：
如乳糖吸收不良者用乳糖酶，胰腺功能不全者用胰酶。
3、细菌感染所致的慢性肠炎：
可酌情使用抗生素，另可适当使用微生态制剂，病因除去后，症状多数可缓解。
二、营养治疗：
原则上应用高热量，高蛋白，低脂肪食物，重症者往往厌食，消化吸收功能差，进食的食物和药物常完整地从粪便中排出，此时可先用肠道外营养，症状好转后可改为要素饮食口服，即应用易消化或已半消化的食物，少量多餐，逐步递增，循序渐进，目前有不含乳糖的奶粉及水解蛋白要素饮食。
从理论上讲治疗很简单，只要从饮食中除去不耐受的双糖或单糖即可奏效。
但实际执行中有不少具体困难，例如怎样找到符合要求的饮食，限制糖后热卡如何维持，糖量限制到什么程度可使病儿保持无症状。
1、先天性葡萄糖、半乳糖吸收不良：
可给不含糖的豆奶，另加5%左右果糖喂养，2～3岁后病儿吸收功能常有所恢复，可耐受小量淀粉及乳糖，但含淀粉及乳糖的食物可加至什么程度，需医生与家属共同作出努力，反复试验。
2、蔗糖-异麦芽糖吸收不良：
自幼即须限食蔗糖即可不引起症状，如奶制品中不加蔗糖，可用葡萄糖代替，也忌服含糖浆的药物。
一般无需限制淀粉，因淀粉中含1,6糖苷键的支链寡糖的成分很少。
随着儿童成长可渐放松对蔗糖的严格限制，但需反复试验。
3、先天性乳糖酶缺乏：
病儿禁食乳糖，包括各种乳类及含乳的食品。
婴儿可用不含乳糖的奶粉、豆奶粉或代乳粉喂养，也可购买豆浆100ml+葡萄糖5～10g按牛奶需要量计算喂养。也可自制豆浆(500g黄豆，4L水，磨制)，制成豆浆后每500ml加食盐0.5g、乳酸钙1.5g、淀粉10g、葡萄糖30g。
4、继发性双糖酶缺乏：
多数病儿只需暂时限食乳糖或给低乳糖奶，如发酵奶或低乳糖奶粉有的则需同时限制蔗糖。
原发病恢复后2～3周内多数病儿双糖酶功能逐步恢复，即可逐渐恢复正常饮食。
小儿肠炎在急性期检测有60%～70%有乳糖酶缺乏，但是随着急性肠炎的康复，乳糖酶功能也很快恢复正常，所以急性肠炎时并不需要常规应用或低乳糖饮食。
或低乳糖饮食只用在迁延与慢性腹泻久治不愈者，或检测伴有乳糖酶缺乏的患儿。
5、继发性单糖吸收不良：
较少见，需在饮食中去除所有糖，病程中维持足够热卡有困难，代谢性酸中毒不易控制，此时常需由静脉暂时补充一定热卡，待病人恢复，可逐渐恢复正常饮食。
二、对症治疗：
糖吸收不良所引起的脱水、电解质紊乱应首先由静脉予以纠正。