婴儿智力低下的原因很多，总的来说，可以分为真性智力低下和假性智力低下两种。前者多是和疾病以及环境营养有关，后者多于遗传有关。
1、遗传
遗传因素是导致重度智力低下的主要原因之一，在发达国家由遗传疾病所致的智力低下占重度智力低下总数的一半以上。
2、地理环境孕妇缺碘是影响胎儿正常发育的重要因素之一。
放射线无论是X线或其它放射线，均可使胚胎发育停止继而发生畸形。胚胎受放射线影响的程度取决于放射线种类和剂量、受照射时的发育阶段、胚胎对放射线的敏感性。
3、疾病
先天愚型又称唐氏综合征，是由于染色体异常造成的。呆小病又称先天性甲状腺功能不全。
4、感染和难产
出生前原因孕妇妊娠前4个月若感染风疹病毒，流感和其他病毒性疾病，对胎儿和婴儿危害极大，可造成胎儿先天畸形和智力障碍。
5、社会以及家庭心理因素
早期社会隔绝、情感人为剥夺、缺乏母爱、无人照料、文化闭塞、不适当的教导方式等均可影响孩子的智力水平。
6、营养
研究表明，孕期营养不良是宫内胎儿生长迟滞的主要原因之一。