黄宗羲晚年之作《怪说》中自述：

自北兵南下，悬书购余者二，名捕者一，守围城者一，以谋反告讦者二、三，绝气沙?者一昼夜，其他连染逻哨之所及，无岁无之，可谓濒于十死矣！

清顺治二年（1645）五月，清军占领南京后挥师南下，很快就占领杭州，接着向浙东地区推进。由于清廷强令汉人剃发，激起了江南人民的强烈反抗，一些具有民族气节的官僚士大夫也奋不顾身，举义抗清。闰六月九日，原明九江道佥事孙嘉绩和吏科给事中熊汝霖首先在余姚举义，响应的民众有数千人。次日绍兴诸生郑遵谦杀了清朝招抚使，在绍兴举兵抗清。十一日，原明刑部员外郎钱肃乐在宁波聚众响应，定海总兵王之仁拥兵响应钱肃乐。二十七日，各路义军从台州迎接鲁王朱以海到绍兴，打起“监国” 旗号。从而开始了长达八年的浙东抗清斗争。

孙、熊起兵后，黄宗羲即与弟宗炎、宗会毁家纾难，集合家乡黄竹浦子弟六百余人组成义军，参加监国鲁王政权的抗清斗争，时人称之为“世忠营”。顺治三年二月，鲁王任命黄宗羲为兵部职方司主事。不久，在孙嘉绩等人推荐下，又改任监察御史兼职方司主事。

鲁王政权建立之初，虽曾北渡钱塘江，打败过清军，但军权掌握在“悍帅”王之仁、方国安手中，他们不图进取而求保实力，提出了所谓“划地分饷”的分裂方案。同时，又与南方的隆武政权争夺正统，“竟成水火”。宗羲致书王之仁，力陈保守策略的危险，而主张进攻。他写道：

诸公何不沉舟决战、由赭山直趋浙西？而日于江上放船鸣鼓、攻其有备，盖意在自守也。蕞尔三府，以供十万之众，北兵即不发一矢，一年之后恐不能支，何守之为！

当时行朝诸臣，虽然同意黄宗羲的西进北上战略，却不能付诸实施。只有熊汝霖曾率军西行，攻下海盐，但终因军力单薄而无力推进。

五月，孙嘉绩以所属“火攻营”部交宗羲指挥，宗羲即联合王正中、查继佐两支义军西行渡海，驻扎潭山。浙西抗清军首领陈潜夫（原明太仆寺卿）、朱大定（尚宝司卿）、吴乃武（兵部主事）等率军前往会师，接受宗羲约束。他们计划由海宁出发攻取海盐，进入太湖地区，北联吴中义师，颇有“吞吴楚之气”。义师前锋直抵乍浦镇，宗羲又与城内义士孙奭约定，以求里应外合，攻下乍浦。但这时清军主力相距不远，王正中部一战失利，义师兵力微弱，无法推进。五月底，钱塘江水位下降，清军趁义师主将恃险无备策马过江，义军大溃。六月初一，清军占领绍兴，方国安劫持鲁王出逃。途中，鲁王乘隙脱逃，而方国安则和马士英、阮大铖一起投降了清军。这便是浙东抗清史上的“浙河兵溃”，或称“江上兵溃”事件。

六月十日，黄宗羲率残部五百余人进入四明山，驻军杖锡寺，意在结寨固守，坚持武装抗清。不久，因部将不听节制，激起民变，四明山寨被山民烧毁。宗羲被迫潜居家乡，伺机再起。清廷屡次发布通缉令，悬赏捉拿黄宗羲。他只得奉母携儿，暂避化安山中，结庐而居。

鲁王逃出后，在张名振、郑彩等人卫护下，至舟山、入福建，重立监国旗号，辗转于闽浙沿海，曾一度收复福建沿海三府一州二十七县，但内部矛盾重重，臣僚相互倾轧，致使得地复失，居无常所。

顺治六年七月，鲁王由闽入浙，驻扎健跳所（今属浙江临海）海面。黄宗羲闻讯，当即离家赴营，投奔行朝。鲁王任命他为左佥都御史，又提升为左副都御史。黄宗羲为有所振作，曾极力推荐四明山区抗清名将王翊，建议委以重任，“优其爵，使之总领诸营，以捍海上”，却受到定西侯张名振所阻。当时，行朝君臣漂泊海上，处境艰难，黄宗羲在《行朝录·鲁纪年下》中记载：

上自浙河失守以后，虽复郡邑，而以海水为金汤，舟楫为宫殿，陆处者惟舟山两年耳。……落日狂涛，君臣相对，乱礁穷岛，衣冠聚谈。是故金鳌桔火，零丁飘絮，未罄其形容也。

一派狼藉景象，跃然笔端。所以，有人嘲笑他们是“海上天子，船中国公”。而黄宗羲虽然名列大臣，却无实权。于是，每日与“礼部尚书”吴钟峦在舟中读书讲学，空余时就注解《授时历》、《泰西历》、《回回历》等书。八月，宗羲闻清廷将“录其家口”，急得“陈情监国，得请变姓名，间行以归”。十月，鲁王由健跳移驻滃州（今舟山），又召宗羲回行朝任职。

顺治六年冬，鲁王任命澄波将军阮美出使日本，请求派兵支援。同时任命兵部右侍郎冯京第和左副都御史黄宗羲监军同行。他们渡海抵达日本长崎岛和萨师玛岛。但乞师未成，失望而归。不久，黄宗羲离开行朝，隐居家乡避难，但与四明山及海上抗清武装仍秘密往来。

顺治七年，清军加紧镇压浙东抗清斗争，黄宗羲和四明山抗清首领冯京第、王翊同被列名悬赏通缉。宗羲并未退缩，仍然暗藏鲁王密信，试图与浙西义师联络。七月，清军分两路围攻大兰山，捕杀了冯京第、王翊。宗羲之弟宗炎也被捕，将处死刑。宗羲秘密潜往宁波，与好友万泰、高斗魁等设计，从狱中救出了宗炎。

顺治八年秋，黄宗羲获悉清军将攻舟山，即秘密派人入海报警。九月，清军攻下舟山，行朝大臣张肯堂、吴钟峦、朱永祐等英勇牺牲。鲁王南逃，依附郑成功的永历政权。顺治十年，鲁王势孤力单，被迫取消监国称号，浙东抗清斗争宣告彻底失败。

顺治十一年，投奔永历政权的张名振派遣密使，想与黄宗羲等人联络，途中被清兵截获。清廷再次下令缉捕黄宗羲。这时，黄宗炎复聚冯京第旧部，在慈溪义士沈尔绪支持下抗清。顺治十三年，沈被告发，清廷以黄宗羲为主谋，即悬榜缉拿黄宗羲、宗炎。宗炎再次被捕，遇救得免。宗羲东奔西走，带着全家到处避难。在几年颠沛流离生活中，黄宗羲一家累遭祸殃，儿媳孙氏、儿子阿寿、孙女阿迎接连病死，故居两次遇火，所以，他悲愤地写下了“八口旅人将去半，十年乱世尚无央”、“半生滨十死，两火际一年”的诗句。顺治十八年，南明永历政权覆亡，郑成功东渡台湾，黄宗羲感到恢复事业已经无望，于是告别了颠沛流离的生活，后半生致力于讲学、著述事业。