明代，炼丹术虽已彻底衰落了，但炼丹术的制药化学成就和实验技术仍为医药学家继承和发扬，进一步丰富了中国古代医药学和医药化学的宝库。刘文泰等编纂的《本草品汇精要》和李时珍《本草纲目》是明代本草学的杰出代表，尤其是后者，它不仅是中国古代的一部医药学巨著，同时又是一部包括各门自然科学的内容丰富的博物学全书，其中也包括大量的化学知识。如《本草纲目》所载二百七十六种无机药物，绝大部分载于金石部，其中有非金属元素、金属单质、合金和多种矿物及无机化合物。而无机化合物中则有氧化物、氢氧化物、硫化物、氯化物、硼酸盐、碳酸盐、硅酸盐、硝酸盐和硫酸盐等。

《本草纲目》对药物的来源、性质和鉴别方法大多有明白的记述。从现代化学知识来看，其中多数是相当确切的。例如，关于金的来源和纯度的鉴别，书中指出：“金有山金、沙金二种。其色七青、八黄、九紫、十赤，以赤为足色也”，“［金］和银者性柔，试石则色青；和铜者性硬，试石则有声”。并在此基础上进一步提出了什么是伪金、伪银：“水银金、丹砂金、雄黄金……并药点成者……皆假金也”，“水银银、草砂银、雄黄银……皆以药制成者，皆假银也。”值得指出的是，这种根据在试金石上的擦痕颜色与标准样品颜色相比较而估量金的纯度（成色）和真假的方法，在地质矿物鉴定中至今仍在沿用。关于各种矾类的鉴别，《本草纲目》中也载有十分简便的方法。如石胆“涂于铁及铜上，烧之红者，真也”，“其状如赤石脂有金星者，为铁矾”，绿矾“色绿、味酸，烧之则赤”等等。

《本草纲目》还记载了许多重要无机药物的合成方法。如关于水银霜（轻粉，Hg2Cl2）的制备，其中写道：“用水银一两，白矾二两，食盐一两，同研不见星，铺于铁器内，以小乌盆覆之。筛灶灰、盐水和、封固盆口，以炭打二柱香，取开，则粉升于盆上矣。其白为雪，轻盈可爱。一两汞可升粉八钱。”这里所述不但有工艺过程，而且有反应物的定量关系，所制得物质的纯度也很高，显然这是一种比《本草品汇精要》所载更为简明可行的水银霜制作方法。现代有人依法进行模拟试验，获得很好的结果。

又如铅粉［碱式碳酸铅，Pb（OH）2·2PbCO3］，书中也记有详细的制作工艺：“每铅百斤，熔化，削成薄片，卷作筒，安木甑内。甑下甑中各安醋一瓶，外以盐泥固济，纸封甑缝。风炉安火四周，养一七，便扫入水缸内。依旧封养，次次如此，铅尽为度。”这一反应的实质是铅与空气中的氧和醋酸蒸气作用而生成碱式醋酸铅，进一步在空气、水汽、二氧化碳的作用下生成白色的铅粉。这种制铅粉法的原理和步骤与欧洲的荷兰法几乎完全相同，但要早近一百年。

《本草纲目》在叙述药物的制作过程中，还提到了水浴加热、蒸馏、冷凝、蒸发、干燥、升华、重结晶、沉淀、洗涤、过滤、灼烧等一系列化学实验操作技术。这些方法至今仍在化学实验中沿用。追本溯源，中国古代医药学无疑对近代化学发展作出了不可磨灭的重要贡献。