清代职官制度，大抵沿袭明代而略有损益。这一制度发端于努尔哈赤兴起建立后金，扩大于皇太极，仿照明朝，设官分职，改后金为大清时，已初具规模，入关后逐渐完善，遂为一代定制。
朝廷机构的建立和设官
清代的中央机构中，以议政王大臣会议、内阁、军机处及六部最为重要，有的参与决策，有的负责执行，为权力的中枢。其成员，初皆满人，后来满、汉并用，但是满官高于汉官，直到清中叶，满、汉官品相等，满仍掌握实权。
议政王大臣会议 清前期的主要决策机构，号称“国议”。源于努尔哈赤时的诸王大臣议政、议刑制度，皇太极时进一步扩充，并使其在决定军国大事上起很大的作用。历顺治、康熙、雍正各朝，都由满族王公大臣充当其成员，表现出满族在清朝统治中占据着特殊地位。至乾隆五十六年（1791），随着皇权的加强和满族贵族的衰落，议政王大臣会议完全被废除。
内阁 皇太极时，先建立了文馆，后改为内国史、内秘书、内弘文院。内阁就是由“内三院”发展而成。顺治十五年（1658）正式称内阁，设官有大学士、学士、侍读学士、侍读、典籍、中书、中书舍人等，大学士皆冠以殿阁之名，称为中和殿（乾隆十三年裁，增体仁阁）大学士、保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士等，常设满、汉各二人，正一品。其权之重在于“掌钧国政，赞诏命，厘宪典，议大礼、大政，裁酌可否入告”。尤其是进呈章奏和代拟批旨，就是所谓“票拟”，关系更大，所以内阁大学士是事实上的宰相。其下办事机构有典籍厅，满、汉、蒙古本房，满、汉签票处，诰敕房，稽察房，收发红本副本处，饭银库等。俱由大学士以下官员任职和经办。
军机处 也是最高中枢机构。始于雍正四年（1726），为筹备对西北用兵而设的军需房，七年改为军机处，十年颁发印信，是由内阁分出的“行政总汇”。军机处的特点是与皇帝更接近，机密性强，官员少。设官为军机大臣、大臣上行走，或大臣上学习行走，军机大臣被视为宰相。属员有章京，满、汉各十六人，分掌满、汉文字。俗称军机大臣为“大军机”，军机章京为“小军机”。
六部 即吏、户、礼、兵、刑、工六部，分掌国家的官吏、财政、教育、军事、司法、建筑等行政事务。天聪五年（1631）初设，均以满洲诸王贝勒一人领之，下设承政、参政等，满、汉、蒙参用。入关后改为每部设尚书，左、右侍郎，郎中，员外郎等官员。尚书从一品，为之长，侍郎正二品，贰之，俱满、汉各一人。清朝不正式设宰相，六部直接受皇帝控制。六部的机构有两个方面，一是内部的属官，有堂主事、司务厅司务和缮本笔帖式，由满洲、汉军、蒙古若干人为之。二是办理政务的分司，即清吏司，其中吏部有文选、考功、验封、稽勋四个清吏司，户部按地区分设江南、江西、浙江、湖广、福建、山东、山西、河南、陕西、四川、广东、广西、云南及贵州十四个清吏司，礼部有仪制、祠祭、主客、精膳四个清吏司，兵部有武选、车驾、职方、武库四个清吏司，刑部有按地区分设的直隶、奉天、江苏、安徽、江西、福建、浙江、湖广、河南、山东、山西、陕西、四川、广东、广西、云南、贵州十七个清吏司，还有一个专职督捕的清吏司，工部有营缮、虞衡、都水、屯田四个清吏司。每部清吏司的设官均为郎中、员外郎、主事、笔帖式等，由清宗室、满洲、汉军、蒙古、汉人中选任之。此外，六部还有若干其他机构和附属机构，属内部的有督催所、当月处，官员由各司郎中、员外郎等担任。附属机构有户部的宝泉局，银、缎匹、颜料三库，仓场衙门及税关，设官多为满，汉并用，惟三库郎中、员外郎、司库、大使等皆由满洲人充任；有礼部的铸印局、会同馆、乐部等，设官或满洲人，或汉人、朝鲜人充之；有刑部律例馆、秋审处，设官由尚书、侍郎或委其属员充任，满、汉兼用。有工部的节慎库、制造库、宝源局及皇木厂、琉璃窖、料估所等，设官郎中、员外郎、司库、库使等，满员多于汉员。
整个清朝统治机构，如运转中之机器，除中枢机关外，尚有辅助机关，或作为补充，或作为制约，构成为其不可缺少之一部分。
都察院 始设于崇德元年（1636），“班六部上”。掌监察，整肃纪纲，并参与九卿议大政事，既为天子耳目，纠劾百官，亦以之控制言论，表达舆情，因参与处理重大刑事案件，与刑部、大理寺合称“三法司”。初设承政、参政各官，顺治元年（1644）改为左都御史，从一品，左副都御史，正三品，俱满、汉各二人，掌院事。都察院内机关有经历司、都司厅等，并设十五道，各冠以京畿、河南、江南、浙江、山西、山东、陕西、湖广、江西、福建、四川、广东、广西、云南、贵州等地方名称，实则纠察朝廷内外官邪，并稽在京各衙门库仓，以及查核各省刑名。还有都察院统辖的六科，即吏、户、礼、兵、刑、工各科，原为独立机构，雍正元年（1723）改隶都察院。其职掌主要是监察六部，以“言职”著称。每科设掌印给事中、给事中等官，俱满、汉各一人。其下笔帖式，满洲十八人。其权势甚大，每日抄发内阁题本，有“封驳”之权，即发现不便施行者，可以封还，错误者，可以驳正。
大理寺 掌平反刑狱，为三法司之一，可参与九卿议大政事。设官有卿，正三品，掌寺事，少卿，正四品，贰之。凡重大案件，先经刑部审明，送都察院纠核，狱成，归寺平决。如有情罪与律例不符，许与刑部，或再与都察院两议，上奏皇帝裁定。寺内属官有堂评事，满洲一人，司务厅司务满汉各一人，左、右寺丞，满洲、汉军、汉各一人，左、右评事，汉各一人。
通政使司 掌各省题本，校阅后送内阁，并参与九卿议大政事。设官有通政使，正三品，副使正四品，参议，正五品，俱满、汉各一人。通政使掌司事，副使、参议佐之。属官有经历司经历、知事，分掌出纳文书。
理藩院 掌管少数民族的机构，由崇德三年改蒙古衙门而建。初设承政、参政等官，顺治元年改为尚书、侍郎，其重要事务由旗籍、王会、柔远、典属、理刑、徕远六个清吏司分管。旗籍掌内札萨克（内蒙古）的疆域、封爵、谱系、会盟、军旅、邮传等事。王会掌内札萨克颁禄、朝贡、赏赐等事。典属掌外札萨克（外蒙古）部旗、邮驿、互市及内外喇嘛。柔远掌外札萨克喇嘛、俸禄、朝贡等事。徕远掌回部（新疆）札萨克及中亚一些国家朝贡往来。理刑掌各少数民族刑罚案件。各清吏司设官有郎中、员外郎、主事、笔帖式，俱由满洲、蒙古等少数民族或极少数汉军担任。
翰林院 储备人才之所。设官有掌院学士，从二品，侍读学士、侍讲学士，俱从四品，满洲各二人，汉各三人。修撰、编修、检讨、庶吉士等无定员。掌院学士掌修国史笔翰之事，并备顾问。侍读学士以下掌撰文章或于侍从。庶吉士不任事，入馆学习，三年考试，分别散留。属官有典簿厅、待诏厅主事、典簿等。
国子监 最高的教育机关，实是大学堂。设官有管理监事大臣、尚书、侍郎、祭酒及司业，由满、汉大学士中特简。祭酒从四品，司业正六品，掌“成均（大学）之法”，主持教学及考试。其属有绳愆厅、博士厅、典簿厅、典籍厅，设监丞、博士、典簿、典籍等官，满、汉并用之。
钦天监 观察天象制定历法的机构。顺治元年设，官有管理监事王大臣一人，监正，正五品，满汉各一人。监正掌监事，每年终奏新历，礼部颁行。历官正者有满洲、汉军、汉人，还有西洋传教士。其属主簿厅与时宪、天文、漏刻各科，设主簿与五官正、灵台郎、监候、司晨、司书、博士等，分掌章奏文书，制历法，观天象，辨禁忌。
像历代统治一样，清朝也为皇帝爱新觉罗氏一家设置了庞大的服务机构，进行有效的管理并成为整个清代职官制度的一个组成部分。
宗人府 顺治九年设，位居内阁、六部之上，掌皇族之政令，凡生子、继嗣、婚嫁、爵秩始末，按宗室（俗称黄带子）、觉罗（俗称红带子）分别世系嫡庶，记入黄册或红册。生者书红字，死者书墨字。十年修一次。官有宗令，左、右宗正，左、右宗人，俱各一人，由满洲王、公充任。宗令主府事，宗正、宗人佐之。
内务府 管理皇家事务的总机构，“供御诸职，靡所不综”。入关前已设，入关后一度仿明制设十三衙门，重用宦官管事，康熙即位后复改为内务府，设总管大臣，正二品，由满洲大臣中特简。其属堂郎中、主事各一人。直辖的广储、会计、掌仪、都虞、慎刑、营造、庆丰七司分掌银、缎、茶出纳，财政收支，户口徭役，祭祀礼仪，武职选授、俸饷、采猎、刑案，府第修缮，庀材饬工、牛羊牧放等事。设官有总管郎中、郎中、员外郎等。兼辖的上驷院、武备院、奉宸苑，各掌皇帝所用马匹，器械，苑囿，三院设官除兼管大臣外，还有卿、郎中、员外郎、主事等。
詹事府 顺治元年仿明制而建，为皇子或皇帝服务。设官有詹事，正三品，少詹事，正四品，俱满、汉各一人，掌文学侍从，并参与九卿科道会议。其下左、右春坊，左、右庶子，左、右中允，左、右赞善，俱满、汉各一人，掌记注撰文。经历司洗马，掌图书经籍，主簿厅主簿，掌文书收发。
太常寺 管理坛庙祭祀的机构，始建于顺治元年，归礼部，后虽独立门户，仍由礼部满尚书兼管寺事大臣。又设卿，正三品，主寺事，少卿，正四品，佐之。属官有寺丞，赞礼郎等。
光禄寺 掌典礼祭祀宴席供应之政令，顺治元年设，曾隶礼部，后分立，仍简大臣一人管寺事。又设卿，从三品，主寺事，少卿，正五品，佐之。属官有典簿厅典簿，掌文书往来；又大官、珍馐、良酝、掌酝四署设署正、置丞及司库等官。
太仆寺 掌牧马之政令，顺治元年设。除派大臣一人兼管外，设卿从三品，主寺事，少卿正四品，佐之。其属分左、右二司和主簿厅。官有员外郎、主事及附属马厂按马群所设之牧长、牧副、牧丁，按地区所设之总管、翼长、协领等。
鸿胪寺 掌朝会宾客“赞相礼仪”的机构。顺治元年设，经常由礼部尚书兼管寺事大臣。又设卿正四品，主寺事，少卿从五品，佐之。其属官鸣赞、序班、主簿，分掌傧导赞唱、百官班次及章奏文书。
太医院 研究和供应医药的机构。乾隆五十八年（1793）特简满洲管院事王大臣一人，经常主持院事则设院使正五品，左、右院判正六品，俱汉一人。其属御医、吏目、医士、医生，各专一科。共分大方脉、小方脉、伤寒、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、正骨九科。御医分班侍值，在宫内称“宫直”，在外廷称“六直”。
地方机构的建立和设官
清朝是中国统一的多民族国家的奠定和巩固时期，在辽阔广大的疆域之内根据地区特点和统治需要，清朝在地方上建立了政权机构并设置了相应的职官，形成了一套地方官制。
清朝在燕京地区建立了顺天府，在东北地区建立了奉天府；一在首都，一在留都，其设官分职属于一种特殊类型。
顺天府 乾隆八年（1743）定顺天府之地为四路厅、二十四州县，州县隶属于路厅。设官有兼管府尹事大臣一人，由大学士、尚书、侍郎内特简。府尹正三品，府丞正四品，俱各一人。府尹总管京畿及四路的政令条教，“以成首善之化”，比一般府尹权力大，品级高，如升调州县官，可与总督会衔。府丞掌学校政令。属官有治中、通判，经历司经历，照磨所照磨，司狱司司狱，皆汉人。儒学教授，满、汉各一人；所辖四路厅同知正五品，各一人；州、县，知州、知县正七品，俱各一人。大兴、宛平二县并与五城兵马司分区而治，比外县高一品级。
奉天府 天聪八年已尊为盛京，顺治元年清入关，原来盛京的六部俱废。自顺治十五年至康熙三十年又重建户、礼、兵、刑、工五部。均置侍郎以下官，称“盛京五部”。又设盛京内务府，为外地所无。自顺治十年设辽阳府，十四年更名奉天府，至光绪三十三年（1907）改行省。奉天府所辖地方为府二，兴京同知一，直隶厅一、厅二，州五，县十四。设官有兼领府事大臣一人，由盛京五部侍郎内特简，后归盛京将军兼辖。府尹，满洲一人；府丞，汉一人，品级同顺天府。属官治中、围场通判、库大使、经历、司狱、巡检兼司狱、府学教授，俱各一人。府尹主府事，小事决之，大事呈报。
清朝继承元明以来的分省建制，以省为地方上的最大行政区域，下设府、厅、州、县，构成地方上的省、府、县三级基本行政系统组织。其设官分职如次：
总督 省级的最高长官，全称为总督某某省等处地方提督军务、粮饷，或兼巡抚事。清朝一共建立了二十三个省，其中内地十八省为沿袭旧制或以旧制为基础，其余四省在边境并为清末所置。这些省是：直隶、奉天、吉林、黑龙江、江苏、安徽、山西、山东、河南、陕西、甘肃、浙江、江西、湖北、湖南、四川、福建、台湾、新疆、广东、广西、云南、贵州。总督管两省或两省以上的地方军政事务，尤其侧重于军事。雍正元年定总督加衔制，加尚书衔的兼都察院右都御史，从一品；余为兵部右侍郎兼右副都御史，正二品。有清一代，全国共设总督九人，即东三省、直隶、两江、陕甘、闽浙、湖广、四川、两广、云贵。此外还在省级地方设有专门管理漕运的漕运总督和治河的河道总督。
巡抚 总督之下设巡抚，其全称为巡抚某省等处地方提督军务兼理粮饷，或节制各镇，职权很广泛。有的加侍郎衔，为正二品，否则为从二品。巡抚基本上是管一省，也侧重于军事，但比总督管民政更多，为总管一省军事、行政、监察及教育在内的高级长官。清朝所设巡抚共二十一人，其中由总督兼的有奉天、直隶等八人，单独设的有江苏、安徽等十三人。山东、山西等五省巡抚皆兼提督衔，贵州巡抚兼节制兵马衔。
提督学政 各省一人，由侍郎或科道进士出身的官员中委任，带原品级，掌学校和科学考试之政令。
承宣布政使司布政使 简称布政使司或藩司。布政使，从二品，每省一人，只有江苏二人，实际是一省长官，上承朝廷旨令，下帅府、州、县官，但因有督抚之设，渐居次要了。其属经历司经历、都事，照磨所照磨，理问所理问，库大使、仓大使等，分掌出纳文书、照刷案卷、审核刑名以及保存档案、财政收支等。
提刑按察使司按察使 各省均设，简称按察使司或臬司·设按察使一人，正三品，比布政使地位略低，掌司法监察，“澄清吏治”，常与布政使并称为“布按”。其下设知事掌勘察刑名，司狱检察囚犯，经历、照磨所掌同藩司。
都转盐运使司盐运使 清朝在各地所设盐务衙门。最高的长官是盐政，由总督、巡抚兼任。实际办事的是盐运使，从三品，奉天、直隶、山东、两淮、两浙、广东、四川各一人。也有的省设盐法道。盐运使司及盐法道之下有盐务分司、盐课提举司、盐课司、盐引批验所等。
道员 清代各省设道员，正四品，或有专责，或作为布、按副使。专责者有督粮道或粮储道，简称粮道；又有管河道或河工道，简称河道。官则有的单设，多数为兼任。其他如驿传道、海关道、屯田道、茶马道等，一般由当地同品级官兼道员。作为布、按副使者，有分守道与分巡道。守道由布政使下的参政、参议发展而来，巡道是按察使下副使、佥事演变的结果。初设只辖一府，或数道同辖一府，后来有的统辖全省，有的分辖三四府之地。为此，守、巡二道由原来临时性差使变为固定的地方长官。而且前此守道主管钱谷，巡道侧重刑名，久之两者各加兵备衔，所掌渐趋一致。乾隆、嘉庆时又准其密折封奏，权势日益加重，以致有人视道为省下、府上一级地方行政机构。实际上道不完全具备地方政府性质，不过是省级行政机构的派生物。
府官 府是省之下的一级地方行政机构。知府为一府长官，从四品，掌总领属县，宣布条教，兴利除害，决讼检奸。三年一考属吏，具其优劣上报。一切要政皆需通过督、抚允准乃行。清朝以知府“为承上接下要职”，故严谕督、抚对其考核。同知正五品，通判正六品，协助知府，分掌粮盐督捕，江防海防，河工水利，清军理事，抚绥民众诸职。属官有经历、知事、照磨、司狱等。
厅州官 清朝有直隶厅、州和一般厅、州。凡统治地方人多并直隶于布政使司的为直隶厅、州，地位与府大致相同。厅设官同知正五品，通判正六品，州设官知州正五品，州同从六品，州判从七品。清朝在全国设有直隶厅四十一个，直隶州七十三个。其外的厅、州，称为散厅、州，地位略同于县。至清末，全国已设散厅七十八个，散州一百四十五个。散厅、州设官与直隶厅、州相同，而品级差一等。散厅、州属府管辖，个别的隶于将军或道员。
县官 县是地方基层政权机构。清末全国已设一千三百五十八个县。每县设官为知县一人，正七品，县丞正八品一人，主簿正九品，无定员。知县掌一县治理，主要是决讼断辟，劝农赈贫，讨猾除奸，兴养立教。县丞、主簿分掌粮马、征税、户籍、缉捕诸职。典史掌稽检狱囚。
府厅州县的职官，还有府厅教授，厅州学正，县教谕，府厅州县训导等，分别掌管各该地方学校的教育与教学。州县关津尚设巡检、驿丞、闸官及税课司大使、河泊所大使等。
清朝在西北蒙古、青海、新疆、西藏，西南四川、云南、贵州等少数民族聚居的地区，所建职官制度，既不同于京畿、东北和内地各省，在这些地区之间又有很大差别。
内外蒙古的盟旗制 清朝以大漠为界，将蒙古分为漠南内蒙古和漠北外蒙古，并以此为基础建立了盟旗制度。盟由各部定期会盟而形成的机构，旗是分解原来的部落而组成。旗隶于盟。内外蒙古的盟旗设官基本相同。每盟设盟长、副盟长各一人，掌管盟务。盟长先由各旗会盟时，从旗长即札萨克中推选。后来改为清朝理藩院开列盟内札萨克，由皇帝任命。其外每盟各设备兵札萨克一人，管理军务。有的盟还设帮办一二人，协理盟务。旗是军政合一的地方政权机构，每旗设旗长一人，又名札萨克，掌全旗要务。又设协理副之。其属有管旗章京、副章京及参领、佐领、骁骑校等官。札萨克等官员多数都是原来蒙古各部落的首领并经清朝封有爵位的王、贝勒、贝子、公、台吉等人。
内蒙古的盟旗是把原来的二十四部，按其活动地区划分为六盟、四十九旗。具体组合是，东四盟：哲里木盟统十旗，卓索图盟统五旗，昭乌达盟统十一旗，锡林郭勒盟统十旗；西二盟：乌兰察布盟统六旗，伊克昭盟统七旗。清朝在这些盟旗之上由理藩院及派驻地方的将军、都统进行管辖。他们是，盛京将军监督哲里木盟的科尔沁六旗；吉林将军、黑龙江将军监督哲里木盟的郭尔罗斯前旗和杜尔伯特旗等；热河都统监督卓索图盟五旗及昭乌达盟十一旗；察哈尔都统主要掌管察哈尔八旗及四牧群，其外监督锡林郭勒盟十旗；绥远城将军管辖土默特二旗并监督乌兰察布盟六旗及伊克昭盟的鄂尔多斯七旗。
外蒙古虽在清入关前已建立了“九白”的常贡关系，但入关后一度受噶尔丹的骚扰，直到康熙平定噶尔丹之后才恢复并确定外蒙各部的牧地。清封各部首领为汗和王、贝勒、台吉等，如内蒙一样建立盟旗制度。其各部所组合的盟旗是：喀尔喀四部及附额鲁特、辉特部四盟、八十六旗；杜尔伯特部及附辉特部二盟、十六旗；新土尔扈特一盟、三旗。此外札哈沁、明阿特、乌梁海部等，虽也有旗之设，却不属于外蒙古各盟。清朝对外蒙古盟旗的管辖，中央有理藩院的典属、柔远清吏司等机构，地方上有驻防将军或大臣等。其中定边左副将军（或称乌里雅苏台将军）为当地最高统治者，下设乌里雅苏台参赞大臣二人，一人由蒙古王公担任，与将军共同管辖喀尔喀诸部盟旗。科布多参赞大臣及帮办大臣管辖杜尔伯特、辉特、新土尔扈特等盟旗及札哈沁、阿明特、乌梁海等旗。库伦办事大臣掌中俄交涉事务，其属恰克图办事司员一人，负责监督中俄贸易。
青海蒙古的盟旗制 清代的青海主要为蒙古额鲁特部居牧之地，共分五部、二十九旗。即：和硕特部二十一旗、绰罗斯部二旗、辉特部一旗、土尔扈特部四旗、喀尔喀部一旗。还有察罕诺门汗部自编一旗。每旗各设旗长，掌治一旗，属官之设如内蒙古。旗之上，青海各部与察罕诺门汗部一旗共会一盟，但是不设盟长，而以清朝驻西宁办事大臣莅盟统辖之。道光三年（1823）又分河北二十四旗为左右翼，每翼设正、副盟长各一人
新疆的盟旗制和伯克制 新疆在清末建省之前，曾就额鲁特旧土尔扈特部与和硕特部的实况，如内蒙设盟旗制。即：旧土尔扈特部为盟四，和硕特部为盟一。盟下为旗。每盟设正、副盟长各一人，旗设旗长（札萨克）一人，掌盟、旗政令。但是盟长由清朝政府任命，旗长则基本是世袭。此外新疆大部分地区为维吾尔族居住，清代称为“回部”。哈密、吐鲁番率先归服，曾设旗，部长被授札萨克。自康熙至乾隆平定回部诸乱之后，在这些地区不设札萨克，而实行伯克制。伯克原来是回部的酋长，经清朝重新任命，按职责和品级称某某伯克，共三十余名目。最高的为阿奇木伯克，掌综回务，三品至六品，其次为伊什罕伯克，掌赞理回务。四品至六品。其余分掌地亩、田粮、税务的，大抵四品至七品。在清朝所封的札萨克郡王和诸伯克之上，清朝还派驻了伊犁将军，掌天山南北最高军政大权，下设参赞大臣一人辅之。又设塔尔巴哈台参赞大臣，喀什噶尔参赞大臣及帮办大臣，叶尔羌办事大臣及帮办大臣，和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔办事大臣等，以及乌鲁木齐都统、副都统，分管所在回城事务。
西藏的政教合一制 清代称藏族为图伯特，或唐古特，所居地区分为卫（前藏）、唐（又称喀木）、藏（后藏）、阿里（又名喇里）四部。崇德年间达赖及班禅已派人贡于清朝，经康熙至乾隆，先后平定噶尔丹叛乱及其所造成的影响，清朝在西藏便建立了政教合一的制度。当地的最高统治者为达赖喇嘛，驻前藏拉萨，掌全藏政令。班禅喇嘛，驻后藏扎伦布，掌后藏寺院与其教民。在宗教上班禅略低于达赖，在政权上达赖高于班禅。前藏行政机构主要有噶厦和商上。噶厦为总管藏务会议厅，设三品官噶布伦四人。商上为分管财政的机构，除以噶布伦一人管理外，设四品仔琫三人，商卓特巴二人。还有专掌粮务的叶尔仓巴、掌道路的朗仔辖、掌刑名的协尔帮、掌马厂的达琫及第巴等四至七品的各种名目官员。后藏也设四品商卓特巴、叶尔仓巴，五品达琫等官员，掌管相应的政务。武官则有四至七品的戴琫、如琫、甲琫、定琫，从几人至百多人。凡前后藏皆有营寨，按其地理险易和大中小，各设边营官及营官，总计一百六十余人。佛教在西藏盛行，喇嘛很多，有的喇嘛在噶厦、商上任职，而僧官又分国师、禅师、札萨克大喇嘛、札萨克喇嘛、大喇嘛、副喇嘛等，专掌教事。
清朝在西藏设官始于雍正五年，派驻藏大臣二人，驻前藏，统管前后藏地方及喇嘛事务。后改为办事大臣、帮办大臣各一人，分驻前后藏。按规定，驻藏大臣督办藏内事务与达赖、班禅地位相等，实际驻藏大臣职权更大，是清政府的代表。达赖、班禅及以下呼图克图十八人、沙布隆十二人等活佛转世，称为“呼毕勒罕”，即奔巴金瓶抽签，均由驻藏大臣监督。
西南地区的土官制 甘肃、青海、西藏、四川、云南、广西、贵州等地，历来居住蒙、藏、瑶、壮、彝、黎等少数民族。清朝根据这些地区的特点，以当地的土著人作各级行政机构的长官，清朝政府予以承认，但是当官的人可以世袭，这就是土官制。有文武两类，文官如知府、知州、知县等，皆加“土”字。武官有指挥使司指挥使、长官司长官。从正三品至正七品。此外还有土游击、土都司、土守备等。清朝定制，文职土官共七阶，武职土官共五阶。其承袭、革除、升迁、降调，文隶吏部，武隶兵部。在地方上各归所在总督、巡抚或驻扎大臣、办事大臣等统辖。
军事机构的建立和设官
清朝以武功定天下，入关前就建立了著名的八旗制度。入关后又在进行武力征服和巩固统治的过程中，建立起人数更多的绿营兵制。同时对原有的八旗作了整编和改组，形成了禁旅八旗、驻防八旗和绿营兵的新的军事体制。
早期以三百丁为一牛录（后改为一二百丁），立一牛录额真，汉称为佐领。五牛录为一扎拦（甲喇），立一扎拦额真，汉称为参领。五扎拦为一固山（汉译为旗），立一固山额真，汉称为都统。固山额真立左、右美凌额真，汉称为副将。以正黄、正白、正红、正蓝、镶黄、镶白、镶红、镶蓝八种颜色的旗纛相区别，名为八旗。最先建立的是四正色，后扩充为四镶色。初建时仅为八旗满洲，继之又建八旗蒙古和八旗汉军，合之实为二十四旗。因为人数无论如何增加，只扩大牛录的数目，旗始终不变，所以总称八旗。清入关后，分置八旗满、蒙、汉军于北京城，按左、右翼方位而居：左翼镶黄在东北，依次而南正白、镶白、正蓝；右翼正黄在西北，依次而南正红、镶红、镶蓝。星罗棋布，“拱卫宸居”。据乾隆后所编《大清会典》记载，京城的满洲佐领六百八十一，蒙古佐领二百零四，汉军佐领二百六十六，驻防佐领八百四十，总共近二千个佐领。八旗军队总兵额约二十万，其中十余万为禁旅八旗。
侍卫处 禁旅八旗的重要组成部分，担负守卫皇帝的任务。原来清朝皇帝自领八旗中的镶黄、正黄、正白三旗，称为“上三旗”，余称“下五旗”。侍卫处即由上三旗、宗室及“外藩”中选拔材武出众的子弟为侍卫，并以勋戚大臣为统帅而组成的一支军队。顺治元年定制，设官领侍卫内大臣正一品，内大臣从一品，散秩大臣从二品，等。侍卫分一二三四等。领侍卫内大臣“掌上三旗侍卫亲军之政令”，在内大臣、散秩大臣协助下，宿卫扈从，执行禁旅大将军的职能。侍卫处设协理、主事、笔帖式分掌章奏文书。侍卫掌营卫轮班宿卫，并受侍卫班领、署班领、侍卫什长分辖。
骁骑营 始于入关前的随营马兵阿礼哈超哈。顺治初定制为八旗都统所直辖。由马甲、领催、匠役等人组成。马甲按满蒙、汉军各佐领数抽调，各为营。领催又是从马甲中选拔的优秀人才。匠役是每佐领均有弓、矢、鞍、铁匠等。设官与八旗同，都统从一品，掌骁骑营之政令，副都统正二品，参领正三品，佐领正四品，分管上命下达及户口、田宅、兵籍等具体事务。
前锋营 始于入关前的噶布什贤超哈，为精锐的前哨兵，田八旗满洲、蒙古佐领下抽调组成。顺治元年定营制，分左、右翼。设官为前锋统领，正二品，左右翼各一人，参领正三品，侍卫正四品，前锋校正六品，等。统领掌前锋营之政令，参领、侍卫掌督率前锋“警跸宿卫”，或与前锋校等分管文书事务。
护军营 由八旗初设的巴牙喇营发展而来，从八旗满洲、蒙古中选拔的精锐兵组成。设官有护军统领正二品，参领正三品，副参领正四品，委署参领给五品顶戴及护军校正六品，等。统领掌护军营之政令，担负皇帝一切护卫任务。参领、副参领率护军扈从和宿卫，或与护军校等分掌文书章奏。
步军营 清初已有满、蒙、汉军组成的步军营，总计步军二万一千一百五十八人。康熙十三年（1674）定步军统领兼提督京城九门事务，三十年又兼管巡捕三营事务，乾隆时扩编为五营。于是步军营设官称提督九门步军巡捕五营统领，从一品，由皇帝亲信大臣兼任。统领掌九门管钥，统帅八旗步军五营将士，周围巡哨，以卫京邑，总兵佐之。步军营的特点，一是合满、蒙、汉为营，皆隶于统领；二是五城巡捕营步兵万人皆绿旗兵，亦隶步军统领，附于八旗禁旅。
此外禁旅八旗还有圆明园护军营、火器营、健锐营、虎枪营等营制和官兵，担负各种特殊任务。
清军入关后，建立八旗驻防制。将十余万八旗劲旅派往京畿、东北、内地及边疆险要驻扎。各地驻防八旗，合满、蒙、汉军为营，编佐领，官兵旗籍仍隶京旗佐领。驻防官署称为衙门，有将军衙门、都统衙门等，均将官衔列于衙门之上而连称。衙门机关根据事务繁简设主事、笔帖式办理日常事务，长官主要有将军从一品，都统从一品，专城副都统正二品。他们带领军队，驻扎一个地方，“掌镇守险要，绥和军民，均齐政刑，修举武备”，构成一个小社会，无所不管。有的还设参赞大臣、领队大臣、总管、副总管、城守尉、防守尉及参领、协领等官，协助为治。各省以将军、都统、副都统等为首的驻防分布大致是：盛京将军（驻盛京，今沈阳市）、吉林将军（驻吉林，今吉林市）、黑龙江将军（驻齐齐哈尔）、绥远城将军（驻绥远城，今呼和浩特市）、江宁将军（驻江宁，今南京市）、福州将军（驻福州）、杭州将军（驻杭州）、荆州将军（驻荆州，今江陵县）、西安将军（驻西安）、宁夏将军（驻宁夏）、伊犁将军（驻伊犁）、成都将军（驻成都）、广州将军（驻广州）、热河都统（驻承德）、张家口都统（驻张家口）、密云副都统（驻密云）、山海关副都统（驻山海关）、青州副都统（驻青州，今益都）。此外有山西驻防城守尉两人，一驻太原，一驻右卫（今右玉县），河南驻防城守尉一人，驻开封，均隶巡抚管辖。
绿旗兵，又称绿营兵，因使用绿色旗帜而得名。清入关后始建绿旗兵，主要是收编明朝的汉人旧军队，将官也是用明朝军队的旧名称。这支绿旗武装兵额在六十至八十万左右，超过八旗兵三倍以上，是清朝建立和维护在全国统治的经制兵，起着重要作用。
清朝的绿旗兵，除少数驻防北京城，直隶禁旅以外，绝大多数驻防全国各省。绿旗兵以营为基本单位，营制构成系统是标、协、营、汛。在地方上属总督、巡抚、总兵、副将等统率。总督为最高长官，其直属之兵称为督标，依次是巡抚，所属称抚标，提督所属称提标，总兵所属称镇标。驻防将军、河道总督、漕运总督所属分别称为军标、河标、漕标。副总兵（副将）所属称协，参将、游击、都司、守备所属称营。千总、把总所属称汛。
绿旗兵单独营制的最高长官是提督，全称提督军务总兵官，从一品，掌节制镇、协、营、汛。下设镇守总兵官正二品，统辖本标官兵。副将从二品，为提镇分守，或综理军务。参将、游击、都司、守备、千总、把总等官，或分掌分防军政，或充中军并兼理营务、粮饷等。清代各省绿旗提督主要有：直隶提督（驻古北口），四川提督（驻成都），广东陆路提督（驻惠州，今惠阳）、水师提督（驻虎门），广西提督（驻柳州），云南提督（驻大理），贵州提督（驻安顺），江南提督兼水师（驻松江），陕西提督（驻固原），甘肃提督（驻甘州，今张掖），新疆提督（驻乌鲁木齐），福建陆路提督（驻泉州）、水师提督（驻厦门），浙江提督兼水师（驻宁波），湖北提督（驻襄阳），湖南提督（驻辰州）。尚有安徽、山东、山西、河南、江西巡抚兼提督。