正是由于这些新生儿肠道的特性，积极的喂养方式才显得更加重要。而积极的喂养方式，当然就是母乳喂养。
母乳喂养过程是一个有菌喂养过程。人体内的开放性器官都存有细菌，女性乳房的乳管也是开放器官。在妈妈生育孩子之前，乳管内已经形成正常的菌群。这样妈妈就可通过母乳喂养，将乳管内正常菌群的细菌喂给婴儿。所以，对母乳喂养儿来说，其肠道内细菌建立的速度很快。
在通过母乳喂养进入到婴儿体内的细菌中，有少量需要氧气的需氧菌，还有大量不需要氧气的厌氧菌。致病菌多为需氧菌，而正常菌群，比如双歧杆菌和乳酸杆菌属于厌氧菌。进入肠道的需氧菌会很快把肠道内的氧气消耗掉，为同时进入的厌氧菌提供很好的生长环境。
母乳中含有很多促使厌氧细菌，特别是益生菌生长的因子，比如乳糖、低聚糖等。这些营养素促进厌氧细菌的生长，很快形成肠道内的正常菌群，而正常菌群还会利用乳糖和低聚糖产酸形成酸性环境，抑制致病菌生长。
肠道内的正常菌群属于厌氧菌，而血液内是有氧环境，所以正常菌群不会穿过松弛的肠壁细胞间隙进入血液，造成感染。另外，肠道内的正常菌群可以机械地封闭肠壁细胞间的间隙，从而阻止致病的细菌和蛋白抗原穿过肠壁进入血液，达到避免感染和过敏的效果。
肠道内正常菌群的建立还可促进全身免疫系统，特别是能够纠正T辅助细胞的歪斜现象，从而避免食物或其它原因引起的过敏。
肠道内正常菌群能产生免疫球蛋白A，增加肠道抵御致病菌的能力。
正常菌群还能产生维生素K、生物素和叶酸，并促进钙、镁和铁的吸收。
这样看来，肠道中的正常菌群对婴儿的生长发育的确很重要，而且母乳喂养就可以达到这样的效果。因此，那么对肠道本身和人体有益的细菌，现在也被称为“营养素”，当然是一种特殊的营养素。那么，
对于不能接受母乳喂养的婴儿，可以通过单独补充对人体肠道有益的细菌——益生菌制剂或使用含有益生菌的配方奶粉，同样也可获得这样的营养效果。细菌也是营养素？这是个荒唐的问题吗？其实不是。自然界中的细菌成千上万，有些细菌可以引起人体生病，比如肺炎、肠炎、脑膜炎等，都是由细菌所致。但是，也有很多细菌对人体非常有益。