甲骨文最早出土于何时，尚无定论。河南安阳殷墟一带，自北宋以来就不断发现商代铜器，当地在千百年前即有甲骨出土是完全有可能的。但直到清末，历代学者都没有注意到甲骨文的存在。

在清朝光绪年间，古董商、金石学家王懿荣，是当时最高学府国子监祭酒（相当于校长）。有一次他看见一味中药叫龙骨，看见上面刻着字，就觉得很奇怪，就翻看药渣，没想到上面居然有一种看似文字的图案。于是他把所有的龙骨都买了下来，发现每片龙骨上都有相似的图案。他把这些奇怪的图案画下来，经过长时间的研究他确信这是一种文字，而且比较完善，应该是殷商时期的。后来，人们找到了龙骨出土的地方——河南安阳小屯村，那里又出土了一大批龙骨。因为这些龙骨主要是龟类兽类的甲骨，是以人将它们命名为“甲骨文”，研究它的学科就叫做“甲骨学”。（此种说法如今存疑,详见百度王襄词条。）另当时药店疏"龙骨"有规定，带字的不要，所以王不可能在药中看到。范寿轩先将龙骨卖予王襄，王襄无力全部购买，余下的范带到北京卖与王懿荣。

由于药铺老板拒收上面有刻画痕迹的龙骨，小屯村的农民就用小刀将上面的痕迹刮掉，以6文钱一斤的价格，将挖出的龙骨卖给药铺。于是许许多多的商代史料被磨成粉，当作药吃进肚里，这就是所谓的“人吞商史”。

学术界基本认同清末官员、金石学家王懿荣是甲骨文的最早发现者。而关于具体发现过程则有两说。

第一说源于刘鹗的记载。光绪二十五年（1899年），河南安阳出土龟版之后，被山东潍县古董商人范寿轩、范维卿等人收购，并运至北京售卖。时任国子监祭酒的王懿荣素来喜好收集古物，通晓金石文字，从古董商手中高价收购了这批甲骨。

另一说流传甚广，与中药“龙骨”密不可分。龙骨一般是指远古哺乳动物的骨骼化石，中医认为其可以入药，有治疗咳逆、泻痢、便血的作用。后来，甲骨代替龙骨，用于药用，河南安阳一带有人甚至世代以此为业。在这一过程中，甲骨文资料受到了不可估量的损失。光绪二十五年。王懿荣染疾服药，偶然在中药中的龙骨上发现了古文字。