《物种起源》的发表从根本_L打击了上帝造人的宗教神话和靠神造论来支持的封建伦理，引起当时保守势力的反扑顽抗和社会思想界的巨大震动，使一贯注意不越自然科学领域雷池一步的达尔文也兴奋不已。为了用客观事实来揭示人类起源的奥秘，他发愤搜寻各种事实依据，终于在1871年，即《物种起源》出版后12年，又发表了《人类的由来》这本巨著。
达尔文认为人类起源于古猿。经过一番激烈的学术的和宗教的争论之后，科学界渐渐接受了这个理论。后来的科学家又经过不断探索，在达尔文学说的基础上形成了现代的人类起源说。他们认为，人类是古猿在数百万年的漫长时间里，在大自然的影响下逐渐进化而来的。
作为一种学说，进化论有着许多合理的科学内核，然而毕竟是一种假说，也有其缺陷，考古学上的许多发现都无法用进化论的理论解释，例如：1913年德国的人类学家在坦桑尼亚奥杜威峡谷100万年以前的地层中发现了一具完整的现代人类骨骼。
美国科学家麦斯特则在犹他州羚羊泉的寒武纪沉积岩中发现了一个成人的穿着便鞋踩上去的脚印和一个小孩的赤脚脚印，就在一块三叶虫的化石上面。而三叶虫是5.4-2.5亿年前的生物，早已绝迹。经过犹他大学的化学专家们鉴定这的确是人的脚印。
在中国云南富源县三叠纪岩石面上发现了4个人的脚印。据考证，这些脚印是2.35亿年前留下的。
1976年，著名考古学家玛丽·D.利基也曾发现了一组和现代人特征十分类似的脚印。这些脚印印在火山灰沉积岩上，据放射性测定，火山灰沉积岩有380一340万年的历史，古生物学家证实，其软组织解剖特征明显不同于猿类。
这些考古发现又是怎么回事呢？它们似乎有悖于达尔文的生物进化论中的观点。根据达尔文进化论假说，森林古猿经过千百万年的进化才成为今天的人类，可是科学家至今却无法找到这千百万年的中间过程，也找不到任何猿与人之间的人存在的证据。按照通常的认识，人类大约在距今1万年左右才发展到最原始的状态，有文字记载不过5000年时间。按照达尔文进化论假说，几亿年前不可能有人类存在，至于高度的人类文明就更是天方夜谭了。