忠遂与巡抚都御史马文升分军七道，抵石城下，与战，斩获多。伏羌伯毛忠乘胜夺其西北山，几破，忽中流矢死。玉亦被围。诸军欲退，忠斩一千户以徇。众力战，玉得出，乃列围困之。适有星孛于台斗，中朝多言“占在秦分，师不利”。忠曰：“李晟讨朱泚，荧惑守岁，此何害。”日遣兵薄城下，焚刍草，绝汲道。贼窘欲降，邀忠与文升相见。忠偕刘玉单骑赴之，文升亦从数十骑至，呼俊、璹谕以速降。贼遥望罗拜，忠直前挟璹以归。俊气沮，犹豫不出。忠命缚木为桥，人负土囊填濠堑，击以铜炮，死者益众。贼倚爱将杨虎狸为谋主，夜出汲被擒。忠贳其死，谕以购贼赏格。示之金，且赐金带钩。纵归，使诱俊出战，伏兵擒焉。急击下石城，尽获余寇。毁其城，凿石纪功。增一卫于固原西北西安废城，留兵戍之而还。
初，石城未下，天甚寒，士卒颇困。忠虑贼奔突，乘冻渡河与套寇合，日夜治攻具。身当矢石不少避，大小三百余战。彭时、商辂知忠能办贼，不从中制，卒用殄贼。论功，进右都御史，与林聪协掌院事。
白圭既平刘通，荆、襄间流民屯结如故。通党李胡子者名原，伪称平王，与小王洪、王彪等掠南漳、房、内乡、渭南诸县。流民附贼者至百万。六年冬，诏忠总督军务，与湖广总兵官李震讨之。忠乃奏调永顺、保靖土兵。而先分军列要害，多设旗帜钲鼓，遣人入山招谕。流民归者四十余万，彪亦就擒。时白圭为兵部，遣锦衣百户吴绶赞参将王信军。绶欲攘功，不利贼瓦解。纵流言，圭信之，止土兵毋调。忠疏争，且劾绶罪，帝为召绶还，而听调土兵如故。合二十五万，分八道逼之，流民归者又数万。贼潜伏山寨，伺间出劫。忠命副使余洵、都指挥李振击之，遇于竹山。乘溪涨半渡截击，擒李原、小王洪等，贼多溺死。忠移军竹山，捕余孽。复招流民五十万，斩首六百四十，俘八百有奇，家口三万余人。户选一丁，戍湖广边卫，余令归籍给田。疏陈善后十事，悉允行。