俄国在亚洲的侵略计划，是依赖西伯利亚铁道为唯一命脉，为了西伯利亚的安全，所以必须侵占外蒙古。因为倘中国以蒙古置省，在库伦驻大军，则西伯利亚铁路随时会被中国占领。因此西伯利亚铁道建筑后，俄帝占蒙古的野心昭然若揭，一方面优待佛教徒以争取蒙人好感，同时对于库伦活佛哲布尊丹巴加意拉拢，不断派遣使节访问哲布尊丹巴，并赠奇珍异宝，哲布尊丹巴乃渐有疏清亲俄之意。加以清末在外蒙推行新政失当，使蒙人离心离德，清驻库伦办事大臣三多处置欠妥，遂予俄人有可乘之机。清宣统二年（1910年）日俄签订密约，俄帝对中国侵略乃更趋积极，同时加紧怂恿哲布尊丹巴为蒙古君主，以断绝和中国的臣属关系。哲布尊丹巴果坠术中，乘中国革命爆发，宣告独立，驱逐清官兵于蒙古境外，俄政府亦同时向清廷外务部提出下列要求：（一）清国承认俄国有自库伦至俄境筑建铁路之权；（二）清国须与蒙古订约三点：甲、清国不得在外蒙驻兵。乙、清国不得在外蒙殖民。丙、蒙人自治受清办事大臣管辖。（三）清国所有治蒙主权改隶办事大臣。清俄交涉仍由两国政府协商。（四）俄饬领事官协助，担保蒙人对于清国应尽之义务；（五）清国在蒙如有改革，须先与俄国商酌。
俄国向清廷提出这些要求后，正值清廷应付革命军力不从心，皇统亦将不保，自身尚顾不到，遂来不及和俄国交涉。宣统三年（1911年）十一月卅日外蒙集中大军宣布成立大蒙古帝国，驱逐清驻库伦大臣三多和他的文武属员。12月28日，哲布尊丹巴在库伦登基，组织伪政府，年号“共戴”。
中华民国成立后，日在纷乱中，更无余力兼顾外蒙，俄国遂乘机攘夺，派前任驻华公使柯索维茨于元年10月3日在库伦与“哲布尊丹巴政府”签订《俄库条约》。约文如下：
（一）俄国政府扶助蒙古保持现已成立之自治秩序，及蒙古编练之国民军，不准中国兵队入蒙古边境、与华人移殖蒙地之各权利。
（二）蒙古政府准俄国人民及俄国商务，照旧在蒙古领土内享用此约所附专条内开各权利及特种权利。其他外国人自不得在蒙古享同等于俄国人民所享之权利。
（三）如蒙古政府以为须与中国或别国订约时，无论如何所订之新约未经俄政府允许，不能违背或变更此协约及专条内各条件。
（四）此友谊协约自签押之日施行。
《俄库条约》的附约甚为详细，规定俄人在外蒙享有自由居住、移动和商务制作权，贸易免税权，租赁或购买场地建筑房屋权，垦殖权，享用矿产、森林、渔业权，俄国银行在外蒙开设分行权，俄国政府与外蒙地方官协商派遣领事权，设置邮政权，自由航行权等等。这个附约几乎垄断了整个外蒙古，其侵占外蒙权利，等于统治了外蒙。
库伦宣布“独立”，曾传檄内蒙古各盟，由檄文中可以看出库伦傀儡政权的一切。
（第一次檄文）：“喀尔喀库伦齐集各王贝子公扎萨克堪布商卓特巴达喇嘛等，为咨行事：本盟长副将军何贝等，暨互来齐集库伦汗王贝子公扎萨克以及伦堪布诺门汗副堪布，额尔德尼商卓特巴达喇嘛等，彼此相商，共同一致，于本年十月八日呈递曼达尔请示活佛（注：即哲布尊丹巴活佛，外蒙古最高人物）呈称：现今时势艰难，甚为可惧，本蒙古前以清皇仁德，推崇黄教，是以倾心归服。近年以来，有名无实，本蒙古所受一切困苦逐日增加，情事昭然，人所共见。现值南方大乱，各省独立，清皇权势日就凌夷，国体变更指日可待，我蒙古丁此时艰应如何造育生成之处请明白训示等情。本日奉活佛谕：所呈各节均与时势有关，甚合予意，满汉之现象如此，亦满洲之不德所致也。我蒙古亦宜联合各盟，自立为国以便保我黄教而免受人权力压制之苦，自应协力同心，奋勉图雄。本喇嘛待遇蒙众，一视同仁毫无偏倚，应将此意传令各蒙众一体知悉，等因。跪读之下，伏查现在时势既至如此，而活佛指示详明，譬如大梦方醒，群疑尽释，欣感无已。夫立国之道，首在兵强，应将各盟兵丁调派训练，上可拱卫活佛维持黄教，下可固守地面，保护人民，业已商酌公布在案。又自立为国一事，于本年夏间经库伦齐集之汗王公各扎萨克等再三筹商，彼此意见相同，一面特派专使额林沁前赴俄国通好，并请保护一切，当得俄政府允许，此后蒙俄国交当益巩固，一面推哲布尊丹巴喇嘛为蒙古君主，建立蒙古国家，北与俄国联络，彼此相助，以期黄教仍旧推行，不惟保护生命，且免将来祸机。此项情节自应一体知悉，相应飞咨内外各蒙古盟长总管等，于文到时妥为宣布……”
（第二次檄文）：“窃查清国遣派大臣驻库以来，欺压蒙众，骚扰地方，业将该大臣等逐出境外。建立蒙国，应由各盟旗同心协力，防守外边所有各该游牧要隘地方，当即分途派兵驻扎以资巡防而靖边地。本喀尔喀汗王各扎萨克等叠次相商，总以汉官执掌国权，办事多不平允，需索蒙众，败坏宗教，一切旧规并不体恤，因而各自失望。现在汉人互相仇视，所在军兴，一时断难平静，显然共见。今借与活佛呈递曼德尔之便，业将时势危迫，本同族同宗谅必允从，现恐南路敌人行将举兵来伐，即应妥为防守，以固疆域，凡交界关卡之处，须不时细心巡查，免贻祸患。……当奉法旨，非图独立，断难生存，爰循旧制，喀尔喀蒙古创立国都，公举活佛为君，驱逐汉官各情形已咨明分行各该处在案。伏查此案虽未与内蒙逐一议辨，然向我蒙古游牧关津隘口等处迅速分途派兵驻扎防守，如有不肖劣民往来行走，即令驱逐，不准前行，一面飞报本处，以靖地方……”
这两个檄文是由蒙文译成汉文，所以有许多蒙古文法，读起来不太流畅。
内蒙古分为六盟，东四盟是哲里木、卓索图、昭乌达、锡林郭诺。西二盟是乌兰察布、伊克昭。伊克昭盟辖鄂尔多斯一部，分为左右两翼，左翼三旗，右翼四旗，合共六旗。伊盟当时的正长是亲王阿尔宾巴雅，副长是亲王特古斯阿勒垣胡雅克图。库伦传檄到内蒙古后，伊克昭盟主表反对，且提出13点质问库伦：
“……窃谓现在时代核与古昔情势不同，我蒙古拟欲自立国体一节，查哲布尊丹巴圣佛原系黄教正宗，原本一族公推为尊，并无违背，本王贝勒贝子公扎萨克堪布台吉官员俱系蒙古一族，经再四思维，颇多疑虑，用是送次会议，拟定十三条质问于左：
此事虽经圣佛喇嘛颁令独立，究竟圣佛是否允认为君，此本盟所尚未喻者一；
如果圣佛允居大位，究竟黄教之主又推何人？俾得奉为国师，此所未喻者二；
若圣佛意重黄教，不居君位，既称独立，究竟推戴何人为君，此所未喻者三；
国家将兴必有祯祥，历亲伊古以来，历代兴亡无不先有兆验，今兴国吉兆，有何见闻，此所未喻者四；
独立之国必须兵力、财力足以自保，蒙古地域辽阔，防守各处军队数万恐不敷用，若练成十万之兵，饷糈将由何出，亦不得不预先筹划。且办理国务须立大小衙门设官分治，用人必多，一切薪俸行政经费及军需各项银两将由何出，如何规定，此所未喻者五；本蒙古以黄教为本，重在后世因果福应，我蒙人只知佛法，宏渡优越汉人等数千名，而于世界学问书史概未寓目，且蒙人于治国之道，从来贤才甚少，即我元太祖定鼎之时，亦延请耶律楚材、郭玉实二人任以军师、将军之职，现闻我蒙虽有灵法广大者八十一人，能否全蒙，此所未喻者六；
治国之道必得贤才，军政学校行政司法各界须具有多数完全资格者方能敷用，我蒙人程度幼稚，若为独立国，人才是否敷用，此未喻者七；
我蒙用人行政尚未定衡，能保存永久独立不坏全局否？此未喻者八；
请求俄国保护，俄人涎我利权固属乐于接受，惟其军用物品，如饷糈枪械所费不赀，我蒙财政困难，俄能否源源接济，此所未喻者九；果俄国能接济，事后如何酬报？俄本贪心，岂无特别要求，此未喻者十；
我蒙二百年来即为中华领土，环球各国共见共闻，此次俄人承认保护，是否通知各国得其同意，此未喻者十一；
我蒙究于何年何月成立，各国均未预闻，现在有无外交官直接请求各国宣布承认，此未喻者十二；
立国之道首重建都，我蒙首都现设何处？借俄国之保护力，是否保护国都，抑保护边境，此外我蒙有无担任国防军队，万一不幸而至于开战，如何防护如何对待，此未喻者十三。
谨拟愚见十三条照复。古语有之：天定胜人，人难胜天。是以照复贵老爷喇嘛等，请将一切情形详议见复可也。”
北京政府对于外蒙傀儡政权是采用政治方法多于军事行动，除了对内蒙设法争取，阻止其和“库伦政权”勾结外，对外蒙方面也下了不少力气。袁世凯和“库伦政权”君主哲布尊丹巴通信就是其中的一项策略。
袁世凯致哲布尊丹巴电如下：“外蒙同为中华民族，数百年来俨如一家，现在时局阽危，边事日棘，万无可分之理。贵喇嘛慈爱群生，宅心公博，用特详述利害，以免误会。各洲独立之国，必其人民、财赋、兵力、政治皆足自存，乃可成一国，而不为人吞噬。蒙古地面虽广，人数过少，尚不如内地一小省之数，以蒙民生计窘迫，财赋所入至微，外蒙壮丁日求一饱尚不可得，今乃欲责令出设官养兵购械诸费，不背叛则填沟壑，何所取给。若借之于人，则太阿倒持，必致喧宾夺主。又自奉黄教以来，好生忌杀已成天性，各部箭丁只知骑射，刀矛尚不能备，何论于炮？欲议攻战，必无可恃。政治则沿黄族之制，行政、司法以较各洲强国，万勿可企，更难自立。且各蒙并未尽能从服，贵喇嘛威令所及者仅图车赛音三部，且闻尚未尽服。阅时稍久，人怨财匮，大众离心，虽悔何及？试问百年以来，凡近于蒙古，而不隶中国之蒙回各部，有一自存者否？有不为人郡县者否？各蒙与汉境唇齿相依，犹堂奥之于庭户，合则两利，离则两伤。今论全国力量，足可以化外蒙之贫弱为富强，置于安全之域。旧日荷政，当此新基创始，自必力为扫除，此外如有要求，但能取消独立，皆可商酌。贵喇嘛识见通达，必能审择祸福，切勿惑于邪说，贻外蒙无穷之祸，竭诚致告，即希见复。”
哲复袁电如下：“渴仰仁声非伊朝夕，顷承电示，谆谆告诫，感愧莫名。只以时势危迫，宣告独立，共推本哲布尊丹巴喇嘛为蒙古国君主，当经力辞未获，不得已而俯顺舆情，已允其请，即受其礼，布告中外，良用歉然。外蒙此次起义，本为保族保教，保全领土起见，并非别有希冀，亦非惑于邪说，实困于虐政耳。所谓外蒙人数过少，贫弱已极，并不如兵，难期立国，均属实情。足征大总统策裕转危为安，德足辅世安民，秦镜高悬，无微不至，钦佩奚如。至祸福利害惟仰贵大总统曲体与否。倘荷玉成，俾资勤修内政，敦睦外交，妥筹边防，巩固国基，则不惟外蒙得以保全，即中国亦无北顾之忧矣。本喇嘛生虽不敏，亦知处邻之道端在乐天畏天，言念及此，殊深翘企。如云杀人盈城盈野，率土地而食人肉，仁者不为，文明大国亦不忍言。此实外蒙僻处绝域，逼近邻邦，势如累卵，四无强伯，倘有不虞，必为台湾、朝鲜之续。中国远隔瀚海，鞭长莫及，军民虽众，恐将无所用之。此我外蒙间于列强，进退维谷，乃不自立，难脱渔囊之实在情形也。本喇嘛视舍独立，犹弃敝履，惟于清帝辞政以前，业经自主，布告中外，起灭何能自由，如果欲令乃尔，请即商诸邻邦，杜绝异议是荷。方今时势，外蒙之存亡在公之操纵，操之过严，不溃即溢，则何异于为丛驱爵，而希菩心佛力大施汲引，玉成此举以免群生沟壑之忧，即造万世无量之福，幸何如之？大局攸关，用敢冒昧直陈，仍祈不弃，时赐指南，俾免陨越，是所至祷。肃此电复。”
袁复哲电：“电悉。贵喇嘛慈爱群生，维持大局之苦衷，并辱奖誉，殊深感愧。近年边吏不职，虐我蒙氓，以致群怨沸腾，激成独立，此等情状内地胥同，贵喇嘛之歉忱，固国人所共谅。刻下国体确定，汉蒙一家，必须合力以图，新基方能巩固。来电操纵一节，深知归重中央，不欲恋无谓之虚名，贾汉蒙以实祸，致人坐收其利，天地圣佛实鉴此心。今联合五族组织新邦，本大总统与贵喇嘛，在一身则如手足，在一室则如昆弟，利害休戚，皆所与共，但使竭诚相待，无不可以商榷，何必劳人干涉，致失主权。前此各省怨苦虐政，多告独立，自共和宣布，全已取消，盖皆不忍人民涂炭之心，而无争地争城之私见。来电词旨尤惬鄙怀，务望大扩慈心，熟观时局，克日取消独立，仍与内地联为一国，则危机可泯，邦本可固。国民对于贵喇嘛同深感戴，必当优为待遇，即各王公及他项人员等，亦必一体优待。此后一切政治更须博访舆情，详为规定，以餍蒙族保安之希望，为进大同之化，共和幸福其各无涯量。否则阋墙不已，祸及全国，将有同为奴隶之悔，以贵喇嘛之明智仁爱，当必不出此也。至蒙古与内地，合则两利，分则两伤，前电已痛言之，所有应行商榷各节，电内未能尽达者已派专员前往库伦，趋谒驻锡，面罄衷曲，商议一切，到时切希赐晤，至为企祷，仍望见复。”
袁向哲直接致电，是从政治上希望有所挽救，局势到了那种程度，仅凭文电是无法解决的，这时北京成立了一个“汉蒙联合会”，发表了一个宣言：
“我汉蒙自元代以来，异征联合，然文言不同，政教悬隔，凡国家之法律，人民之习尚，往往多守‘蒙自为蒙，汉自为汉’之旧，而莫得沟通……方今五大族联为一家，放历史未有之异彩，我汉蒙鼓舞欢欣，情何能已。同人等鉴宇内之近势，慕欧化之大同，爰立斯会，冀以群策群力，同享和平之幸福……汉蒙若能联为一气，则凡行政诸大端皆可共谋幸福，同进文明……以实业上言之，金矿之富，甲于全球，煤铁铅锡之饶，更所在多有，盐碱之产，森林之多，种种实业断非一人一家之力所能成……必合众擎以举，乃可渐次观成……本会用是集合汉蒙闳通达识之士，公同研究，以上诸大端，以扶助共和成立之新基，而系东亚和平之大局，是为启。”
外蒙附俄独立已成骑虎之势，北京政府乃不能不争取内蒙，袁世凯把这个任务文给了上任不久的绥远将军张绍曾。
前面已提到，内蒙古分为六盟，即东四盟（哲里木、卓索图、昭乌达、锡林郭诺），和西二盟（乌兰察布、伊克昭）。西二盟共辖13旗，但属地颇广，南界山西，西南连陕西，北抵上谢图三音诺颜，东南邻察哈尔，南北相距500余里，东西相距1300余里。西盟自共和宣布后并未和绥远连络，张绍曾于民国元年10月29日照会乌、伊两盟各旗，令派要员至绥，其照会曰：
“共和成立，五族一家，从前藩属名称悉已化除，本将军奉命前来守土，以造福盟旗为当务之急。惟前此种种困苦，应如何一律解脱，后此种种障碍，应如何一切排除，各盟旗身家所系，观察较详，文到之日，务各遴选通达政体蒙员作为各盟旗代表，限于本年旧历十月二十五日齐集绥远，公同筹议一切办法，苟有可以利各盟旗者，本将军自无不乐为设施也。”
张绍曾召集西盟代表来议的理由：（一）是谋求各盟旗的福利，（二）是断绝库伦的羽翼，（三）是晓喻蒙人了解共和真旨。不料张的照会送去后，乌兰察布盟各旗联衔反对，张乃密派朱泮藻少将为招抚使，督领马队一营、步队一营、机关枪炮队各一连、巡防马队二队，径趋乌盟四子部，包围四子王府，以武力迎乌盟长勒旺诺尔布亲王返绥。勒王抵绥后晤见张绍曾，倾谈之下，顿释前嫌，张复派团长孟效曾率队往迎伊克昭盟正盟长阿尔宾巴雅尔，同时乌盟盟长勒王亦发通电给乌、伊两盟各旗，劝导来绥协商赞助共和，勒王的文告略云：
“窃念我蒙族僻处塞北，地方辽阔，文化阻遏，人民固守成见，一闻改革，罔不惊疑，受专制之惨酷而不知，被外人所欺骗而不悟，深堪浩叹。本王此次到绥，张将军待遇优厚，恩礼有加，日夕畅谈共和成立之起源，人民应享之权利，外人居心之奸险，自由平等之幸福，本王闻之忧然大悟。……兹将利害祸福为我盟长及各族诸公一述之。夫共和之成立，原以前清政体崇尚专制，国家事无巨细均由一二人主持，因是内政外交诸多失败……补救之道，非合五大民族结成一大团体，群策群力，不足以弥外患而振邦威，是以不惮牺牲，不惜生命，造成今日之共和……况待遇蒙古，尤为情至义尽，平等而外，更有特别之条，我蒙族何乐用不为民国之民乎？我蒙地接俄疆，俄人窥伺已久，辄欲假保护蒙古之名，以遂其并吞蒙古之愿。即以此次俄库协约条件而言，蒙民自由剥夺几尽，并吞之心，显露言表，将来果入俄人范围，其苦处更何堪设想。此皆库伦哲布尊丹巴活佛等蠢尔无知，甘受其愚所致也。凡我蒙人当知俄人之诡谋，活佛之无状，非为我蒙谋福利，实为我蒙遗隐忧，本王有鉴于此，幡然醒悟，洞悉共和政体之善，深望我蒙族诸公，与我同心协力，赞助进行……”
张绍曾同时发出召集西盟会议的第二次文电：
“本将军照会各旗，派令通达政体人员代表各扎萨克来绥会议……此次会议大都为各旗谋福利，为国家策治安，所关良非浅细，用特再申前令，表白微衷，前者四子郡王抵绥后即蒙总统进封为亲王，民国之优待蒙人于兹可见。贵扎萨克猜疑之念当亦释然，文到之日务望贵扎萨克携印来绥，共同会议。……”
西盟会议在民国2年1月23日正式举行，通过了以下的各点：
（一）实行赞助共和：甲、悬挂国旗。乙、选出议员。丙、大总统命令及公布国会议决之法律均应遵从。丁、西盟地方一切兴革，得由张将军商令各王公办理。戊、参议院议决之蒙古待遇各条件，均应遵照办理。
（二）不承认库伦协约：甲、由与会王公全体以不承认理由报请政府通知列国。乙、通知各省都督及政团。丙、劝告库伦取消独立。
（三）请兵保护西盟各地。
（四）筹划蒙民生计。
（五）振兴蒙人教育。
同时乌兰察布盟和伊克昭盟各扎萨克发表一封劝告库伦取消独立的通电，电文是：
“蒙古疆域与中国腹地唇齿相依，数百年来汉蒙久成一家。去岁革命起义，内部诸省纷然独立，中原鼎沸，骚动四方，蒙古僻在边陲，深虑祸乱，贵喇嘛乘时独立，保障蒙疆，本盟迭接来文，亦以计策自全，并非过举，曾表同情。现在共和新立，五族一家，南北无争，中央有主，从前各省独立均已取消，我蒙同系中华民族，自宜一体出力，维持民国，与时推移。贵喇嘛远在库伦，或于民国近时情形有所隔膜，用特按照现状缕述鄙怀。曩在前清无道，国民备受专制虐政，一切行动居处皆不自由，我蒙受害尤为特甚。民国改建以来，待遇我蒙，捐除前此一切苛例，并设种种优待条件，且于我蒙向来游牧宗教习惯一体保存，循是以往，脱离羁厄，共享自由。……细按我蒙目前形势论之，各地户口人丁至为短少，财政奇绌，向无武学，战争之事，力所不能，长此反抗，希图自尊，一旦民国赫然大兴问罪之师，试问我蒙有何把握可以抵御？……比者道路传言，贵喇嘛已与俄人订立条约，此必左右二三佥千贪得俄人厚贿，不恤断送我蒙古人民之生命财产，牺牲我蒙古人民之自由幸福，自取灭亡，岌岌可惧。本盟王公等谊属同体，再四思维，不得不苦心危言，谆谆切告，与其暂时依附外力，自贻不能保种之忧，何如竭诚扶助京邦，当收同舟共济之益，用是缕陈一切，务望幡然悔悟，协助中华，并希婉谢俄人，取消协约。不特我蒙古人民永享共和幸福，即贵喇嘛粲誉亦将照耀千秋。……”
中俄谈判《俄蒙条约》问题，中国方面最棘手的是没有国际支持，仅赖法国公使以私人资格从中调停，而日本、英国和法国政府都好像默认，这与列强过去对中国问题的活动大相违背。旧的国际关系，无论英日、俄日、法日、美日的条约协商，都以维持中国现状，保全残余中国领土，以及列强对中国机会均等为政策。俄“蒙”缔约，是俄国夺蒙古为保护国，大有背于维持中国现状，照理说，应为日、英、美各国所反对，可是为什么各国都不发一言呢？这是由于俄国幕后和日本与英国有交易的结果，这个交易分为俄日和俄英两部分。
日俄曾于1910年签订第一个密约，这个密约是俄国追认日本在朝鲜的一切。待辛亥革命后，俄与库伦互相勾结，日本乃乘机向俄国敲诈，以遂其私欲，于是在民国元年7月，派桂太郎至圣彼得堡，与俄国签订第二次密约，划长春以南的满洲和内蒙古一部分（即自开原以北依长栅至宽城子间的东蒙古地域）为日本所有，长春以北的北满洲及其余蒙古地区为俄国所有，互相支援，不相牵制。日本认为俄国侵略蒙古是势在必行，除了使用战争无法阻止俄国的行动，因此乘机与俄勾结，平分秋色，借可遂它自己侵占满蒙的梦想，所以提出上述条件，而俄国因为曾与日本有协约，保全中国领土，如今急欲使外蒙脱离中国，所以自不能不接受日本要求，免去阻力，于是日俄第二次密约遂在这种情形下签订。
俄国外相萨佐诺夫于该密约缔结后，就在民国元年9月赴英国伦敦，与英外相古烈讨论西藏之权利问题，以与英国交换蒙古。原来英国亦正支持西藏独立，早在清宣统元年，清廷命赵尔丰率军进藏，宣统二年（1910年）诏废达赖十三，达赖出亡印度，英、印均极力笼络达赖。辛亥革命后，藏人乘机背叛，迎达赖回藏，宣告独立，袁世凯命四川都督尹昌衡征藏，云南都督蔡锷亦派兵进川助剿。元年7月，川滇军迭获胜利，英驻华公使朱尔典突提抗议，要求中国不得干涉西藏内政，不得派兵入藏，如中国不接受，英国便不承认民国政府。袁迫于形势，乃改剿为抚，恢复达赖十三封号，撤消征藏军，同意与英国在印藏边境的大吉岭开“西藏会议”。
俄英缔结密约，其内容是俄国支持英国在西藏的活动，以交换英国支持俄国在蒙古的行动。
由于日本、英国、俄国三强的立场一致，利益相同，法国、德国、意大利都没有表示，美国正好是威尔逊总统上台，在外交上反对扩张，自动放弃了东亚的发言权。因此，中国在没有国际支援的情形下应付库伦问题，当然是非常吃力的。
六征祥再任外长，负责与俄驻华公使谈判，历时凡八个月，由元年11月起至2年7月，共与俄使会议20余次，最后协定草约，由袁世凯于2年7月提出国会，要求同意，其条文是：
“中俄两国为免除蒙古现状所能发生之误会起见，协定条件如下：（一）俄国承认蒙古为中国领土完全之一部分。兹特承诺于此领土关系之继续，不谋间断。又此领土关系上出生之中国历来所有之种种权利，俄国并承诺尊崇。（二）中国承诺不更动外蒙古历来所有之地方自治制度。并因外蒙古之蒙古人，在其境内有防御及维持治安之责，故许其有组织军备及警察之专权，并许其有拒绝非蒙古籍在其境内殖民之权。（三）俄国一方面承诺除领署卫队外，不派兵至外蒙古，并承诺不将外蒙古之土地举办殖民，又除条约所许之领署外，不设置他项官员，代表俄国。（四）中国愿用平和办法施用其权于外蒙古，兹申明听由俄国调处。照上列各条之本旨，定立中国对待外蒙古办法之大纲。（五）中国政府因重视俄国政府之调处，故允在蒙古地方将下开之商务利益给与俄人（即俄蒙附约商务专条）。（六）以后俄国如与外蒙古官吏协定关于改动该处制度之国际条件，必须经中俄两国直接商议，并经中国政府之许可方得有效。”
根据这个《中俄协定》，等于中国已承认了《俄蒙条约》和蒙古独立。因此，这个协定提交国会时，即遭国会否决。而赵秉钧内阁因宋教仁被刺案而垮台，新外交总长是孙宝琦，重新和俄使磋商，又凡四个月，至民国2年11月成立协定，其精神与前次协定完全一样。这时候，袁世凯因“第二次革命”取消了国民党议员360人，使国会不足法定人数，于11月4日命孙宝琦签署了《中俄协定》，该协定内容如下：
“（一）俄国承认中国在外蒙古之宗主权。（二）中国承认外蒙古之自治权。（三）中国承认外蒙古人享有自行办理自治外蒙古之内政，并整理本境内一切工商事宜之专权，中国允许不干涉以上各节，是以不将兵队派驻外蒙古，及安置文武官员，且不办殖民之举，惟中国可任命大员偕同应用属员暨护卫队驻扎库伦，此外中国亦可酌派专员，驻扎外蒙古地方，保护中国人民利益。俄国一方面担任各领事署护卫队外，不于外蒙古驻扎兵队，不干涉此境内之各项内政，不在该境有殖民之举动。（四）中国声明承认俄国调处。（五）凡关于俄国及中国在外蒙古之利益，暨各该处因现势发生之各问题，均另行商订之。”
照上述协定，俄国虽承认蒙古为中国之领土，然仅承认其宗主权，中国对于蒙古既不能干预其内政，又没有监督蒙古外交之专权，则宗主权只是一个空名，同时中国既承认俄蒙商务专条，即等于承认外蒙古独立。民国成立后第一桩对外交涉结果如此，招致了日后更多的丧权辱国事件！
俄帝在侵夺外蒙古时，西藏也发生了问题。西藏在中国历史上一直地位特殊，有它独特的宗教和政治制度，同时又是政教合一的民族。英国人一直视西藏为禁脔，俄国人也参加逐鹿。清帝逊位后，西藏也闹起独立来了。六军统领钟颖遂率军由西康开入西藏。四川都督尹昌衡令钟颖为西藏行政使。藏人受英人挑唆，于元年4月6日与钟部发生冲突，演出激烈战事，5月19日后藏江孜、亚东失守，拉萨危迫，6月初旬里塘陷落，8月藏兵进攻巴塘，川边大震。
当藏兵攻势顺利时，英国驻华公使为西藏问题向中国外交部提出照会，内容为：
（一）中国不得干涉西藏之行政，并不得于西蒙改设行省。（二）中国政府不得派无限制之军队，驻扎西藏各处。（三）英国现已认定中国对于西藏有宗主权，应要求中国改订新约。（四）英政府前曾遵据条约，特设通信机关，后经中国军队擅行截断，以杜绝印藏之交通。（五）如中国政府不承认以上各条件，英国政府亦绝不承认中华民国之新共和政府。
中国政府根据英方照会加以讨论，袁世凯因和英驻华公使朱尔典私交颇好，所以中英关于西藏问题，不似中俄关于外蒙问题那么棘手。中国答复英国之照会，大致内容如下：
（一）中国按照1906年之《中英西藏条约》，除中国外，其他国皆无干涉西藏内政之权，今谓中国无干涉西藏内政之权，理由甚无根据。至于改设行省一事，为民国必要之政务，各国既承认中华民国即不能不承认中国改西藏为行省。况中国对于西藏，并无即时改设行省之意，此中颇有误会。惟现在中国认定不许其他一切外国干涉西藏之领土权及及其内政。（二）查中国并无派遣无限制军队驻扎西藏之事。惟按照1908年之通商条约，英国以市场之警察权及保护印藏交通，委任于中国，故中国于西藏紧要各处，当然派遣军队。（三）中英关于西藏之交涉，已经两次订立条约，一切皆已规定明确，今日并无改订新约之必要。（四）中国政府从前并无有意断阻英藏交通之事，以后更当加意保护，断不阻碍英藏交通。（五）承认中华民国是另一问题，不能与西藏问题并为一谈，深望英国先各国而承认中华民国。
中国政府复书发出，英政府一时未有复文。9月1日西藏达赖派堪布求和，川军克复里塘。25日袁下令以尹昌衡兼川边镇抚使。10月28日复封达赖名号。12月25日尹昌衡报告川边已告肃清，西藏问题总算拖了下去。