新生儿柯萨奇病毒感染的潜伏期可有很大差异，一般在生后7～14天。经宫内垂直感染者多在生后5天内发病，生后感染者多在5天后发病。潜伏期长短也与不同血清型、新生儿个体因素(胎龄、日龄、免疫状况等)有关。轻型新生儿CVB感染可无明显临床表现，而严重者可侵犯多脏器系统，甚而致死。CVB的不同血清型感染，可有相似的临床表现，而同一血清型的不同个体感染，其临床表现也有很大差异。
1.发热及败血症样表现 多数患儿起病急剧，出现发热，体温多在38℃以上，热型不规律，持续数天甚至10余天后逐渐恢复。发热期间可伴有吃奶少、呕吐、激惹、腹泻等神经、消化系统症状，随着体温恢复而好转，多数自愈。中、重度病例急期伴有败血症样全身表现，发病1～2天后可出现休克、黄疸、肝脾大、呼吸困难、抽搐，甚而有肺出血、心力衰竭、DIC、呼吸衰竭，急剧死亡。
2.心血管系统表现 此型多为CVB2～4感染，主要表现严重的心肌损害。如病情进展迅速，可危及生命。心电图显示低电压、T波低平或倒置、P-R间期延长及各种心律失常。超声检查可有广泛心肌损害。部分病例有惊厥、昏迷和肝损害者又称为脑-肝-心肌炎，此型病情危重。
特征：此型多在生后5～9天发病，可先有发热、神萎、腹泻、拒乳，数天后出现心肌炎体征，出现心动过速、心脏扩大、奔马律、面色苍白、呼吸困难、血压下降等心力衰竭或心源性休克表现。3.多脏器系统功能损害 新生儿CVB的暴发流行感染的中、重型病例常伴有心、脑、肺、肝、肾、血液各系统多脏器损害，甚而出现多脏器功能衰竭(MOF)。
中枢神经系统损害：除昏迷、抽搐外，可有前囟张力增高、肌张力改变、反射异常等。脑脊液蛋白增加，糖、氯化物正常，细胞数一般在500/mm3以下。多数资料报道神经系统损害多在7～10天恢复。
肺损害：主要为肺炎和肺出血。临床可有呼吸困难、发绀、肺内啰音，胸片显示肺纹理增强、斑片状阴影。
血液系统损害：包括出血倾向、皮肤出血点、瘀斑以及血小板计数下降和DIC改变。
消化系统损害：以胃肠道症状和肝损害为特征，可有腹胀、恶心、呕吐、肝脾肿大、肝功障碍、谷丙转氨酶(ALT)增高、黄疸。
肾损害：表现尿少、无尿、水肿、血尿、蛋白尿、氮质血症等急性肾功能衰竭表现。
临床诊断应从本病患儿的临床特点和流行病学资料两方面分析提出。
1.流行病学资料 新生儿集中发病，夏秋季节;母亲或婴儿室医护人员近期有发热等感染病史，同婴儿室有类似上呼吸道感染、发烧患儿同期发病或相继起病者。
2.婴儿的临床特点 围产新生儿发病急剧，有不明原因的发热;有上呼吸道感染或败血症样表现，合并心肌损害;有感染的临床表现，但病情进展迅速，病情危重，不支持细菌感染者。
上述临床特点结合实验室检查和辅助检查可确诊。