大多数疫苗接种后是不会引起严重反应的，但是由于每个孩子的体质不同，在进行预防接种后，可能会出现一些轻重不同的反应。主要的有局部反应和全身反应，发生过敏反应也是很少的。

为了保证安全，减少反应，各种预防接种必须在孩子身体健康的时候进行。如果孩子有病，就暂时不要接种。例如，发热时不要打白喉、百日咳、破伤风三联疫苗；腹泻时不要口服小儿麻痹症糖丸；空腹饥饿时不宜打预防针，以免发生低血糖等严重反应。打针前做好孩子的工作，让勇敢的孩子先打，以消除胆小孩子的紧张害怕心理。打针后二至三天内应避免剧烈活动，注意注射部位的清洁卫生。暂时不要洗澡，以防局部感染。

接种疫苗后人体需要经过一段时间后才能产生免疫力，这段时间在医学上称为诱导期。诱导期的长短取决于所使用疫苗的种类、接种次数、接种途径和宝宝的健康状况。一般来说，第一次接种的诱导期长，约3-4周后才能产生有效的免疫，而再次接种只要1周左右。

和其他所有药物一样，接种疫苗也有可能出现副作用(称为预防接种反应)。但被批准上市的疫苗其安全性都是有保证的，发生严重副作用的几率非常低，并且接种疫苗所带来的好处远远大于潜在的副作用可能造成的危害。因此不应过分担心疫苗的副作用而取消疫苗接种。