版本的准确性是研究工作的客观依据;建立维吾尔音乐理论体系，并以此研究与探索木卡姆的根本特征;注重不同风格木卡姆的共性与源流;采用纵、横结合的研究方法开展木卡姆研究工作显得尤为重要。
一、版本的准确性是研究工作的客观依据
维吾尔木卡姆是维吾尔民族的传统音乐、诗词、舞蹈的组合体。它具有严谨规范的结构，个性化的鲜明特点与精密的科学性。《维吾尔十二木卡姆》迄今已出版了三个版本。第一个版本由新疆维吾尔自治区文化厅十二木卡姆整理工作组记谱整理，1960年由音乐出版社和民族出版社联合出版;第二个版本由新疆维吾尔自治区十二木卡姆研究学会和新疆维吾尔自治区文化厅编，1993年由新疆人民出版社出版;第三个版本由新疆维吾尔自治区十二木卡姆研究会和新疆维吾尔自治区古典文学研究会编，1997年由中国大百科全书出版社出版。第一个版本的乐曲数为245首;第二个版本增至320首(增添了75首);第三个版本又在第二个版本的基础上增添了《阿比倩希曼》、《穆斯台扎特》和《依希热提恩格兹木卡姆》等三个部分。就传统音乐研究而言，版本的原始性与准确性是我们进行科学研究的客观依据。现今创作或其他形式增补后的木卡姆在历史价值与学术价值上与第一版《维吾尔十二木卡姆》不可同日而语。除了民间遗存的乐曲外，人为的弥补《维吾尔十二木卡姆》，不符合学术研究对资料的要求，是不可取的。遗存的十二木卡姆曲调可以增补，但应当说明增补乐曲的出处。最近，有些海外学者对《维吾尔十二木卡姆》三个版本作出评价，“他们认为第二、第三种版本的学术价值远不如第一版本，因此他们在研究维吾尔木卡姆音乐时只使用第一种版本。其理由之一是第一种版本是由民间艺人演唱、演奏的原始材料，是民族音乐学家田野工作的成果，而第二、三种版本是由专业演员演唱、演奏的音乐，不是采自于民间音乐生活，不具有真正传统音乐的性质;理由之二是第二、第三种版本在原套曲中增添了不少新曲目，又未加详尽说明。这些新加曲目并非来自民间传承”。民族文化的继承与发展是两个概念，不能正确处理两者关系，将会给这块世界罕见的瑰宝带来负面影响。我们应当本着尊重历史、展示传统音乐原貌的原则，实事求是的学风开展民族传统音乐整理工作。我们应准确把握作为民族历史精神财富的维吾尔十二木卡姆的非物质文化的原始风貌，否则将对今后的研究工作及维吾尔木卡姆的传播不利。