明初中日两国的交往
中日两国的友好交往由来已久，唯元世祖发舟师东侵日本，覆没海中，所以终元之世，日本与中国不再通使。明朝建立后，朱元璋为了修复两国之间的友好关系，遂于洪武二年（1369）遣行人杨载出使日本。次年又派莱州府同知赵秩赴日，详细解释了明朝的睦邻政策。日本国王良怀知道明朝与元不同，遂于第二年遣使奉表贡马，并送还在明州、台州掠去的中国人七十余人，洪武四年十月抵明都南京。明太祖宴赏使臣，并命僧人祖阐等八人送日本使者回国，回赐良怀文绮纱罗。
洪武后期，明朝和日本的关系有所疏远，虽然仍把日本列为不征国之一，但互相间使臣往来绝少。胡惟庸案后，明太祖疑胡惟庸“欲藉日本为助”，因此“怒日本特甚，决意绝之”。自此以后，终洪武朝日本贡使未再来中国。明成祖即位后，于永乐元年（1403）即派左通政赵居任、行人张洪偕僧道成出使日本。将行，日本使臣已至宁波，十月到达南京。明朝优礼相待，对使臣所带货物，包括违禁的兵器之类，均准按时价出售，并遣使随日本来使回访。此后两国又恢复了贡使往来。
明初，在宁波设市舶司，日本商人须持明朝发给的“勘合” （即凭证）贸易。永乐初，成祖定议日本十年一贡，人不过二百，船限两艘。但实际上日本来中国贸易的人和船舶，都超过规定的数目，并且携带的私物也特别多，甚至超过贡物十倍。宣德初年改为人不过三百，船不过三艘。即使这样，仍不能满足日本的需要。
明初的倭寇
明初，日本一些在国内失意的土豪与浪人，在中国沿海地区，武装走私，抢掠商民。当时称为“倭寇”。终明之世，一直存在倭寇问题，尤其是嘉靖年间，“倭患”成为举国震动的大事。但明前期和嘉靖时期的倭寇问题有着不同的特点，性质也有所不同。
明朝初年，从辽东经山东、浙江到广东漫长的海岸线上，“岛寇倭夷，在在出没”，甚至登岸剽掠。洪武二年（1369），太仓卫指挥佥事翁德率领卫所士兵力剿倭寇，生擒数百人，但倭寇仍时出剽掠。于是明朝廷便大大加强海防，筑城列寨，增置卫所，添造战船。洪武朝先后在辽东到广东沿海设置五十余卫，计有士兵二十余万。每百户设一战船，千户所十船，每卫五所，共有船五十，每船旗军五十名。
永乐时，成祖一面与日本修好，同时仍加强沿海防御。永乐九年（1411）正月，命丰城侯李彬、平江伯陈瑄等率浙江、福建舟师剿捕海寇。十四年，命都督同知蔡福等率兵万人，于山东沿海巡捕倭寇。十七年，总兵刘荣（刘江）领导军民在辽东望海埚进行了一次大规模的抗倭战役。这年六月，倭寇分乘三十多艘船侵犯辽东，登岸后直奔望海埚。望海埚，位于金州卫金线岛西北，距金州城七十余里，是辽东沿海的要塞，地势高广，可驻兵千余。刘荣任辽东总兵后，筑石堡，置烟墩瞭望。一日，二千余倭寇乘船前来，刘荣自烟墩得报，命都指挥徐刚伏兵于山下，又派百户江隆率壮士“潜绕贼船，截其归路”。倭寇到埚下，刘荣举旗鸣炮，伏兵奋勇杀敌，倭寇大败，死者枕藉。望海埚之役，明军“生擒数百，斩首千余”。倭寇受此沉重打击，不再敢大规模侵扰。
嘉靖时的“倭患”
倭寇对中国沿海的侵扰，到嘉靖时又猖獗起来。明朝中期以后，国势日益衰落，尤其到嘉靖时，海防废坏，倭寇“剽掠辄得志，益无所忌”，倭患日益严重。嘉靖二年（1523）四月，日本左京兆大夫内艺兴遣僧宗设，右京兆大夫高贡遣僧瑞佐及宋素卿先后至宁波。宋素卿原是宁波人，后来投奔日本。他贿赂明市舶太监，得先查阅瑞佐货物，市舶司设宴时也使瑞佐上坐。宗设不平，袭杀瑞佐，并俘获了明军的指挥官袁琏，都指挥刘锦亦战死海上。嘉靖帝闻讯大怒，听从了夏言的建议，认为“倭患起于市舶，遂置之”。于是，撤销了市舶司，海禁更加严厉。在这种情况下，中国巨商和海盗便和倭寇相勾结，亦商亦盗，兼行劫掠。这也是嘉靖时期倭患严重的主要原因和突出特点。
嘉靖二十六年（1547），明朝命巡抚赣南的右副都御史朱纨巡抚浙江，提督浙闽海防军务。朱纨到任后雷厉风行，着力整顿了海防，“革渡船，严保甲，搜捕奸民”，处死李光头等走私海商及海盗九十余人，震动一时。闽浙海商因而失去商利，遂群起攻击朱纨，朱纨愤而自杀。明朝也罢设提督海防军务的巡抚御史或巡视大臣。于是海防更加空虚，海盗与倭寇的活动也更加猖獗了。
面对倭寇的侵扰，明朝不得不再设巡视大臣。嘉靖三十一年（1552）以佥都御史王忬提督军务，巡视浙江及福、兴、漳、泉四府。王忬到任后，在浙、闽沿海地区逮捕沿海各地作为内线的猾民，倭寇因而“不复知中国虚实与所从向往”，其在海中的船只，也得不到菽粟和火药，往往自行遁走。王忬又巡视诸未筑墙的府、州、县，建城三十余处。但不久他便被调任大同巡抚。
嘉靖三十三年（1554）五月，明朝任命南京兵部尚书张经，“不解部务，总督江南、江北、浙江、山东、福建、湖广诸军，便宜行事”。同年秋，又改为右都御史，兼兵部右侍郎，专总督军务讨贼，解兵部事。张经是福建侯官人，曾总督两广军务，为当地少数民族拥戴。他受此重任，“亦慷慨自负。中外忻然，谓倭寇不足平”。
当时倭寇二万盘踞在华亭（松江）柘林川沙洼。张经选将练兵，筹划捣毁倭寇的巢穴。次年陆续调集两广土司兵，分配给总兵官俞大猷、参将汤克宽和游击邹继芳等，俟永顺、保靖苗兵到达后，即展开决战。可在此时，工部右侍郎赵文华又受命到浙江祭告海神，以镇倭寇，兼督察沿海军务，使问题变得复杂起来。
赵文华来到东南，即催促张经出兵，张经自以为地位比文华高，“心轻之”，不予理会。赵文华极不满意，竟密疏诬告张经“糜饷殃民，畏贼失机，欲俟倭饱飏，剿余寇报功，宜亟治”。世宗得疏大怒，嘉靖三十四年（1555）五月，诏令逮治张经。
然而就在此时，永顺、保靖苗民已到，倭寇自柘林侵犯嘉兴，张经派参将卢镗从水陆两路进攻，大败倭寇于石塘湾。倭寇行至王江泾，张经又令永顺、保靖土兵夹击，斩首二千级，倭寇大败。余寇奔窜柘林，纵火焚巢，驾舟二百余艘出海而逃。张经指挥作战，取得王江泾大捷，一时称为自有倭患以来“为战功第一”。
王江泾大捷后，世宗命将张经逮解进京，这年十月，将张经斩首。与此同时，世宗以赵文华督察军务，赐铸关防。赵文华自此“出总督上，益恣行无忌”。张经死后，浙江巡按御史胡宗宪得赵文华荐引，巡抚浙江，又晋为总督，以兵部侍郎兼佥都御史。嘉靖三十五年（1556）、三十六年，胡宗宪虽然诱杀了海盗徐海、汪直等人，沿海屡获胜利，但“新倭复大至”，对闽、浙沿海地区侵扰如故。
嘉靖三十五年（1556），戚继光受命任参将，守台州、金华、严州三郡，负责御倭事宜。戚继光到浙江后，请求在义乌招募农民和矿夫，组织、训练新军，得到朝廷恩准。嘉靖三十八年秋，他亲自来到义乌，招募了三千人，制定纪律，严格训练。戚继光还创造了“鸳鸯阵”的战术，将盾牌、狼筅、长枪、叉、钯、棍、刀等长短武器联合使用，各尽所能，密切配合。经过两个月的训练，戚继光招募的这支军队就成为战斗力很强的精锐部队，开赴抗倭战场。由于这支队伍英勇善战，屡立战功，被誉为“戚家军”。
嘉靖四十年（1561），倭寇大掠浙东桃渚、圻头。戚继光率部急趋宁海，扼桃渚，在龙山大败倭寇。倭寇逃遁，乘虚袭击台州，戚继光回军与战，也大获全胜。戚继光先后九战九捷，俘馘一千余。此后，总兵官卢镗、参将牛天锡又在宁波、温州一带大败倭寇，浙东的倭患遂告平息。
嘉靖四十一年（1562）福建成为倭患的中心，福建明军连连告急。戚继光被调入闽，在横屿、福清、兴化等地又获全胜，班师回浙。戚继光还浙后，又有大批新倭来福建。福建倭患再起，明廷急调俞大猷往剿，任命俞大猷为镇守福建总兵官，以戚继光为副，领兵剿倭。次年四月，戚继光至闽，与刘显、俞大猷分三路进攻平海，戚继光所率戚家军首先登上敌垒，刘、俞部相继突入，斩首二千二百，戚继光以军功升都督同知，世袭千户，并代俞大猷为总兵官。次年春，戚继光相继败倭于仙游城下、同安王仓坪等地，斩获颇多，余倭掠渔舟出海去。福建倭患至此亦被平定。嘉靖四十三年（1564）广东总兵俞大猷在提督两广兼理巡抚吴桂芳的支持下，与其他将领先后击败倭寇于海丰等地，广东倭患也得到解除。东南沿海的抗倭斗争，终于取得了最后的胜利。
但抗倭战争也使明王朝消耗很大。自嘉靖三十一年（1552）倭犯台州等地起，“七八岁间，所破城十余，……官军吏民战及俘死者不下数十万”。为了御倭，明朝几乎帑藏空虚，不得不在江南实行加派，全国各地精兵良将也被调往东南沿海，因此有人指出：“由于倭寇的侵扰，明朝东南沿海富庶之区，人民的生命财产，农工商业生产，都遭受了极其严重的破坏。”
通过这场战争，使越来越多的人认识到开放海禁的重要性。明朝廷也鉴于嘉靖时“倭乱”的教训，到隆庆时开始部分开放海禁。