可行以下检查以明确诊断。
一、外周血检查：
有感染和全身中毒症状时，外周血白细胞、中性粒细胞增高，可有血小板数量下降等表现。
二、血生化检查：
当并发脱水、酸中毒时，常规查血钠、钾、氯、钙、血pH值、尿素氮、肌酐等。
三、尿常规检查：
病儿尿中有胎粪成分。
四、X线检查：
1、意义：
准确测定直肠闭锁的高度，有无泌尿系瘘，X线检查是不可缺少的。
在高位肛门直肠畸形的患儿常并发骶尾骨畸形，骶神经和括约肌发育不良，特别是第2椎以下椎体缺如者，术后恢复更差。
故患儿作此项检查是有意义的。
2、检查结果：
有些病例可根据X线照片膀胱内有气体或液平面而确诊。
有人指出，肠腔内有钙化影也是诊断直肠泌尿系瘘的根据。尿道膀胱造影，造影剂往往仅能充满瘘口部，出现憩室样阴影，而进入直肠内的造影剂很少。
3、具体操作：
是将生后24h的患儿倒置，肛门隐窝处粘一小铅字，铅字与骶前充气直肠盲端的距离即为闭锁的高度，从耻骨联合下缘至尾骨划一直线，即耻骨直肠肌上缘称为耻尾线，X线照片上可见直肠末端的气泡影位于耻尾线的下方。气影高于耻尾线者为高位畸形，但X线照片结果有时有误差。
五、电子计算机断层扫描(CT) ：
1、意义：
可以显示肛提肌群的发育状态及走向，也可作为术后随访的参考。
2、检查结果：
不同类型的肛门直肠畸形患儿，有其不同的CT显示，如直肠尿道瘘可见耻骨直肠肌包绕尿道及直肠盲端，肛门括约肌位于会阴正下方。
六、B型超声波检查：
不受时间限制，检查前可不做特殊准备，该法安全简便，测量的数据可靠，较X线误差小，可重复，患儿痛苦小。
七、磁共振(MRI) ：
1、意义：
在肛门直肠畸形中的应用，可以观察肛门周围肌群的改变，同时可以判断畸形类型和骶尾椎有无畸形。
2、具体操作：
可从3个方面观察肛周肌群的改变，为了获得清晰影像，检查前可给镇静剂，肛门隐窝内放一标志物，必要时经瘘口注入气体充盈直肠盲端，使影像更清晰。