益生菌作为一种活的有机体，存在肠道黏膜上并对肠道黏膜有保护作用。种种迹象表明益生菌在肠道黏膜免疫作用中发挥重大的功效。经常补充一定量的益生菌或微生态制剂，对预防外界环境变化时肠道菌群的紊乱有明显的作用。
益生菌可直接作用于宿主的免疫系统，诱发肠道免疫，并刺激胸腺、脾脏和法氏囊等免疫器官的发育，促进巨噬细胞活力或发挥佐剂作用，活化肠黏膜内相关淋巴组织，使SIgA生物合成增加提高消化道黏膜免疫功能，诱导淋巴细胞和巨噬细胞产生细胞因子，益生菌的细胞壁成分、代谢产物、菌体细胞等均可能刺激肠道黏膜免疫系统，发挥免疫调节作用，从而增强机体免疫功能。