达赖和固始汗的册封
藏族与清朝的联系，在清入关前即已开始。皇太极在崇德四年（1639）派专人致书于“图白忒汗”和“掌佛法大喇嘛”，提出延请高僧到满洲地区传播佛教的要求。当时西藏正处于动乱中，达赖五世也恰于此时派遣伊拉古克三朝清，至崇德七年（1642）始到达盛京，受到皇太极破格优待。在伊拉古克三返藏前，皇太极分别写信给藏巴汗、固始汗、达赖喇嘛和萨迦、噶举等派的领袖，委托他转交。伊拉古克三返藏后才得知，藏巴汗崇信黄教的蒙古和硕特部已被消灭，固始汗已统一了藏族地区，建立起新的地方政权。伊拉古克三又立即前往盛京通报情况。顺治元年（1644）初，清朝再次派人随伊拉古克三入藏，迎请达赖喇嘛，后又多次敦请达赖五世来京。直到顺治九年（1652）正月，达赖五世才在蒙藏扈从三千余人的护送下动身，长途跋涉万余里，历时近一年，于当年十二月到达北京。为迎接达赖五世，顺治帝专门为他在安定门外建造了黄寺，由户部拨九万两白银作为供养。顺治帝临朝时，为达赖五世设专座，位居群臣之上。达赖五世在北京只住了两个多月，就以不服水土为由，要求返藏。顺治帝对他厚予赏赐，并命和硕承泽亲王硕塞送他到代噶（今内蒙古凉城）。达赖五世到达代噶后，并未立即动身返藏。两个月后，顺治帝派礼部尚书，理藩院侍郎等高级官员携金册、金印到代噶册封达赖五世为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，印文为满、汉、藏三体文字。从此时起，达赖喇嘛的名号正式由中央政权确定下来。
在册封达赖五世的同年，顺治帝还派专人入藏，册封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”。在给固始汗的封文中，顺治帝要他“作朕屏辅，辑乃封圻”，即做好皇帝的助手，治理好他所管辖的藏族地区。在清朝看来，达赖五世和固始汗分别是藏族地区政教两方面的领袖。达赖五世是宗教领袖，掌管蒙藏地区的佛教，固始汗则是管理藏族地区的蒙古族汗王。
达赖五世得到清朝的册封后，声望日隆。固始汗在受封的第二年（1654）病故，其长子达颜汗继承了汗位，主持西藏政务。当时清朝入关不久，南明政权尚在进行反抗，清廷只能与达赖喇嘛保持较松弛的册封关系，假手和硕特部固始汗子孙以治理西藏。
蒙、藏贵族之争
康熙十八年（1679），达赖五世任命桑结嘉错担任第巴。当时达赖已年逾六十，对桑结嘉错又极为宠信，诸事多放手让他自行处理。
康熙二十一年，达赖五世圆寂。他在世时，一直受到清朝和固始汗的敬重。固始汗的子孙慑于他的威望，虽想独揽大权，但不敢有所动作。达赖五世圆寂后，给固始汗之孙达赖汗专权提供了机会。此时，桑结嘉错任第巴仅三年，羽翼尚未丰满。为了在与达赖汗的权力之争中处于有利地位，桑结嘉错秘不发丧，伪称达赖五世入定，凡事仍假借达赖的名义进行。同时，积极派人联系伊犁地区的蒙古准噶尔部，希望借助于准噶尔部噶尔丹汗的军事力量，驱逐和硕特部的势力出卫藏地区。
康熙三十二年（1693），桑结嘉错以达赖五世的名义为自己讨封。康熙帝考虑到这是达赖五世的请求，次年，封桑结嘉措为“掌瓦赤喇怛喇达赖喇嘛教弘宣佛法王”，赐金印。明确规定他的职责仍在宗教方面，并不影响达赖汗的职权。
康熙三十五年（1696），清军在外蒙古克鲁伦河特勒尔济地方大败噶尔丹军。从俘虏口中，康熙帝得知达赖五世已圆寂多年，匿丧不报，跋扈擅权，暗中挑唆噶尔丹与清朝为敌等等，皆桑结嘉错一人所为，康熙帝当即写信严厉责问桑结嘉错，要他从速奏明达赖五世圆寂始末，交出帮助噶尔丹的济咙呼图克图，否则要与他兵戎相见。
桑结嘉错接到康熙帝的谕旨后，诚惶诚恐地向康熙帝奏报达赖五世早已圆寂，其转世仓央嘉措已十五岁，恳请康熙帝允许仓央嘉措作为达赖六世正式坐床，对匿丧的原因，作了一些辩解，答应将济咙呼图克图解送北京。康熙帝因为刚刚征服噶尔丹，桑结嘉错既已认过，也只得承认既成事实，准许达赖六世坐床。
达赖六世·仓央嘉措于康熙三十六年（1697）十月在布达拉宫坐床，拜班禅五世·罗桑意希为师。在桑结嘉错与达赖汗的权力角逐中，达赖六世处境尴尬，不过是一个宗教上的傀儡，在桑结嘉错匿丧期间，他一直生活在民间。青少年时期的世俗生活，加上后来的政治境遇，使他成了一名浪漫主义的诗人。坐床时，他已十五岁。他不愿过受人摆布的生活，也不恪守宗教的清规戒律。这些，都成了以后拉藏汗废黜他的借口。仓央嘉措创作的诗歌脍炙人口，在藏族文学史上有一定的地位。但是在这场蒙藏统治阶级之间的斗争中，他却成了牺牲品。
康熙四十年（1701），达赖汗卒，两年后，其子拉藏汗即汗位。拉藏汗怀疑其父是桑结嘉错加害致死的，与桑结嘉错的关系日趋恶化。康熙四十四年（1705），双方终于爆发了一场战争。拉藏汗召集他的蒙古军队，擒杀桑结嘉错，并且立即将事件经过奏报康熙帝，同时，建议废黜桑结嘉错所立的达赖六世。康熙帝对桑结嘉错匿达赖五世之丧十五年之久，又积极怂恿噶尔丹兴兵作乱，深为不满，认为他的被杀实属罪有应得，遂立即派专人于康熙四十五年底动身赴西藏，封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，下令废黜仓央嘉措。同年，达赖六世在解送北京途中，死在青海湖附近。
康熙四十八年（1709），清廷派侍郎赫寿入藏，协同拉藏汗办理西藏事务。这是清朝入关六十多年后，首次派出驻藏办事官员。随后，清廷又于五十二年册封班禅五世·罗桑意希为“班禅额尔德尼”。这是班禅活佛转世系统受到中央政权正式册封的开端，班禅的地位从此被正式确定了下来。
仓央嘉措被废黜后，拉藏汗另立意希嘉措为达赖六世，并于康熙四十九年得到清朝的批准。但是他新立的达赖却得不到绝大多数西藏僧俗人民的认可，甚至同为固始汗子孙的和硕特部在青海的诸领袖人物也不予承认。
康熙五十四年，西藏三大寺的上层喇嘛与青海和硕特部王公在里塘（今四川理塘）寻获仓央嘉措的转世灵童，即后来的达赖七世·格桑嘉措。一个仓央嘉措被废，却出了两个达赖喇嘛。双方的拥立者彼此争执不下，康熙帝一时亦觉棘手，先是令里塘的灵童到青海的红山寺居住，后来又转移到塔尔寺，在那里把他保护起来。
此时，西藏的形势更加动荡。三大寺的僧人和藏族群众对以拉藏汗为首的蒙古和硕特部的统治十分不满，原来桑结嘉错的部属中有的人投奔到准噶尔部汗策妄阿拉布坦处。
策妄阿拉布坦是噶尔丹之侄。噶尔丹兴兵与清朝为敌时，他即自立为准噶尔汗，表面上维持着与清朝的臣属关系。到十八世纪初，他的势力强大起来，企图吞并和硕特部，取代其在西藏的统治，进而挟持达赖喇嘛，以控制信奉黄教的蒙古诸部。拉藏汗擒杀桑结嘉错，西藏因达赖喇嘛的废立，人心浮动，形势不稳，正好为实现他的野心提供了机会。
准噶尔军袭扰西藏
策妄阿拉布坦用了几年的时间进行侵藏的准备。他先与拉藏汗结成儿女亲家（1714年），使拉藏汗疏于防范。在此前后，策妄阿拉布坦派人入藏，与三大寺僧人联系，利用拉藏汗所立的意希嘉措得不到广大西藏僧俗人民的公认，大肆宣传拉藏汗破坏黄教，煽动反抗和硕特部统治的情绪。
康熙五十五年（1716），策妄阿拉布坦首先派出一支三百人的队伍偷袭塔尔寺，企图挟持受到蒙藏人民公认的达赖七世·格桑嘉措随准噶尔军进藏。同年年底，派其堂弟策零敦多布率六千人自和阗（今新疆和田）经阿里地区向藏北进发。当这支军队经过阿里时，被阿里地方官康济鼐发现，当即向拉藏汗报告。但拉藏汗毫无思想准备，及至他率军赶到达木，与准军遭遇后，当即被准军打败。此时，拉藏汗一面派人奏报康熙帝，一面派他手下的一名军官颇罗鼐从速动员卫藏民兵，由拉萨赶往达木。拉藏汗统率的蒙藏联军在达木坚持了两个月，终于支持不住，败退到拉萨。
策零敦多布攻占达木后，稍事休整，于康熙五十六年（1717）十月率军抵达拉萨郊外，受到三大寺僧人的欢迎。接着，准噶尔军开始攻城。因为城内有人接应，拉萨城很快失陷。准噶尔军进城后，洗劫拉萨市民的财物，就是曾经帮助过他们的人也不能幸免。藏族人民此时方知准噶尔军入藏，并不是为了“振兴黄教”。
拉藏汗在准噶尔军入城后固守布达拉宫。十一月初，他率一随从突围，被准军擒杀。他所立的达赖喇嘛意希嘉措被准军废黜，囚禁在布达拉宫对面的药王山上。
直到康熙五十七年初，拉藏汗次子苏尔扎之妻在被准军解往伊犁的途中逃到青海的柴达木，向清朝官员作了报告之后，康熙帝才了解到这次准噶尔部侵藏的详情。他立即决定派军入藏，驱逐准噶尔军队。同年七月，命额伦特、色楞自青海率军七千入藏。但由于两人轻敌，在藏北那曲被策零敦多布的军队包围，坚持月余后，终因给养断绝而全军覆没。
消息传来，朝廷上下震惊。诸王大臣以藏地险远，主张罢兵。康熙帝力排众议，坚持二次用兵。此次进军西藏，事先作了周密的部署，兵分两路，分别自青海、四川出发。四川一路，由噶尔弼、岳钟琪率领；青海一路，由延信率领，而以康熙帝第十四子允禵为抚远大将军，坐镇西宁。两路兵力大约有两万人。康熙帝还令北路军于进军同时，护送格桑嘉措入藏。行前，正式册封格桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”。
策零敦多布以主要兵力抵抗北路进藏的清军。康熙五十九年八月，延信率军在达木一带与准噶尔军相遇，准军在大败以后逃回伊犁。噶尔弼等率南路军，未遇大的抵抗，于八月先抵拉萨。九月初，北路军统帅延信偕同达赖喇嘛·格桑嘉措也到达拉萨。藏族人民三年来受尽准军的蹂躏，对清军的到来表示了热烈的拥护和欢迎。在清军进藏过程中，各地藏族人民纷纷起义抗击准军，其中阿里的康济鼐、后藏的颇罗鼐、工布的阿尔布巴是几支较大的力量。在清军进军沿途的藏族人民，更是积极踊跃地为清军向导、运输，作出了巨大的努力。
清军驱逐准噶尔军，进入拉萨后，在布达拉宫举行了格桑嘉措的坐床典礼。如前所述，清朝封格桑嘉措为达赖六世，但藏族人民一直认为他是达赖六世·仓央嘉措的转世，是第七世达赖。后来，清朝虽未作公开改正，但在事实上默认了格桑嘉措是达赖七世。
康熙六十年（1721）春，清朝决定改革西藏的行政体制，委任数名噶伦共同处理政务。“噶伦”意为“发布命令的官员”，当时清朝任命抗击准军有功的康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐等人为噶伦，后来在雍正元年（1723），又增加了颇罗鼐和代表黄教寺院集团的扎尔鼐为噶伦。从此，清朝不再在西藏册封蒙古和硕特部汗王掌政，第巴一职也被废除了。
阿尔布巴事件
雍正元年（1723），清朝升任后藏的颇罗鼐和达赖七世的强佐扎尔鼐为噶伦，噶伦增至五人。但是，这五名噶伦间早有矛盾，康济鼐、颇罗鼐同属后藏贵族，又曾联合起义抗击准军，结成一派，阿尔布巴、隆布鼐是前藏人，贵族地位也较高，再加上达赖喇嘛系统的扎尔鼐，结成另一派。新坐床的达赖七世之父索南达杰，也与阿尔布巴等人串通一气。两派之间的斗争日趋激烈。
当时清朝派驻西藏的官员鄂齐了解到这些情况后，曾向雍正帝建议，罢免隆布鼐和扎尔鼎的噶伦职务，除掉阿尔布巴的党羽，然后由皇帝降旨，要达赖七世、康济鼐、阿尔布巴和衷共济，协同办事。为此，清廷于雍正五年初，派出僧格、马腊两人入藏察看，但他们还未到达西藏，阿尔布巴等人就先发制人，于六月发动了政变，杀康济鼐，又发兵往后藏攻打颇罗鼐。颇罗鼐一面集合后藏、阿里的军队，抗击阿尔布巴，一面奏报雍正帝。次年五月，颇罗鼐率后藏军队攻入拉萨，擒阿尔布巴等人，但是他没有对阿尔布巴等人擅作处治，而是请清朝派官入藏决断是非曲直。当时僧格、马腊两人已抵西藏，清朝又派吏部尚书查郎阿入藏。雍正六年（1728）八月，查郎阿会同僧格、马腊审讯阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐三人，以叛逆罪将他们处死。
阿尔布巴事件纯属西藏贵族之间的一场争权夺利斗争。事后，雍正帝决心进一步加强对西藏的治理。鉴于设几名噶伦共同办事已经出现的弊端，而颇罗鼐在担任噶伦及处理后藏事务期间，已经充分显示了他的才干，在平定阿尔布巴变乱时，又表现了对清朝的忠心耿耿，雍正帝遂令颇罗鼐一人总理西藏事务。雍正七年，又晋封他为贝子。
阿尔布巴事件前，清朝虽已派遣官员驻藏，但未形成定制。雍正六年，清朝正式在西藏设立了“驻藏办事大臣衙门”，派遣驻藏办事大臣。首任大臣即僧格和马腊。
清朝还决定，将康区东部的巴塘、里塘等地划归四川管辖，将康区南部的中甸、维西、阿墩子（今云南德钦）等地划归云南管辖，又将日喀则以西直到阿里地区赏给班禅管辖。但班禅坚辞不受，后来在驻藏大臣的说服下，才勉强接受了对拉孜、昂仁、彭 错林等三个宗的管辖权。
从雍正六年到乾隆十二年（1728～1747），西藏事务由颇罗鼐一人主持。在此期间，西藏社会相对安定，没有发生大的动乱，人民得到了较长时期的休养生息的机会，社会生产也得到了发展。雍正九年，清朝加封颇罗鼐为贝勒、多罗贝勒，乾隆四年（1740）又加封他为郡王。在清代西藏，颇罗鼐的封爵是最高的。
平定珠尔默特
颇罗鼐有二子。乾隆十一年（1746），清帝令颇罗鼐指定一子日后承袭他的封爵。他的长子车布登当时率兵驻防阿里地区，次子珠尔默特那木札勒，精明强干，深得乃父宠爱。颇罗鼐请求由其次子袭封。次年，颇罗鼐病故，清廷即令珠尔默特袭郡王爵。
珠尔默特袭封后，政治野心逐渐暴露。他为了擅权专政，与达赖七世之间的矛盾日益加剧。但珠尔默特知道，达赖七世是清朝册封的，他与达赖七世不和，不会得到清朝的支持，驻藏大臣会把他的动向随时奏报乾隆帝。因此，他对清朝设置驻藏大臣也表示不满。驻藏大臣纪山曾奏告乾隆帝，请将车布登调回拉萨，同珠尔默特协同办事，以分其权。不料事机泄露，乾隆十四年（1749）底，珠尔默特派人将其兄车布登暗害。乾隆帝斥责纪山办事不妥，派傅清、拉布敦为驻藏大臣。其时，珠尔默特正在各处调兵，并与准噶尔部勾结，图谋叛乱。于是傅清、拉布敦立即奏报乾隆帝，请求相机将珠尔默特翦除。
乾隆帝考虑到当时清朝在西藏驻兵不多，谕令傅清、拉布敦谨慎从事。但形势急转直下，珠尔默特甚至下令阻断驿站的文书往来。傅清、拉布敦决定先发制人。乾隆十五年十月十三日，两人诱杀珠尔默特，但他们亦被珠尔默特的党羽杀害。
事变发生后，达赖七世迅速将杀害驻藏大臣的凶手擒获，平息了这场动乱，同时奏闻清廷。一月后，乾隆帝派出四川总督策楞、提督岳钟琪领兵入藏处理善后，对傅清、拉布敦当机立断的做法给以肯定，还在拉萨为他们立了“双忠祠”。
乾隆帝弘历总结西藏几次动乱的教训，感到西藏距内地过于遥远，置诸噶伦协同办事，彼此间容易发生权力之争，令一人主持政事，又易造成专擅大权。当时西藏黄教寺院集团在经济上的势力已空前强大，仅以俗官主持政事，无法充分反映黄教寺院集团的利益。此次珠尔默特之乱，僧俗两大势力集团间的斗争就是一个重要原因。有鉴于此，清朝决定废除在西藏封王的制度。乾隆十六年，清朝在西藏正式建立噶厦，设置四名噶伦，规定一僧三俗，共同处理日常事务。同时，清朝正式授权达赖七世掌攻。遇有重大事件，噶伦等须事先请示达赖喇嘛和驻藏大臣。自此，西藏黄教“政教合一”的地方政权正式建立。
清朝授权达赖七世掌政，是经过慎重考虑的。达赖七世的掌政和四名噶伦中一名僧官噶伦的设置，不仅使黄教寺院集团的利益在地方政府中有了代表，而且可使僧俗贵族间互相牵制。噶伦遇要事须请示达赖喇嘛和驻藏大臣，这在事实上加强了驻藏大臣的权力，从而也加强了清朝对西藏的治理。
清朝又决定，将原来由颇罗鼐管辖的藏北三十九族和达木八旗划归驻藏大臣直接管辖，以加强驻藏大臣的权力。清朝还建议达赖七世设立“译仓”，即秘书处。它既管理达赖的印信，文书，又负责噶厦政府僧官系统的一切事务。西藏地方政府的主要机构，从这时起逐渐完备。
乾隆二十二年，达赖七世圆寂。乾隆帝命令由丹吉林的第穆呼图克图任摄政，在新达赖喇嘛未满十八岁之前主持西藏政务。这是西藏摄政制度的开端。有资格担任摄政的，只是几个地位很高的呼图克图。
清军逐走侵藏廓兵及“藏内善后章程”的订立
喜马拉雅山南麓的尼泊尔，历史上一直同西藏有着经济、文化联系。尼泊尔产稻米，居民常来西藏与藏民进行以米易盐的贸易。十八世纪中叶，尼泊尔的廓尔喀族统一了全国，此后，双方关系开始恶化。当时尼泊尔铸造的一种银币在西藏流通，后来成色变差，藏人拒绝使用。乾隆五十三年（1788），噶厦派往聂拉木的官员向尼商多征了捐税。廓尔喀人以此为借口，于当年派兵占据了藏尼边境上的聂拉木和济咙（今吉隆）两地。乾隆帝闻讯，派理藩院侍郎巴忠、成都将军鄂辉率军三千入藏。由于巴忠敷衍了事，希图早日回京，他到拉萨后，即派噶伦丹津班珠尔去边境谈判，与廓尔喀达成协议，每年由西藏给对方白银九千六百两，以换取聂拉木、济咙两地的归还。巴忠草草完结此事，返京复命。
三年后，廓尔喀人持字据向西藏索取银两，噶厦政府拒付，廓尔喀人再次派兵占据聂拉木、济咙。驻藏大臣保泰奏报乾隆帝，乾隆帝始知三年前巴忠贿和一事。巴忠闻讯后，畏罪自杀。
乾隆五十六年八月二十日，廓尔喀军攻陷扎什伦布寺。此前，班禅七世·丹贝尼玛已由驻藏大臣保泰接往拉萨。扎什伦布寺总管仲巴呼图克图于寺陷前一日携金银细软逃跑，寺内其他喇嘛不战而溃。廓尔喀军洗劫扎什伦布寺，甚至将历代班禅灵塔上镶嵌的珍珠宝石都劫掠一空，然后退往边境，仍然占据着聂拉木、济咙等地。
乾隆帝获悉后决定派大军入藏驱逐廓尔喀侵略军。当年十一月，由福康安任大将军、海兰察任参赞的一万七千人的大军入藏。乾隆帝命令他们大振军威，务期使侵略者不敢再来滋扰。福康安入藏后，首先处治了一批怯懦渎职的官员。驻藏大臣保泰、雅满泰被枷号示众，仲巴呼图克图也被押解到北京治罪。
在藏族人民的大力支援下，乾隆五十七年（1792）春暖后，清军开始反击廓尔喀军，五月，即将入侵者全部驱逐出境。七月初，福康安率清军六千攻入尼泊尔境内，廓尔喀王拉特那巴都尔一再请降，并将巴忠贿和开给的付银字据一并交出。福康安虑及必须在大雪封山前撤返西藏，遂于当年八月底决定受降。九月，班师凯旋。
此次清朝在西藏进行的是一场正义的反侵略战争。清军由满、蒙古、汉、回、藏、鄂温克、达斡尔等族组成。这支军队惩罚了廓尔喀侵略军，解除了西藏人民的灾难，因而受到西藏各阶层人民的热烈欢迎和支持。
福康安率清军返藏后，按照乾隆帝的命令，以羊八井寺为主寺的噶玛噶举派红帽系的寺产被全部查抄，红帽系活佛被禁止转世，僧人也全部被迫改宗黄教，噶玛噶举派红帽系自此绝传。
早在战争开始之前，乾隆帝就指示福康安，将来撤兵后，一定要妥立章程，以改变西藏各项制度废弛，噶伦与地方官员舞弊、擅权的状况。福康安返藏后，将乾隆帝的意图先后告知班禅七世和达赖八世，他们都表示衷心拥护。于是，福康安即与西藏地方官员共同议定了一个章程，呈报清廷。乾隆五十八年，清朝正式批准颁行，这就是著名的“藏内善后章程二十九条”。
章程明确规定，驻藏大臣的地位与达赖、班禅平等，监督办理西藏事务，这是对驻藏大臣职责和地位的首次明确规定。章程还确立了著名的金瓶掣签制度，即由驻藏大臣监督认定每世达赖、班禅的转世灵童，废除过去由降神喇嘛指定灵童的办法。
在官吏的任免方面，西藏地方政府的噶伦、商卓特巴，军队中的代本等官员，均由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选，然后呈请清朝任命。这些官员的升迁赏罚，也由驻藏大臣全权处理。
章程规定，建立西藏地方的常备兵，定额三千人，分驻于前后藏。拉萨、日喀则各一千，江孜、定日各五百。同时，还规定了军队的编制、赏罚、训练等方面的制度。
章程还规定，西藏的涉外事务集权于中央，统归驻藏大臣管理。
财政方面，章程规定，西藏地方政府的收入统由驻藏大臣稽查。还规定在西藏设立专门机构，由驻藏大臣派员监督铸造银币。
“藏内善后章程”的订立，标志着清朝在我国西藏地方施政的最高阶段。它在客观上起到了加强清朝中央和西藏地方、祖国各族人民和西藏人民之间关系的积极作用，巩固了祖国的统一，有利于西藏社会的稳定和经济、文化的发展。这一章程的主流是积极的，应予充分肯定。
清朝对甘、青、川、滇等省藏区的施政
在甘肃、青海、四川、云南等省的部分地区，有比西藏更多的藏族居住。对这些邻近内地的藏族地区，清朝的施政较西藏有所不同。
雍正三年（1725），清朝设置了西宁办事大臣，将现今甘肃、青海两省的藏族地区划归西宁办事大臣管辖。清朝将青海的藏族基本上限制在黄河以南、唐古拉山以北地区，将这一地区的藏族划分为四十一族，设置指挥使、指挥同知等官员和千户、百户等土司头人，授给他们印信。道光初年，清朝又下令千户实辖三百户，百户仍辖百户，分化和削弱了较大的土司头人的势力，加强了清朝各级地方政府对他们的控制。
现今甘肃省境内的藏族，被分别安置在岷州（今岷县）、洮州（今临潭）、兰州、凉州（今武威）的辖区内，清朝对他们实行比较直接的治理。同时，还分别册封了当地的一些大活佛，对当地的僧俗上层仍给予一定的权力。
雍正七年（1729），清朝决定将中甸、维西、阿墩子（今云南德钦）等地划归云南，将里塘、巴塘划归四川，设置流官进行治理。
清朝在西藏的驻军，由四川轮流派遣，三年一更代。四川总督不仅要负责辖区以内的藏族事务，还要协助驻藏大臣为西藏驻军筹办军械，管理由四川经康区到西藏一路的驿站，并控制每年几百万斤边茶的生产和贸易。西宁办事大臣也负有协助驻藏大臣筹办粮饷、保证驿路交通的职责。
清皇朝的阶级本质，决定了它对藏族地区的施政必然具有大民族主义的民族歧视、民族压迫的性质，在某些事件中表现得十分明显。
乾隆年间发生了大小金川战争事件。大、小金川位于四川大渡河上游。乾隆十二年（1747）和三十六年（1771），当地的土司两次起兵袭掠邻近土司，扰乱川西，乾隆帝派出重兵进剿。清朝第二次用兵金川，花了五年的时间，支出军需七千万两白银，损兵折将，最后才迫使大、小金川藏人投降，改土归流。乾隆帝把这两次用兵作为他“十全武功”中的两大武功。
藏区的土地制度和宗教文化
十七世纪中叶，随着黄教寺院集团在经济上取得的空前优势，藏族的封建农奴制度有了进一步的强化。封建领主对土地的占有和对农奴人身的不完全占有，是这个社会的基础。达赖五世时，黄教寺院集团开始掌握了对西藏土地的所有权，把土地封赐给僧俗封建领主。可以得到土地的，主要是：西藏地方政府的官员；忠于达赖五世及西藏地方政府的各地世俗贵族；黄教寺院和服从达赖五世及西藏地方政府的其他教派寺院中的上层当权分子。这三部分人即西藏的三大领主。对于封赐的土地他们只有占有权，不得随意买卖，也不得任意开垦荒地。土地占有权的转移，须经地方政府同意。对于获罪的僧俗贵族，地方政府有权没收他们的土地。
由于黄教寺院集团对土地的所有权，最初得自受清朝册封的固始汗，后来，“政教合一”的西藏地方政府的权力又是由清朝直接授予的，因此，西藏最高一级的土地所有权属于清廷。清朝曾把藏北三十九族和达木地区划归驻藏大臣直接管辖，把后藏部分地区划给班禅，这都表明了清朝对西藏地方的最高土地所有权。
在封建农奴制度下，农奴没有人身自由，他们被束缚在一定的土地上，不准随便迁徙。农奴一般占有一小块份地，为了耕种这一小块份地，每年要用三分之二的时间在领主的土地上无偿地提供劳役。这是典型的劳役地租。农奴主可以买卖、赠送、抵押农奴，农奴逃亡或稍有反抗，就会受到严厉的镇压。
邻近内地的藏族地区，封建化的过程早于西藏。由土司、千户、百户头人统治的地区，都是一个个小的地方政权，其中也有“政教合一”形式的。这些土司头人对其属下农奴的统治较西藏要松弛，多取劳役、实物兼有的地租剥削方式，但仍然禁止买卖土地。有些地区已进入封建地主经济阶段。
藏族的落后的封建农奴制的生产方式，严重地束缚了藏族地区社会经济的发展。
黄教在清代一直受到清廷的扶持。达赖七世时，黄教“政教合一”的地方政权建立后，势力日益膨胀。藏传佛教的其他教派，有的早已衰亡，有的被黄教兼并，还有些教派虽然存在，但实力很小，已不构成对黄教“政教合一”地方政权的威胁。对于表示顺从的教派，黄教予以扶持。例如达赖五世就曾大力扶持宁玛派。但是，有些教派则受到黄教的排斥和打击。首先是黄教的宿敌噶玛噶举派。觉囊派因为曾支持藏巴汗地方政权，也受到迫害，达赖五世借口其教义不纯，迫令该派僧人全部改宗黄教。有清一代，随着黄教在藏族地区垄断地位的确立，其他教派都居于从属的地位，而且再也没有产生新的教派。
由于历史的原因和统治阶级的大力提倡、宣传，藏族人民较普遍地信奉黄教，几乎每户都有人出家为僧。据十八世纪中叶的统计，共有黄教寺院三千四百七十七座，僧人三十一万六千二百三十人。黄教严禁僧人娶妻生子和参加生产劳动。这样大量的僧人，既不创造社会财富，又不繁衍人口，形成藏族社会上一个畸形庞大的僧侣集团。藏族人口逐渐减少，社会经济凋敝，这样的黄教成了阻碍藏族社会进步的一大桎梏。
勤劳勇敢的藏族人民，同中国各民族一起，创造了自己辉煌灿烂的古代文化艺术。虽然由于藏传佛教的影响，使藏族的文化、艺术大部分带有宗教的色彩。但剔除这些宗教的糟粕，我们仍能从中看到藏族人民的聪明才智。藏族的文化、艺术在清代也得到了一定的发展。
建筑方面，达赖五世时开始大规模营建的布达拉宫，集中地反映了当时藏族人民的建筑艺术水平。布达拉宫依山而建，高十三层，东西长四百余米。远望群楼高耸，崇阁巍峨，非常雄伟壮观。宫内还保存有大量佛像、壁画、雕塑等，反映了藏族人民在建筑艺术方面的高度水平。
文学方面，一些作品在相当大的程度上摆脱了宗教迷信的束缚，反映了藏族人民对幸福生活的追求和向往。其中最为脍炙人口的是达赖六世·仓央嘉措的情歌，以优美的语言，细腻的笔触，丰富的想象力，刻画出作者的人物性格，反映出他对那些禁锢人们思想的宗教说教的叛逆精神。仓央嘉措的情歌在藏族地区广为流传，家喻户晓，受到广大藏族群众的喜爱。