档案是清政府在实行政治、军事、经济、文化、民族、外交政策时所形成的官方文书，形式多种多样，有户口钱粮的黄册，科举的试卷、金榜，舆图，帝后功臣画像，中外交往的国书，等等，多达一百余种，大多数为汉文，满文档案也不少，还有蒙文、藏文及英、法、日、俄等外文档案。
清代档案之多，居世界第一，仅中国第一历史档案馆就存有一千万余件、册、卷，辽宁、四川等地方档案馆、文管会，也保存了大量档案。
清朝内阁大库的档案，从清宣统元年（1909）开始，陆续移出、转售、分存，现绝大部分存藏于中国第一历史档案馆，中国历史博物馆和台北故宫博物院也存有不少档案。第一历史档案馆还设法搜集、接收了内阁大库以外的军机处、清史馆、刑部、宣统帝溥仪、湖广总督端方、东三省总督赵尔巽、醇亲王府、黑龙江将军衙门、宁古塔副都统衙门、阿拉楚喀副都统衙门、珲春副都统衙门、长芦盐运司等档案。
上千万件档案，需要科学分类编目，才便于使用。中国第一历史档案馆根据档案收藏的部门、文种、朝年、性质，予以分类。第一大部类叫“全宗”，是按其原来收藏的部门或个人来划分的，清代档案共分七十四个全宗，即内阁、军机处、宗人府、宫中、吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部、度支部、陆军部、法部、外务部、学部、农工商部、民政部、巡警部、邮传部、理藩院、乐部、责任内阁、弼德院、都察院、资政院、方略馆、翰林院、大理寺、会议政务处、督办盐政处、总理练兵处、管理前锋护军等营事务大臣处、侍卫处、禁卫军巡练处、八旗都统衙门、国史馆、步军统领衙门、溥仪、黑龙江将军衙门，等等。全宗之下，按文种分类，如军机处全宗共分十类：录副奏折，档簿，来文，在京各衙门、督抚给与军机处的文书、外国的照会，电报，函札，清册，舆图，奏表，杂件。内务府全宗分来文、奏案、堂谕、呈稿等十四类。在大文种下还有再以小文种来区分的，如内阁全宗之题本类，又分为吏、户、礼、兵、刑、工六科题本。文种之下的分类，主要按朝年，如六科题本，分为顺治、康熙等朝，顺治朝又按年编排。
档案数量庞大，包罗万象，是第一手原始材料，是最好的史料，离开档案，很难对清朝的历史进行深刻的研究和作出科学的正确的论断，很难有新的突破，很难写出高水平的学术专著和论文，很难撰成大型清史。四十年来，尤其是近十余年来，清史研究之所以取得了很大成绩，出版了一批水平较高的论著，一个重要因素就是开始重视和大量利用档案资料。
以人们十分关心但又很难了解清楚的清朝国库存银数量而言，其他文献只是简略地提到个别年代的数字，而档案却有系统记载。乾隆四十年正月二十九日，军机大臣遵旨查明自康熙起到乾隆三十九年“户部银库每年实存银数”的奏片所附“清单”，载有康熙六年等二十六个年头之存银数及雍正元年至乾隆三十九年每年存银数，十分具体，姑举几年。康熙，六年存银二百四十余万两（原有万千百十两数，现皆简化），十二年二千一百三十余万两，十六年五百三十万余两，十七年三百二十余万两，二十五年二千六百余万两，三十三年四千一百万两。雍正七年六千零二十余万两，乾隆二十年四千二百九十余万两，三十至三十九年每年存银六千万两以上，其中六年岁存银七千余万两。①
再以清朝主要统治集团八旗王公贵族而言，虽然它的兴起、发展、衰亡，直接影响到清朝的盛衰，应该阐述清楚，但由于他们权势赫赫，王门深似海，时人既难知其详情，又不敢妄加评说和录述其事，故《清实录》、方志、文集、笔记等等文献，关于王公贵族之情形，尤其是其重要经济基础庄园之情，记述很少，致成清史研究中一大空白。档案却为解决这一难题，提供了坚实的史料基础，仅一史馆所存内务府、宗人府档案就有二百多万件，辽宁省档案馆也藏有大量与此有关的档案，姑举数例。一系贵族庄地数目。一史馆宗人府堂稿有庄亲王府长史桂斌呈报庄地数目“清册”，载明庄王府地分布于河北、辽宁、山西三省三十余州县一百三十余村屯，有耕地二十二万余亩和马厂地三十二万余亩，其具体县名、村名、庄地顷亩数目，写得一清二楚。二是庄租品种数量。辽宁省档案馆存大学士、一等子范文程家道光九年《范宅老地账》载：“关东所有沈阳、辽阳、南城、牛庄、海城、西城、椴木丛，共有红册地三千六百九十七日（一日为六亩）半，共收租钱一千二百四十一两八钱整。又有开河马厂地一千零三十三日四亩八分，分给三家庄头承领一千（日），共租银[七百九]十二两九钱一分。”计：“庄头刘长盛，官地一百三十二日，交租银七十五两、鹅五双、鸭十双、粉子三升，官猪折银。”三系庄地典卖。辽宁省档案馆存《京都惠郡王府五城骑缝底簿》详细记载了道光二年王府庄地典卖与旗民耕种之情，如庄头丁玉全领庄地二百五十三日，却典出一百七十九日，其余庄头庄丁领有之地，情形亦与此类似。四是庄地经营方式由庄丁耕种变为招佃承租之变化，与庄丁逃亡之关系。辽宁省档案馆存《英公府奉天法库县南坐落上屯等村地册》载称： “及至嘉庆八年间，因充差之壮丁潜逃者颇多，以致差银无着，故将养丁之地起租，以抵差银之入。”简而言之，充分利用档案，结合有关文献，定能阐明八旗王公贵族三百余年形成、兴起、发展、衰落及其解放后获得新生的全过程，并由此而探讨出若干带有规律性的结论。
又以清代租佃关系这一重大课题而言，以往由于缺乏具体数量资料，只能泛泛而论，而档案却对土地占有状况，土地买卖，地租种类、数量，买卖、承佃之各种手续与“乡俗”，双方之身份，发生纠纷时官府的裁决，等等，记载得非常清楚十分详细，使人们眼界大为开阔，提出了许多新问题。根据档案记载，在许多地区的土地买卖，存在着卖地“先尽亲房”、“先尽原业”的“乡规”，土地之业主，出卖田地时，要先问亲房、本家、“原业”（即原来田地之卖出者），他们不买，才能售与他人。除了田地正价以外，卖主及其亲房还要索要“画字银”。湖南桃源县，“乡间俗规，买主在正价外，另有酌给挂红钱文”。湖南武陵县“俗例”：“凡是卖产，亲房弟侄都有画押的钱文”。有的州县，上首业主也要此钱，叫“脱业钱”。湖南安化县，“乡间俗例：凡是卖田，上首业主原有脱业钱”。
档案载录了诉讼者呈上的大量地契，可以详细说明地价、活卖、找价、绝卖等等过去罕为人知的重大问题。活卖，是卖地时业主于契上载明“卖活契”或“不拘年月远近，银到归赎”等字样。如雍正元年山东兰山县杨榯之活契载：“立卖活契人杨榯同子杨文炳、杨文卓，因钱粮无凑，央到中人曹德仁说合，情愿将业地六亩，卖与杨洪如名下耕种为业，言定时价银三两六钱……”
既为活卖，卖主就可以向买主找补银钱，名为找价，理由多是原价太少。康熙六十年江苏武进县刘文龙将田一亩八分卖与陈德山，价银七两，雍正七年又立下“找契”，找银一两。其契为：“立找契刘文龙，向有惊字号平田一亩八分，卖与陈名下收租，今因原价轻浅，央中找得一两整……”。乾隆十四年，刘再向陈家索找，“又立找契”，复“找银七两”。 “绝卖”之原意是永归买主管业，不能找价回赎，契上写明“杜卖契”、“绝卖契”，规定永远不许找银回赎。安徽合肥县雷相明所立之杜卖契载：“立杜卖田房契人雷相明，今因手头不足，情愿将父遗实种一石在册弓口八斗六升半田……出卖与许康元名下子孙永远为业……永不加找回赎……”
押租制，是在清代迅速发展的新的剥削方式，档案对此有大量的载述，其名称就有押租银、押佃银、保租银、压佃银、庄银、进庄银、寄庄钱、上庄银、顶头钱、顶手钱、顶耕银、揽佃银、批耕银、佃价钱、坠脚银、批头银、田根银、田脚、粪土银，等等，多达六十余种。在许多州县，出现了佃民必交押租的“乡例”，如江西石城县，温海标佃种杨升远七石租的田，“原照乡例，去坠脚银十两”。浙江“鄞县乡例：佃户都有顶头钱分，名为田脚”。福建长泰县，“乡间俗例，佃户租种田亩，先给地主保租银子，若有欠租，便可扣抵”。至于押租的数量，押租的增长，地主为增押租而夺地另佃，收取押租实质上就是增加地租，等等情形，皆有大量材料，前人罕能知晓。
永佃权是清代又一迅速发展的一种重要制度，档案对此提供了其他文献没有的大量、详细、具体、可靠的资料。永佃权之名称就有“佃业”、“质业”、田皮、田面、小苗、田脚、田脚小业、小租等等。许多州县形成了公认的永佃权“乡例”。浙江临海县，“地方乡例：租人田种，原有佃价与田主的。……若田主把田卖与别人，仍旧是旧佃户耕种还租，叫做卖田不卖佃”。浙江庆元县，“这里地方乡风俗例：凡佃户耕种田地，出银顶买，名为田皮，可以顶卖的”。“凡卖田皮，只要还人家租谷，原可自种”。广东惠州府，“惠州府乡例：凡买田收租纳粮的，叫做粮业，买耕交租的，叫做佃业”，地主不能夺佃自耕。福建宁德县，“乡例：收了佃户的钱，田主不得另佃”。福建平和县，佃户交过“粪土佃银”，业主就只能“卖租不卖佃”。
佃农与地主之间的人身依附关系，一直是人们关注但又很难弄清的问题，清中叶以后，有无松动，以往由于缺乏材料，难以论述。现从档案知悉，乾隆年间的刑部档案中，逐渐出现了地主与佃农“无主仆名分”的记载，嘉庆时更为增多。如，乾隆十七年，山西岚县佃农李京打死地主温尧士，巡抚审案时认为，李京是普通佃户，“并未立有雇工文券，应以凡论”。乾隆四十一年，山东沂水县佃农刘玘山殴死地主马进朝，官府断为：“刘玘山虽系马进朝佃户，并无主仆名分，应以凡论”。湖南宜章县，“曹戍昌佃种尹申开田亩，每年还租谷四石五斗，并无主仆名分”。河南正阳县，业主邢建功与佃户刘荒之间，业主胡养心与佃户袁德海之间，“平等称呼，并无主仆名分”。山东日照县，业主秦子焌与佃户于鹤年之间，“平日平等称呼，并无主仆名分”。嘉庆、道光年间档案所载主佃之间平等相称无主仆名分的省府州县，已知者有河南、江苏、山东、广西、云南、安徽、浙江等省州县。这对研究清代租佃关系，提供了难得的大量的可靠史料。
不仅八百多万件汉文档案非常有用，一史馆藏存的一百五十余万件满文档案也十分珍贵。例如，满洲人丁数目，尤其是顺治、康熙时期的人丁数目，对研究满族历史、研究清史极为重要，但因其关系清政府机密，汉文文献没有记载，致人们只能根据八旗佐领个别时期的数目而加以估算，不太准确。现一史馆公布的雍正元年五月初四日和二年十一月初七日怡亲王允祥密奏入关时和近日八旗男丁数字，就解决了这一难题。允祥奏称，顺治五年编审丁册载，满洲八旗男丁五万五千三百三十丁，蒙古八旗二万八千七百八十五丁，汉军、台尼堪四万五千八百四十九丁，满洲蒙古的包衣汉人二十一万六千九百六十七丁，八旗总共有三十四万六千九百三十一丁。康熙六十年八旗编审丁册载，满洲八旗男丁十五万四千一百一十七丁，蒙古八旗男丁六万一千五百六十丁，汉军、抚西尼堪、拜唐阿尼堪、台尼堪二十三万九千五百一十丁，满洲蒙古的包衣汉人二十四万一千四百九十四丁，八旗共有六十九万六千六百八十一丁。又如，多年来红学家普遍认为曹雪芹家庭被抄，是由于曹家是皇八子廉亲王允禩党羽，因而受到雍正帝迫害，不相信史书记载中曹■因亏空钱粮而抄家的说法。近来一史馆公布了满文档案，据载称：“查曹■因骚扰驿站获罪，现今枷号，曹■之京城家产人口及江省家产人口，俱奉旨赏给随赫德。”
总而言之，数逾千万件的档案，记述了清朝政治、军事、经济、文化、民族、外交等等各个方面的详细情形，是极为珍贵的史料，必须大量阅读充分利用。