男性不孕不育的发病原因复杂，很多疾病或因素均可导致男性不育。

生殖器官感染

男性生殖器官感染致病菌后，炎症的存在会影响性腺的正常分泌及生精功能下降，并使精子的形态改变、活力及存活期下降，从而失去受精能力，导致不育。绝大多数患者会出现急性睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、尿道炎及生殖器官结构异常等症状。

精索静脉曲张

指精索的蔓状静脉丛扩张，会使睾丸的血液回流受阻，温度上升，代谢紊乱，加上有害物质不能及时排出，使睾丸生精障碍，造成少精、精子畸形及活力下降引起不育。

生殖器官发育异常

可造成阴茎插入阴道困难，精液不能正常射入阴道内，从而导致不育。常见的有阴茎缺损、小阴茎、大阴茎、尿道严重下裂等。另外睾丸的发育异常会导致精子生成障碍，从而引起不育。

内分泌功能障碍

内分泌功能障碍有下丘脑、垂体功能异常及甲状腺功能减退等，均可引起促性腺激素分泌异常，影响睾丸功能而导致不育。

性功能障碍

包括勃起功能障碍、早泄、性欲减退及射精障碍等，是导致不育的重要原因。