却说陈炯明的部队，自从退出广州后，除却退北江的谢文炳一师外，其余大部俱在惠州。初时粤军因布置未周，不曾发动，到了五月九日（十二年），叶举通电诬斥中山在广州纵烟开赌，卖产勒捐，两军方才渐至实行接触。其时北方的反直一派，极望中山和陈炯明和平解决，合力反直，因此吴光新等，纷纷在广州、惠州两地活动，劝他们言归于好，共同北伐。双方虽未必听他的话，战局却和缓下来。不料陈氏乘孙军不备，袭取博罗，进窥石龙，一面又运动海军反孙。温树德因前此曾经附陈，现虽在孙中山部下，心中不安，受了陈炯明运动，立刻允许反孙，为里应外合之计。消息传入中山耳中，不觉震怒，立刻下令免温树德海军总司令职，并饬各炮台加紧戒备，并改换各舰长，由大元帅直接指挥。因此陈炯明的逆谋，完全失败。
中山把广州的事情，布置停当，立命各军向惠州进攻。其中只许崇智在潮州、汕头一带，被林虎战败，退守揭阳，此时并不在围攻惠州各军之中。这时陈炯明守惠州的是杨坤如，虽则屡次战败，却不肯放弃，只是一味死守，因此孙军急切未能攻下。中山集众将商议道：“李烈钧收编的两旅，现在又为林虎所收，敌势愈强，好在厦门臧致平已联络许总司令的留闽余部，和闽南自治军，南图潮、汕，现在已克饶平、黄冈，如能攻克潮、汕，消灭林虎、洪兆麟等的势力，然后出其全力来攻惠州后方，则惠州腹背受敌，其亡可立而待。所以我们此时还是以攻为守，静待攻克潮、汕，再行猛攻不迟。”这计划虽是如此决定，不料滇军内部各派，竞争总司令地位，一部分竟发生通北嫌疑。其嫌疑最重的，当推师长杨如轩、杨池生两人。杨希闵不待他们谋逆，便下令驱逐。两杨立不住足，带领残部，投江西去了。
中山因滇军太纠纷了，下令废除总司令，将所有滇军，改编为四军，任杨希闵、范石生、蒋光亮、朱培德四人为一、二、三、四军长，这件事方算解决，只静候臧、许攻克潮、汕，便可以夹攻惠州。不料林虎、洪兆麟向饶平反攻，臧军竟被击退。林虎占了饶平，便向平和进展。臧致平一面派兵坚守平和、诏安、云霄一带，一面要顾北面王永泉部的南下，一面又要防备到海军杜锡珪、杨树庄等的袭击，十分吃力。此时臧致平确不易应付。其时孙传芳已在福州就督理职，吴佩孚屡次电令解决臧致平，孙传芳前次因初到福建，布置尚未十分周密，所以迟迟不发，等到臧致平实行对省独立，南图潮、汕，方才下了武力解决的决心，一面令王永泉南下夹攻，抚臧致平之背，一面请杜锡珪令杨树庄率舰队和陆战队进攻厦门。臧致平因此各方吃紧，不能专顾南路，被林虎攻入了平和，云霄、诏安也相继失守，漳州吃紧。臧致平正想派兵堵截，忽报海军陆战队，已在金门登陆，舰队已入嵩屿，厦门吃紧，不觉大惊道：“厦门为我根据地，如被海军占领，则此后饷械都无所出。我军虽不被攻击，也不能在福建立足了，我当自往救之，宁失十漳州，不可失一厦门也。”因尽领漳州的军队，来救厦门，一面派使，假与海军议和，一面乘各舰不曾防备，开炮轰击，命中的很多，各舰带伤的不少，要想发炮还击，又被外舰干涉，只得和陆战队一齐退出。