相当一部分疱疹性咽颊炎的孩子病情比较重，高热持续不退。高热时，要积极予以退热处理，以免引起高热惊厥。如高热持续，实验室检查白细胞、CRP增高明显，考虑可能并发细菌感染，此时可使用抗生素。继发中耳炎、鼻窦炎等合并症，也可考虑使用抗生素。是否使用抗生素需要医生来确定。有科普说疱疹性咽颊炎完全不可以使用抗生素是不全面的。
局部可用金霉素鱼肝油或中药气雾剂喷雾，以达到局部止痛消炎作用。因所喷药物比较苦，小婴儿常拒绝接受，不用也可以。
护理要点：
疱疹性咽颊炎的孩子咽喉部疼痛明显，护理要点是多饮白开水，白水对病变的咽喉部刺激最小，孩子相对容易接受。如患儿特别拒绝喝白水，为保证患儿液体量，也可让孩子喝果汁、饮料，但特别酸的或特别甜的果汁如橙汁西瓜汁最好不让孩子喝，会非常刺激咽喉部而产生严重疼痛，孩子常常也会拒绝。
可进食有营养且易消化的流质或半流质，如牛奶、菜粥、面条汤。如患儿进食勉强，可少食多餐。如进食其他都比较费劲，也可只让孩子喝奶，这样既可以保证营养供给，也可增加液体入量。不要吃太热、辛辣、味重的食物，以免刺激咽喉，加重咽痛。
要保持大便通畅。如患儿高热，伴便秘或大便干燥，会不利于患儿体温下降病情缓解。可让患儿服用一些清热解毒的中药以帮助通便。患儿大便一通，体温会逐渐下降，咽颊部的疱疹也会消的快些。
疱疹性咽颊炎真的比手足口还重吗
手足口病属于法定传染病（疱疹性咽颊炎不是），大家对它很紧张。2008年，安徽阜阳发生较为集中的手足口病疫情，并出现危重症病例及死亡病例，2008年5月2日卫生部将手足口病列入《中华人民共和国传染病防治法》规定的丙类传染病进行管理。一旦一种疾病列入传染病，其管理、宣传会有很大变化，这也是大家对手足口病了解越来越多的主要原因。因属于法定传染病，如果幼儿园或学校有手足口集体发病常会关闭班级或整个幼儿园。
但临床多数手足口病病情轻微，中低度发热，热程1-2天，伴发手、足、口周皮疹（所以称为手足口病），有的患儿在臀部皮肤也可看到红疹。只有极少数肠道病毒71型引的手足口病会病情发展快，甚至导致死亡。
疱疹性咽颊炎高热及高热持续3-4天的患儿比例远远多于手足口病的患儿，所以从某种意义讲，疱咽比手足口是严重一些的，病程也普遍长一些，患儿因咽颊部剧痛而导致的患儿不适感也显著的多。