仁宗即位，擢礼部侍郎兼华盖殿大学士。帝御便殿，蹇义、夏原吉奏事未退。帝望见士奇，谓二人曰：“新华盖学士来，必有谠言，试共听之。”士奇入言：“恩诏减岁供甫下二日，惜薪司传旨征枣八十万斤，与前诏戾。”帝立命减其半。服制二十七日期满，吕震请即吉。士奇不可。震厉声叱之。蹇义兼取二说进。明日，帝素冠麻衣绖而视朝。廷臣惟士奇及英国公张辅服如之。朝罢，帝谓左右曰：“梓宫在殡，易服岂臣子所忍言，士奇执是也。”进少保，与同官杨荣、金幼孜并赐“绳愆纠缪”银章，得密封言事。寻进少傅。
时藩司守令来朝，尚书李庆建议发军伍余马给有司，岁课其驹。士奇曰：“朝廷选贤授官，乃使牧马，是贵畜而贱士也，何以示天下后世。”帝许中旨罢之，已而寂然。士奇复力言。又不报。有顷，帝御思善门，召士奇谓曰：“朕向者岂真忘之。闻吕震、李庆辈皆不喜卿，朕念卿孤立，恐为所伤，不欲因卿言罢耳，今有辞矣。”手出陕西按察使陈智言养马不便疏，使草敕行之。士奇顿首谢。群臣习朝正旦仪，吕震请用乐，士奇与黄淮疏止。未报。士奇复奏，待庭中至夜漏十刻。报可。越日，帝召谓曰：“震每事误朕，非卿等言，悔无及。”命兼兵部尚书，并食三禄。士奇辞尚书禄。
帝监国时，憾御史舒仲成，至是欲罪之。士奇曰：“陛下即位，诏向忤旨者皆得宥。若治仲成，则诏书不信，惧者众矣。如汉景帝之待卫绾，不亦可乎。”帝即罢弗治。或有言大理卿虞谦言事不密。帝怒，降一官。士奇为白其罔，得复秩。又大理少卿弋谦以言事得罪。士奇曰：“谦应诏陈言。若加之罪，则群臣自此结舌矣。”帝立进谦副都御史，而下敕引过。
时有上书颂太平者，帝以示诸大臣，皆以为然。士奇独曰：“陛下虽泽被天下，然流徙尚未归，疮痍尚未复，民尚艰食。更休息数年，庶几太平可期。” 帝曰：“然。”因顾蹇义等曰：“朕待御等以至诚，望匡弼。惟士奇曾五上章，卿等皆无一言。岂果朝无阙政，天下太平耶？”诸臣惭谢。是年四月，帝赐士奇玺书曰：“往者朕膺监国之命，卿侍左右，同心合德，徇国忘身，屡历艰虞，曾不易志。及朕嗣位以来，嘉谟入告，期予于治，正固不二，简在朕心。兹创制‘杨贞，一印赐卿，尚克交修，以成明良之誉。”寻修《太宗实录》，与黄淮、金幼孜、杨溥俱充总裁官。未几，帝不豫，召士奇与蹇义、黄淮、杨荣至思善门，命士奇书敕召太子于南京。