酸奶中大多数的益生菌并没有宣传的那么有效，因为它们大多很快就会死亡，无法在我们的肠道中定居下来。然而万事无绝对，至少有一种微生物与众不同，可以在肠道中存活。
假设你在西藏捉到几头耗牛，人工繁殖几代以后，再将它们放生到南沙的某个小岛上，一般来说这些耗牛很快就会死亡。实际上，这就跟益生菌的经历差不多。
诸如酸奶、饮料、胶囊等益生菌产品，都包含了某些对健康有益的益生菌。人类对益生菌种的选择历史悠久，它们大多都非常易于量产，然而却并不是我们肠道中常见的微生物，也难以适应我们体内的环境。更何况它们经过无数代工业培养条件下的繁殖，已经被驯化适应了那样的工业条件。而且，我们通过益生菌产品摄入的益生菌浓度很低，根本无法与体内原有的是其数量几百或几千倍的细菌相抗衡。
以上就是为什么不断有研究显示，益生菌产品中的细菌更像是游客而非住客，它们游历了整个肠道但是并没有留在任何地方。“你试图将一个物种引入某个生态系统，然而这个物种本不是在这个系统里进化出来的。” 阿尔伯塔大学（University of Alberta）的 Jens Walter 如是说，“它们并不能成功地适应你体内的环境。”
因而，大多数益生菌产品中的益生菌并不能融入人体微生物组（指人体内微生物的集合体）。同样的原因也使得益生菌产品在医学方面的应用效果不佳，这方面仅有的正面报道是，某种产品在治疗感染性痢疾方面有一定的作用。
在过去的几十年中，欧盟的管理局已经对这类关于益生菌的研究结果见怪不怪，并禁止这些益生菌产品包装上注明它们“有益健康”，被禁字眼甚至包括“益生菌”本身。
当然，“益生菌”这个概念听起来不错。我们知道细菌是人体微生物环境非常重要的一分子，若是体内微生物平衡遭到破坏，你可能会患上糖尿病、肠炎，甚至是肠癌。所以，摄入适当的益生菌本应当可以改善这些问题。