穆宗甫崩，保言于后妃，斥孟冲而夺其位，又矫遗诏令与阁臣同受顾命。及帝登极，保升立宝座旁不下，举朝大骇。保既掌司礼，又督东厂，兼总内外，势益张。拱讽六科给事中程文、十三道御史刘良弼等，交章数其奸，而给事中雒遵、陆树德又特疏论列，拱意疏下即拟旨逐保。而保匿其疏，亟与居正定谋，遂逐拱去。
初，穆宗崩，拱于阁中大恸曰：“十岁太子，如何治天下。”保谮于后妃曰：“拱斥太子为十岁孩子，如何作人主。”后妃大惊，太子闻之亦色变。迨拱去，保憾犹未释。万历元年正月，有王大臣者，伪为内侍服，入乾清宫，被获下东厂。保欲缘此族拱，与居正谋，令家人辛儒饮食之，纳刃其袖中，俾言拱怨望，遣刺帝。大臣许之。逾日，锦衣都督朱希孝等会鞫。大臣疾呼曰：“许我富贵，乃掠治我耶！且我何处识高阁老？”希孝惧，不敢鞫而罢。会廷臣杨博、葛守礼等保待之，居正亦迫众议微讽保。保意稍解，乃以生漆酒喑大臣，移送法司坐斩，拱获免。由是举朝皆恶保，而不肖者多因之以进。
慈圣太后遇帝严。保倚太后势，数挟持帝，帝甚畏之。时与小内竖戏，见保入，辄正襟危坐曰：“大伴来矣。”所昵孙海、客用为乾清宫管事牌子，屡诱帝夜游别宫，小衣窄袖，走马持刀，又数进奇巧之物，帝深宠幸。保白太后，召帝切责。帝长跪受教，惶惧甚。保属居正草帝罪己手诏，令颁示阁臣。词过挹损，帝年已十八，览之内惭，然迫于太后，不得不下。居正乃上疏切谏。又缘保意劾去司礼秉笔孙德秀、温太及掌兵伏局周海，而令诸内侍俱自陈。由是保所不悦者，斥退殆尽，时八年十一月也。
保善琴能书。帝屡赐牙章曰“光明正大”，曰“尔惟盐梅”，曰“汝作舟楫”，曰“鱼水相逢”，曰“风云际会”，所以待之甚隆。后保益横肆，即帝有所赏罚，非出保口，无敢行者。帝积不能堪，而保内倚太后，外倚居正，帝不能去也。然保亦时引大体。内阁产白莲，翰林院有双白燕，居正以进。保使使谓居正曰：“主上冲年，不可以异物启玩好。”又能约束其子弟，不敢肆恶，都人亦以是称之。