黄宗羲的讲学活动主要是在清康熙二年（1663）至十八年即他五十四岁至七十岁这段时间，讲学地点除余姚故居外，主要是在语溪（今浙江桐乡。明称崇德、清改称石门县，俗称语溪）、越中（今浙江绍兴）、海昌（今海宁）、甬上（今浙江宁波市鄞县）等地。二十年间，拜他为师的人多达数百，包括一部分清朝官员。正如全祖望《梨洲先生神道碑文》所记：“东之鄞，西至海宁，皆请主讲；大江南北，从者骈集，守令亦或与会。已而，抚军张公以下皆请公开讲，公不得已应之。”其讲学情况简述如下：

康熙二年四月，黄宗羲应吕留良之请，到语溪设馆讲学，先后寄寓在吕氏梅花阁和吴氏水生草堂。次年二月和十月，又两至语溪，讲学之余，与弟黄宗炎、学生万斯选拜谒了宋代名士辅广（字汉卿、号潜庵）墓，并作《辅潜庵传》。康熙五年，再次在语溪设馆。在此期间，曾与吴之振、吴自牧父子一起选编《宋诗抄》，读遍吴氏藏书，收集了大量资料。自康熙六年以后，他与吕留良关系恶化以致决裂，才不到语溪开讲。

绍兴证人书院自刘宗周去世后停办了二十多年。康熙六年（1670）九月，黄宗羲会合同门学友姜希辙、张应鳌等人，在绍兴恢复了证人书院的讲学活动。其后两年，曾数度会讲于此，阐扬老师的学问气节。这期间，他编写了《子刘子行状》、《子刘子学言》、《答董吴仲论学书》、《答恽仲昇论子刘子节要书》。他在讲学中突出提倡怀疑精神，认为“小疑则小悟，大疑则大悟，不疑则不悟”。“泛然而轻信”的盲从，实则“非能信也，乃是不能疑也”。

康熙十五至十八年间，黄宗羲曾多次到海昌（今浙江海宁）讲学，并担任主讲人。县令许三礼（字西山）约集不少官员去听讲，黄宗羲告诫他们说：“诸公爱民尽职，即时习之学也。”他在给学生讲授《四书》、《五经》等经典时，鼓励相互辩驳，主张学以致用，认为“各人自用得着的方是学问。寻行数墨以附会一先生之言，则圣经贤传皆是糊心之具”。

在海宁讲学时，黄宗羲向县令许三礼传授了中国和西方的天文历法等自然科学知识，向陈言扬等传授了中西数学知识。陈言扬在老师启发下写了一部论“勾股定理”的书，黄宗羲亲自为之作序。在序中他批评了中国封建统治者和浅陋儒生不重视自然科学的弊端，感慨地说：“西洋改容圆为矩度，测圆为八线，割圆为三角。吾中土人让之为独绝，辟之为违天，皆不知二五之为十者也。数百年以来精于其学者……不过数人而已。”他回忆当年避居深山钻研数学时，“双瀑当窗，夜半猿啼伥啸，布算籁籁”，简直如醉如痴。但学成后，犹如“屠龙之技”无所用，“且无可与语者”，现在看到学生陈言扬有了成就，即将平生所学“尽以相授”，以期祖国数学发扬光大，“使西人归我汶阳之田”。

黄宗羲讲学收效最大者，是在宁波创办“甬上证人书院”时期。

康熙四年初，甬上（今浙江宁波鄞县）一班崇尚民族气节的名士如万斯大、万斯同、董允瑶、董允璘、陈赤衷、郑梁、范光阳等，将他们早先组织的文社合并为甬上策论会。这一年春，万斯大、万斯同等二十余名策论会成员相约到余姚向黄宗羲求教。康熙六年，策论会改名“讲经会”，以讲论《五经》为主题。他们常聚陈赤衷家，讨论经义，簟精竭思，“所谈不出于王霸”，黄宗羲每至宁波，必赴会讲经。康熙七年三月，他赴甬，弟子们在鄞县广济桥延庆寺等地聚会。在黄宗羲提议下，遂改讲经会为“证人书院”。他在《董吴仲墓志铭》记载此事：“先师立证人书院，讲学于越中，至甲申（崇祯十七年）而罢讲。后二十四年为丁未（康熙六年），余与姜定庵复讲会、修遗书，括磨斯世之耳目。……甬上之闻风而兴者，一时多英伟高明之士，吴仲其一也。明年，余至甬上，诸子大会于僧寺，亦遂以证人名之。甬上讲学之士，数百年所创见……风气为之一变。”书院的地址，据全祖望所记，在“城西之管村，万氏之别业”，即万氏白云庄。书院自康熙七年创建至十四年结束，前后经历八年。参加讲会的人数估计有百余人。

黄宗羲讲学有两大特点：一是讲究实学，反对空谈，主张经世致用。他揭露明代中叶以来讲学的流弊说：“明人讲学，袭语录之糟粕，不以六经为根柢，束书而从事于游谈。”又批评明末读书社的文人不务实学，“本领脆薄，学术庞杂”，所以“终不能有所成就”。他鄙夷那些空谈道德性命而无真才实学的道学家们，指斥他们“封己守残，摘索不出一卷之内……天崩地解，落然无与吾事，犹且说同道异，自附于所谓道学者”。正因如此，黄宗羲特别强调学者要明经通史，以求经世致用。他说：“学必原本于经术而后不为蹈虚，必证明于史籍而后足以应务。”所以，他要求自己的学生“必先穷经”、“兼令读史”。这对于扫除明末脱离实际的恶劣学风起了极大的作用，“凡受公之教者，不堕讲学流弊”，“前此讲堂锢疾，为之一变”。

二是宗羲讲学既重经史之学，又重自然科学，包括学习西方的近代科学知识。如在海昌讲学时，向知县许三礼传授了有关《授时历》、《西洋历》、《回回历》的知识，还培养了一个精通数学的陈言扬。他的儿子黄百家继承家学，在经学、史学、历学、数学方面均有较深造诣，并有专著传世。他的学生万经（万斯大之子）在《寒村先生七十寿序》一文回忆黄宗羲在甬上讲学的情景时说：梨洲弟子对“经学、史学以及天文、地理、六书、九章至远西测量推步之学”“争各磨励，奋气怒生，皆卓然有以自见”。

在黄宗羲的思想和学术风格熏陶下，形成了以甬上证人书院弟子为主力、其流风被于浙东乃至全国，其学脉传于乾嘉以至清末的清代浙东学派。这个学派的学术研究范围很广，诸如经学、史学、文学等，也包括自然科学，但以史学成就最显著。这一学派代表人物，以史学为主兼治经学的有万斯同、万言、邵廷采、全祖望、邵晋涵、章学诚，以经学为主兼治史学的有万斯选、万斯大、黄百家，文学方面有李邺嗣、郑梁、郑性等，自然科学代表人物有陈言扬，但最得梨洲真传的还是万斯同、全祖望和章学诚三人。

康熙十八年（1679），黄宗羲停止讲学活动，而全力从事于著 书立说。