根据细胞学和形态学的特点，现已发现的约三万种藻类可分为11个门。在这些藻类中，大约有330种能引发赤潮，其中频率最高的是夜光藻、中助骨条藻和囊毛藻种类。

随着人们对赤潮研究的不断深入，对引起赤潮的生物特别是藻类有了更深处的了解。通过研究，人们发现能形成赤潮的藻类分为两类，一类不能产生毒素，而是通过异常增值或者聚集而导致海面出现赤潮现象的藻类。另一类藻类是能分泌毒素的藻类，这些素养包括麻痹性贝毒、神经性贝毒和下痢性贝毒等三大类，其中的一部分能直接杀死鱼虾贝类，另外一些能通过食物链引起人体患病、腹泻或者中毒死亡。历史上比较有名的赤潮损害中毒事件大都是由这类海藻

引起的。于有毒藻类对人类及水生生物的影响，各国纷纷对有毒藻类开展研究。可虽然对有毒藻类的分类、技能和危害作了大量的研究，但对有毒藻类目前仍没有明确的、统一的定义，比较倾向的意见是，将能引发赤潮的藻类称为赤潮藻，自身能分泌毒素或者在其代谢过程中能释放毒素的赤潮藻类称为有毒藻类。