卫生保健管理制度
明代医学的最高管理和医疗教学机构是太医院，其下分设：大方脉、伤寒、妇人、小方脉、口齿、咽喉、眼、疮疡、接骨、金镞、针灸、按摩和祝由十三科。太医院设院使（正五品）一人，院判（正六品）二人，其属御医四人（后增至十八人），全面掌管医疗之法与卫生保健和教育等事业。例如：凡医家子弟，择师而教之；凡药辨其土宜，择其良楛，慎其条制而用之；珍视御脉，烹调御药；王府请医，奉旨遣官或医士往；外府州县置惠民药局，边关卫所及人聚处各设医生、医士或医官，俱由试遣，岁终会察其功过。这些都是太医院的职责。明代与以前不同，因明初定都南京，后迁北京，太医院北迁后，原设南京的太医院并未撤，故在卫生保建事业和管理上设有两个太医院。两太医院以北京为主，有院使、判、吏目、御医、医士，惠民局大使、副使，生药库大使、副使等百余人。
太医院既有为帝王、宫廷、臣僚服务的职责，也兼有管理和派员四处防治臣民疾疫的责任，尽管后者是很次要的，但在皇帝诏令下，往往也会发挥一定的作用。至于尚药局、御药房、药藏局、典医监、良医所等，均纯属为皇帝、皇太子和地方皇室人员服务的医疗机构。洪武三年（1370）所设惠民药局，府设提领，州、县设官医等，才真正有为贫病民众医治疾病的目的，可惜这一制度并未普遍实施，已设者也往往有医无药，或流于有名无实。在收养鳏、寡、孤、独、废疾不能自存之人等方面，令设养济院等以收养治疗，这一制度曾于十五世纪初在各府、州、县普遍实行过。
中外医学交流
中国医药学术与国外之交流在明代虽不及元代广泛，但在医药传出方面更有发展。日本田代三喜1487 年来中国学医，1498年学成回国，积极宣扬“金元四大家”之李（东垣）朱（丹溪）学说。他的学生曲直濑道三于京都创“启迪院”，著《启迪集》，发挥李朱学说，成为日本“后世派”骨干，继之者甚众，影响遍及日本。日本坂净远于1492年来中国学医，1500年学成回国，大力宣扬中国东汉张仲景学说，永田德本继之，反对田代喜三、曲直濑道三所倡的李朱学说，日本称之为古方派。古方派影响在十六世纪前后虽不如后世派广泛深入，但直到十九世纪甚至明治维新取缔汉医时仍存在至今。中医学在朝鲜，其发展较日本尤为普及，大型著作如《乡药济生集成方》（1398）三十卷，《乡药集成方》（1433）八十五卷，《医方类聚》（1445）三百六十卷，《东医宝鉴》（1610）等，均完成于这一时期，不但在朝鲜发挥了巨大的作用，且对日本、中国等的医学发展也产生了广泛的影响。中国医学与越南、印度以及东南亚等也由于郑和之出访等而逐渐密切。明代已有西方一些通晓医学的传教士来我国，例如耶稣会士利玛窦1583年来华，一面传教，一面行医治病，在华近三十年，与中国医家王肯堂、程■等曾有过不少接触，讨论医学学术问题。1568年教皇庇护第五任命卡内罗为澳门主教，先后创办医院与麻风病院，并设医科实习班，培养医生。其他如庞迪我、邓玉函、汤若望等十余人在中国从事传教、医疗、翻译介绍西医之理论和医疗技术等。