明代由于商品经济的发展，大小城镇的纷纷兴起和扩大，刺激了园艺业的发展，促进了栽培技术的提高。果树栽培种类和品种增加，《农政全书》所著录的果树种类达四十种，较元代《农桑辑要》和王祯《农书》所著录的二十余种大大增加。又如北方梨产区的主栽品种莱阳梨和秋白梨，以及上海水蜜桃都是在明代选育出来的。繁殖栽培技术在许多方面比起以前也有不少提高。果树嫁接法，宋、元时期已达到六种之多，果木生产中常用的方法基本上都已具备。到明代又出现了“匕头接”和“寄枝”两种嫁接方法。“匕头接”就是根接，“寄枝”就是靠接。根接的出现，说明从过去相同器官之间的嫁接发展到了不同器官之间的嫁接；而靠接的出现则为那些嫁接不易成活的植物提供了比较可靠的无性繁殖措施。

果树修剪，如葡萄的夏季修剪是在明代开始出现的。葡萄于汉代引种到我国，在南北朝时采用了棚架栽培和埋土防寒技术；唐代开始应用扦插繁殖技术，到明代又创造了夏季修剪技术，葡萄栽培的基本技术至此已相当完善。南方常绿果树预防冬季寒害和果树休眠期灌溉的一些措施都是明代开始采用的。

如《农政全书·树艺》记述：“此树（柑、桔）极畏寒，宜于西北种竹，以蔽风寒；又须常年搭棚，以护霜雪，霜降搭棚，谷雨卸却。”

腊前灌溉，在冬春雨雪较少的北方地区和山地果园现今仍然采用。明代还出现了和现代滴灌原理相同的“滴灌”技术。《群芳谱》针对无花果的需水特性说：“结实后不宜缺水，常置瓶其侧，出以细霤，日夜不绝，果大如瓯。”珠江三角洲的农民，在明、清之际“弃田以为基，以树果木”，创造了果基鱼塘的栽培方法：把洼地或水田深挖成鱼塘，用挖出的泥土垫高成“基”，在“基”上种植果树，在池塘里养鱼，使这一河网地区成为我国香蕉、荔枝、菠萝等亚热带果树的重要产区。

明代蔬菜种类的变化主要表现在白菜、萝卜开始成为主要的栽培菜蔬；再就是十六世纪下半叶至十七世纪下半叶，南瓜、辣椒、番茄、马铃薯、菜豆等南美原产的蔬，以及球茎甘蓝引种到我国。栽培技术的改进有下列几方面：（1）豆芽菜的生产，不仅用大豆而且开始用绿豆。《种树书》记载：“豆芽菜：拣绿豆，水浸二宿。候胀，以新水淘，控干。用芦席洒湿衬地，掺豆于上，以湿草荐覆之，其芽自长。大豆芽同此”。这里也是“豆芽菜”名称的最早记载。豆芽菜的生产不外三个原则：不见风日，供应适量水分和保持一定的温度。第一点古代人还不可能作出“为什么”的解释；关于水分问题，明中叶以后的书里才明确提出在生产过程中要“日以水喷之”，“一日二次洒水”；对于温度，南宋时只是利用太阳的热能，明代则进而知道“春冬置坑旁近火处，夏季不必”。育苗移栽，在明代已是蔬菜栽培中普遍采用的方法。《便民图纂》记述了四十余种蔬菜的栽培，其中半数以上采用育苗移栽的方法。明中叶以后的著作中还出现了一些关于应用火室、火炕生产黄瓜、韭黄等蔬菜的比较具体的记载，虽然对火室、火炕的构造仍缺乏具体描述，但从所记内容可推知已接近解放前后北京郊区的土温室。

桑树栽培技术的提高，表现在杭嘉湖地区优良桑品种的形成和增多，如万历《崇德县志》记载有十二种，明末清初又增加到了十八九种。实际上三吴农家沿用的自育桑种更多。明代多用埋条和压条法繁殖桑苗，杭嘉湖地区桑树栽培密度一般已达到每亩二百株左右。栽植和剪定形式也有了很大改变，如采用“年年拦头”的夏伐剪定，树势只养成一定高度，给压条带来许多方便。明代人把如何管理好桑树，总结为“非朝稽暮剔，则蠹不去；非旬锄月壅，则色不肥”。由于在桑树管理上狠下功夫，当时桑叶产量较高，民间流行“举手不见天，一亩采三千（斤）”的农谚。据明代有人估计，当时上等桑田产叶二千斤，中等一千六百斤，次等的也有一千斤左右。对桑树萎缩病和病毒病有了比较科学的认识，《沈氏农书》说：“设有癃桑，即番去之，不可爱惜，使其缠染，皆缘剪时刀上传过。凡桑一癃，再无医法，断不可留者”。“癃桑”即为患有病毒病的桑株，有强烈的传染性，为害桑树严重。在当时对这种病害即有所认识是难能可贵的。

浴种是制备茧种的重要技术措施，最初其意义偏重在卵面清洗和相应起到消毒功效；到了宋、元时逐渐由消毒发展到和选种相结合，明、清时则成为保存良种淘汰病弱卵的重要手段。据《天工开物》记载，嘉、湖二郡浴种的方法有三，即天露浴、石灰浴和盐卤浴。对杂交优势的认识是明代蚕业科学的重大成就，《天工开物·乃服》：“今寒家有将早雄配晚雌者，幻出嘉种，一异也。” 所谓早雄配晚雌，就是用一化性的雄蛾与二化性的雌蛾相杂交，通过人工选择培育出新的良种。“又一种不忌泥涂叶者，名为贱蚕，得丝偏多”。“贱蚕”是在不良环境条件下产生的抗逆性强的品种，这种品种在不良环境条件下，相对说产丝量偏多些。又说：“若将白雄配黄雌，则其嗣变成褐茧。”

明代，我国家畜家禽已有相当多的著名品种，如马，北方和西北有蒙古马和与之有血缘关系的西宁马、伊犁马、三河马、焉耆马等；西南则有四川建昌马、云南乌蒙马和贵州的水西马。牛有秦川牛、南阳牛。羊有湖羊、洮羊、蒙古羊、同羊、封羊等。生长于岭南的猪“自易极肥”，陆川猪据《本草纲目》记载“大者可至二三百斤”。这个猪种骨质细致，易熟易肥，耐粗饲，繁殖力高，抗病力强，十八世纪传入英国，与当地约克夏地方品种杂育成大约克夏猪。鸡有辽阳鸡、矮鸡、泰和鸡、长鸣鸡、寿光鸡、九斤黄、狼山鸡。鸭有番鸭、北京鸭和淮鸭。

在家畜家禽饲养方面，有几种家禽的肥育法是很有特色的：（1）栈鸡易肥法。《臞仙神隐书》记载：以油和面擀成指尖大块，日与十数食之，并将土硫黄研细，用饯许与硬饭拌而喂之，数日即肥。（2）栈鹅易肥法。与栈鸡相似，不同者在于须用砖盖成小屋放鹅在内，勿令转侧，门以木棒签定，只令出头吃食。日喂三、四次，夜多与食，勿令住口，只如此五日必肥。（3）填鸭法。《滇游日记》记载其法：“将食之前二十一日，白米作饭以盐花和之成团，作枣核状，每日减去一团，至期宰食，其味鲜嫩无比。”

兽医学发展的特点：隆庆以前，以继承为主并有所发展，出现大量新的兽医学论著，如《元亨疗马集》引用的三十四种兽医专著，绝大部分为明代作品。万历年间则以总结提高为主，出现了疗马、疗牛的经典性兽医著作《马书》和《牛书》。天启以后，马病治疗学停滞不前，但对牛病、猪病的诊断治疗有较大发展，有《养耕集》、《抱犊集》、《牛医金鉴》、《牛经切要》和《猪经大全》等书问世。兽医的出色成就表现在色脉诊断、望形察色以及系统理论应用于医疗实践，并与辨证施治紧密结合。如喻本元等撰写的马病治疗各论，罗列七十二种常见的难治重大病症，称为“七十二大症”，对每一病症都指出病因和病机，对症候群的特点也有详尽描述，特别是症状相同时能指出其相互区别的要点，其在马病治疗方面的成就是很突出的。

《三才图会》将渔具分为网、罾、钓、竹器四大类，绘图精致真切。很多渔具至今仍在沿用。明代还发明了滚钓捕鲟的钓具，小者二三百斤，大者一二千斤均可捕获。在钱塘江富阳一带，夜间渔船吹螺，“鱼喜螺声，闻声跃出受捕”。这是以声诱鱼的一种方法。淡水养鱼有了更大发展，黄省曾《养鱼经》和《农政全书·牧养》等从鱼苗孵化、采集，一直到鱼饲养的各个阶段，如鱼池的建造、放养密度、搭配比例、饵料、分鱼转塘、施肥，以及鱼病和桑基鱼塘综合经营等都有详细叙述。