患川崎病的孩子主要表现为持续发热、皮疹、眼结膜充血、口腔内膜损害和淋巴结肿大，但也不排除在有些时候，川崎病可能是以肝、肺、肾等器官的损害为首发症状的。
川崎病引起的心血管损害是影响预后效果的最重要的因素，也是造成儿童时期缺血性心脏病的主要原因，还可能在孩子成年后引发冠心病。而冠状动脉损害和心力衰竭则是川崎病引起死亡的主要原因。而且根据分析表明，川崎病的发病年龄越小，冠状动脉损害的危险性就越大。
除了冠状动脉损害与心脏损害外，约有1/3的患儿还可能出现肝、肺、肾等器官的损害。
不过，由于近年来诊治水平的提高，川崎病的病死率已从上世纪70年代的2%下降到0.5%以下。