许多妇女尤其是未婚妇女错误地认为，药物流产不是手术、不会伤身体。实际上，药物流产与负压吸宫流产一样，都是人为干预妊娠的生理过程，在一定程度上会损害妇女的健康。
1、感染。
妇女服用抗孕药物后，子宫腔内的胚囊组织可在当天排出，有时妊娠组织物排出不全，子宫复旧欠佳，**出血时间较长，可持续2～3周，甚至1～2个月。长期慢性失血可引起贫血，使身体抵抗力下降。这时，细菌往往由**逆行，而引起子宫内膜炎症。
2、不全流产。
有的妇女用药后因不完全流产，影响子宫收缩及子宫内膜创面的修复，使**流血量明显增多，超过平时月经量的2～3倍，严重者还可出现大出血，导致贫血、休克，此时需输血、并急诊手术刮宫止血等。
3、对再次妊娠的影响。
未婚妇女如多产、反复流产，可造成子宫内膜反复受损。妊娠时，易发生前置胎盘，可引起产前产时大出血，也有些妇女由于多次人工流产而出现习惯性流产，甚至继发不孕。
4、月经失调。
药物可以抑制卵巢的功能，影响卵泡的生长发育甚至排卵。个别妇女药物流产后，可发生月经失调，表现为月经周期缩短或延长，月经量增多。