当新生儿娩出之后，在开始呼吸之前，应迅速清理口、咽、鼻等处的黏液或血液，防止其吸 入呼吸道引起感染。方法多采用纱布裹住小指伸入口内，轻轻擦吸；或用耳科之洗耳球的尖 端插入鼻内，吸出黏液；或用去掉针头的头皮针导管接注射器抽吸。做上述处理时动作务必 要轻，因新生儿皮肤稚嫩，稍有不慎致皮肤破溃，可引发全身感染。
新生儿口腔粘膜柔嫩，血管丰富，唾液分泌量少，均有利于微生物的繁殖，导致口腔感染。
新生儿期最常见的口腔感染是白色念珠菌感染，俗称“鹅口疮”。主要是母亲奶头或喂奶者的手污染引起的。表现为口腔粘膜上出现点状或小片状白膜，不易拭去，无疼痛感，也不影响吃奶。但当抵抗力低下时，病变可蔓延至咽喉、食管、气管、肺等处，引起严重感染。因而得了“鹅口疮”后应尽早去医院治疗。
有些母亲特别注意新生儿的清洁卫生，就像成人每天刷牙那样，也要给新生儿清洗口腔，其实是没有必要特别专门为新生儿清洗口腔，更不能用纱布、手帕、棉签等来擦洗口腔黏膜，因为这种做法很容易将口腔黏膜擦破而引起细菌感染。
其实新生儿的口腔一般不需要特别清洗，因为新生儿口腔内尚无牙齿，而且口水的流动性大就可以起到清洁口腔的作用。要给新生儿清洁口腔的话，只要在给新生儿喂完奶后，再喂点温开水，将口腔内残存的奶液冲洗掉就可以了。个别的确实需要清洗时，可用干净的棉签，蘸上水轻轻涂抹口腔黏膜，但千万不能将黏膜擦破。
“鹅口疮”是可以预防的。母乳喂养时，应保持乳房及乳头的清洁，哺乳结束时，可挤出少量乳汁，涂于乳晕部，待其自然干燥。因乳汁有抑菌作用，可避免感染。采用人工喂养时，每次奶瓶、奶头用后都要清洗干净，并煮沸消毒。其他喂奶用的物品，如小毛巾等都要与成人分开，每次用后煮沸消毒，太阳晒干。平时大人喂奶前或接触宝宝前都要注意洗净双手，做到预防为主。
新生儿口腔的上腭中间及牙龈上有的可出现黄色的小颗粒或黄色的小结节，主要是上皮细胞堆积所致，俗称“马牙”或“鼓氏珠”。这都是生理现象，千万不要用棉签擦拭或用针挑破。一般数周后会自行消退。