明万历四十三年（1615），努尔哈赤已吞并了哈达、辉发、乌拉，重创叶赫，臣服建州各部，国土数千里，人丁众多、兵强马壮，又确立了八旗制度，遂于第二年正月初一日，正式建立后金国，登上了“英明汗”宝座，定年号为天命。代善与堂弟阿敏、五弟莽古尔泰、八弟皇太极被努尔哈赤封为和硕贝勒，以年齿为序，分别称为大、二、三、四贝勒。
后金天命三年（明万历四十六年， 1618）四月十三日，努尔哈赤以“七大恨”告天，誓师伐明，率八旗军队进攻抚顺。十四日进驻瓦浑鄂谟，是夜，忽晴忽雨，努尔哈赤谕告八旗贝勒、大臣说：“阴雨之时，不便前进，可回兵。”
努尔哈赤的这一命令，很不明智，将给后金的发展带来严重的危害。在这千钧一发之时，代善以大局为重，又冒险谏阻说：
我与明和久矣，因其不道，故兴师。令既临境，若遽旋，将与明复修好乎，抑相仇怨乎？兴兵之名，安能隐之。天虽雨，吾军士皆有制衣，弓矢亦有备雨具，何虑沾湿。且天降此雨，以懈明边将心，使吾进兵，出其不意耳！是雨利我不利彼也。
代善的这一段话，着重讲了三个问题。第一，是与明和好，还是对抗为敌，这是一个关键问题。代善所说的“和好”，不是说平等的两个国家之间的互利互助友好往来，也不是中央与边疆正常的经济交流宽厚相待，而是讲建州女真为明臣仆受人欺凌的封建隶属关系。如果因雨回兵，与明“和好”，那么，努尔哈赤就要放弃“覆育列国英明汗”的尊号，照旧充当被明朝目为夷酋的建州左卫都督，就必须按时朝贡，遵守国法，以辽东巡抚为父，听任边将勒索压迫，也就必须把已经兼并的女真部落退出来，使其各自为主，取消已经建立的强大的后金国，三十五载奋斗的丰硕成果，全部付之东流。这是具有雄才大略的开国之君努尔哈赤绝对不能接受的，也是长期南征北伐血染战袍的八旗贝勒、大臣不能容忍的。
第二，军机泄漏，后患无穷。代善说，“兴兵之名，安能隐之”，这是不可等闲视之的大事要事。几万人马，浩浩荡荡，直奔抚顺，这是很难掩盖的。兵贵神速，尤以出其不意为上，走漏风声，敌军知觉，严加防备，就很难击败对方攻克城堡了。努尔哈赤深知此事的重要，他制定的用兵围猎的禁令，便明确规定“严法令，禁纷杂，戒喧哗”。他指出：“战时喧哗，敌先知觉。猎时喧哗，声响山谷，兽即遁走。”就在出征之前两个月，努尔哈赤已和诸贝勒、大臣议定伐明雪恨，要砍伐树木制作梯子，又怕明方发现，遂通告众人说，“诸贝勒伐树，修建马厩”，派七百人砍树。过些时候，唯恐明通事来此，看见做梯子的木材，下令将它做成栓马的栅栏。做梯子，都怕人发觉，这几万大军的行进，尘土飞扬，声震数里，明国能不知晓？它一获悉建州反叛，必然要调兵遣将，赶运刀枪炮箭粮草，整修城池，加强防守，那时再来进攻，困难就大多了。
第三，有备无患，乘雨突袭，变不利为有利。代善指出，天虽下雨，道路泥泞，行走不便，但是，兵士有“制衣”，弓箭有备雨用具，还是可以继续前进的，而且，正因为这样，敌军可能松懈，哪有冒雨远道跋涉进攻城堡的？因此，利用下雨之机，突然偷袭，犹如自天而降，敌方必然措手不及，所以，“此雨利我不利彼也”。
代善的建言，从政治决策到战略战术都讲得十分清楚，因此，努尔哈赤“善其言”，撤销了退兵的决定，下令前进，于第二日四月十五日轻取抚顺，攻克马根单、东州等城堡五百余，获人畜三十万，获得了征讨明国的第一个大胜仗。在这关系到后金发展的重要关头，代善再建奇勋。
四月二十一日，八旗兵已出明境，明辽东总兵张承胤、副将颇廷相、海州参将蒲承芳，领兵一万追来，代善与弟皇太极令士卒披挂甲胄，准备交战，并飞报汗父。努尔哈赤听后谕告说：“彼兵非来与我为敌，盖欲诈称驱吾兵出边，以诳其君耳！必不待我兵也。”遣额尔德尼巴克什谕令代善二人停兵。代善、皇太极认为此令不妥，遣人回报，奏请进击明兵说：“彼兵若待我兵，则战，若不待，必自走矣，吾欲乘势袭其后，不然，我兵默默而回，彼必以我为怯不敢战也。”努尔哈赤赞同此议，遂率全军前进，猛攻明军，斩杀总兵、副将、参将、游击及千把总官五十余员，追杀四十里，明兵十损七八，后金获马九千匹、甲七千副，大获全胜，使明国“远近大震”。
天命四年正月初二，努尔哈赤统军进攻叶赫，代善奉汗父之命，率将十六员、兵五千，于夹哈关、防御明兵。
三月初一至初四日，明金（清）之间发生了第一次大决战—— 萨尔浒之战。此时努尔哈赤已年逾花甲，主要确定用兵方针，至于统兵冲杀，则基本上是由代善负责。三月初一，努尔哈赤决定，首先迎击明西路杜松军。代善奉父命，率诸贝勒大臣统兵前行，至萨尔浒与明军交战，努尔哈赤随后赶到，八旗健儿奋勇冲击，斩杀杜松、王宣、赵梦麟三总兵，消灭了明军主力。三月初二日，转攻明北路军马林部，努尔哈赤告诉代善，要全军“下马徒步应战”。代善刚命令左翼二旗兵士下马，忽然发现明兵冲上前来，他立即向汗父说，不行，明军进攻了，我们要前进。话音刚落，他便果断地策马向前，其他官将兵丁立即跟上，猛攻明军，马林总兵仓惶逃走，北路军又告失败。
探子报告，东方发现明军，代善向父奏准，于三月初三日带二十人前往侦察，并赶回都城，告诉捷音，安慰了留在城内的家眷，随即返回与父会合。努尔哈赤叫代善率领大兵前往应战，己则回都坐镇。三月初四日，代善统兵与明勇将刘铤决战于阿布达里岗。一开始，四贝勒皇太极经代善允许，领兵向西冲击，明兵“毫不动摇”，代善便“亲自冲入中路”，明兵“开始动摇败走”，八旗劲旅奋力厮杀，斩刘铤，全歼明东路军。明南路军李如柏部闻风退回，著名的萨尔浒之战，以后金大胜、明军惨败而结束。在这场关系到爱新觉罗家族生死存亡和后金兴衰的关键战争中，代善又建树了殊勋。
天命四年七月二十五日，代善从汗父克铁岭，并大败前来援明的蒙古喀尔喀部斋赛等贝勒的万余联军，生擒威震喀尔喀五部的名酋斋赛等二十位贝勒、台吉。八月二十二日，代善偕二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰，领兵攻陷叶赫西城，努尔哈赤取东城，灭了叶赫，完成了统一建州、海西女真的大业。
由于代善屡建奇功，又是第一个大福晋之子，系诸弟之兄，长期统兵治国，位居四大贝勒之首，拥有正红、镶红二旗，有权有势，威望甚高，因此被努尔哈赤立为太子，具体主管后金军国大政。
正当代善被尊为太子满门显贵的时候，一场险些丧身灭门的大祸降临到他的身上。天命五年三月，小福晋代音察向努尔哈赤报告：“大福金曾两次备饭，送与大贝勒，大贝勒受而食之。……大福金一日二、三次遣人至大贝勒家，如此往来，谅有同谋。大福金自身深夜出院，亦已二、三次矣。”言下之意，是指控代善与继母衮代皇后有暧昧关系。努尔哈赤派人进行调查，并未找到确凿可靠的证据，然而他心中对此却深信不疑，因此，以大福金富察氏“窃藏帛缎金银财物甚多为辞”，将衮代皇后逐离，不久另立侧福金阿巴亥为大福金。代善此次虽未遭贬责，但被这一“讦告”弄得相当尴尬，无法申辩，而且招致汗父不满，政治上受到了严重损害。
也就是在五年三月，努尔哈赤处分了富察氏以后，决定从界凡迁至萨尔浒，遂指定建造汗宫和诸贝勒府宅的地点。修完以后，代善两次提出，自己的府宅和长子岳讬的府宅修得很好，请与汗父之宅对换，可是当努尔哈赤同意这一要求后，他又嫌汗宫太小太窄，而不乐意，惹恼了汗父，努尔哈赤带怒宣布，让代善与其诸子住居佳宅。父子之间的隔阂，又有所扩大。
天命五年九月初三日，有人告发代善之次子硕讬、阿敏之弟斋桑古及其妹夫莫洛浑欲逃往明国。十三日，努尔哈赤与诸贝勒议定，“发兵堵截通往明国之路”，当晚从三人家中擒拿，监于狱中。代善向汗父五、六次奏乞当众审理，如硕讬“萌奸宄，行悖乱”，则将亲手斩杀。原来岳讬、硕讬并非叛逃，而是受不了其父代善与继母的肆虐，努尔哈赤了解实情后，于二十日下令释放二人，并叫硕讬自己选择，若不愿随父，“则来依祖父我也”。这意味着努尔哈赤对代善很不信任，对其虐待岳讬、硕讬，很不满意，可是代善这位曾经屡建奇功、叱咤风云的英雄，却被后妻谗言蒙蔽了眼睛，弄昏了头脑，不但不改过反省，反而硬要将硕托置之于死地，他竟听取后妻谎言，向汗父讦告硕讬与己二妾通奸。经查实，此乃系诬告，努尔哈赤大怒，痛责代善，夺其太子之位和所属部众。九月二十八日，代善手刃后妻，向汗父请罪，受到努尔哈赤宽待，仍让他领有正红、镶红二旗，为大贝勒，一场政治风暴终于过去了。
天命六年二月，根据汗父命令，代善与阿敏、莽古尔泰、皇太极四大贝勒分月值理政事。三月，代善率领正红、镶红二旗兵丁，跟随汗父，攻克沈阳、辽阳。七月，镇江兵民起义，代善奉汗父之命，偕三贝勒莽古尔泰和督堂阿敦，领兵二千，迁移金州沿海居民于复州。九月，代善因阿敦密告皇太极、莽古尔泰和阿济格将欲图害于己，向汗父哭诉，努尔哈赤遂以挑拨罪“逮捕阿敦”并长期监禁。十一月，代善至银库，取银六万六千两，分赐八旗官兵。
天命七年二月，代善与皇太极率正红、镶红、正白三旗，去义州驻防，斩杀义州拒绝降顺的汉兵三千人，又将右屯卫汉民四千五百五十七丁、八千八百六十四人及马、牛、驴三千余匹（头），驱往金州。四月，为示友好亲密，金国汗、贝勒与来归的蒙古诸贝勒“结成亲家”，代善的亲家是莽果尔额驸父子、绰尔济、密赛、伊林秦、额布根、伊思阿布和代青之子拜音岱，其蒙古亲家之多，超过阿敏等其他贝勒。他又带领杜度贝勒、济尔哈朗贝勒和扬古利总兵官，率兵一万余，前往广宁换戍。
天命八年二月，代善偕二贝勒阿敏，领兵前往锦州、义州一带，捉拿来此运粮的蒙古兵。六月，代善奉汗命，偕斋桑古等四位贝勒，带兵二万，前往复州镇压汉民起义，“男丁皆杀，俘获子女牛马返回”。同月，复州复御王炳、永宁监备御李殿魁，分别向代善首告督堂乌尔古岱收受贿物，代善转告汗父。诸贝勒审理后，拟将乌尔古岱处死，并指责皇太极、德格类、济尔哈朗、岳讬四贝勒有过，请汗惩治。努尔哈赤痛斥皇太极骄傲愚昧，谕令罚取四位贝勒牛录。
八月二十日，努尔哈赤下谕，指出诸贝勒“皆有过错”，次日，诸贝勒上书自责。代善上书说：
当初父汗指出我之过错，我不听从，犯了罪，父汗与众弟仍以礼恩养。我若不深切念此爱护，对我之过失，如仅伪言追悔系言追悔，系我之过，而在心中仍认为系己正确，皇天岂能宽恕？勿忘我之过失。每念及己之过错，后悔不已。今后务要尽弃其恶，勉行其善。如若再有过失，我身将遭殃祸。
天命九年正月，以蒙古喀尔喀部巴约特部恩格德尔额驸定居金国，奉汗父命，代善与阿敏等十三位贝勒与恩格德尔盟誓，对彼誓予“恩养”，并带领士卒，随彼至其蒙古故土，将属民和牲畜，全部迁至辽东。
天命十一年七月二十三日，努尔哈赤因半年前攻打宁远失利负伤，气愤成疾，往清河温泉休养，八月初七日病危乘舟返回，召大福金往会，相遇于浑河，十一日在距沈阳四十里的叆鸡堡去世。
诸贝勒根据努尔哈赤天命七年制定的共治国政的汗谕，集议任置新汗。此时，势力较大有条件参加汗位争夺的有三个人，一是代善自己。代善是努尔哈赤第一个大福金佟佳氏之子，长年统兵作战，军功累累，虽曾被汗父严责革除太子之位，但仍位列四大贝勒之首，辖有正红、镶红二旗，佐父治国理政，而且，他还有五个能征惯战的儿子和亲侄子。代善之子岳讬、硕讬、萨哈廉、瓦克达，皆是英勇善战的猛将，很早就披挂甲胄，带领士卒，冲锋陷阵，屡败敌兵。岳讬、萨哈廉更是能文能武，聪睿过人，善于从大局出发来处理军政大事。代善的亲侄子杜度，转战四方，屡建军功，早在天命四年、五年就是八旗旗主之一，辖镶白旗。杜度自父亲褚英被斩以后，一向是跟随代善，唯其马首是瞻。代善、岳托、硕讬、萨哈廉、杜度还是代表后金国对外交涉的“十固山执政贝勒”成员。总加起来，代善系统的人丁最多，执政贝勒最多，其他贝勒难以与他抗衡。因此，在天命十一年八月，八旗贝勒中，代善的势力最大，最有可能争取到汗位。
四贝勒皇太极也具有一定的竞争实力。皇太极智勇双全，机警聪睿，善用权术，功勋卓著，主正白旗，天命五年以后深受汗父宠爱，岳讬、济尔哈朗、斋桑古、德格类等贝勒，以及额尔德尼巴克什、乌尔古岱督堂等八旗高级官将，都与他关系密切，愿意为他效劳。
第三位有可能性的竞争者是阿济格。阿济格是努尔哈赤第十二子，母阿巴亥深受夫君宠爱，从天命五年三月起，就是后金国大福金。早在天命六年正月，努尔哈赤与诸贝勒盟誓表示今后子孙之中勿开杀戒时，年方十六岁的阿济格就名列后金八贝勒之中，不久又荣任正白旗旗主。阿济格骁勇善战，很早就披甲出征，多次以少胜多屡败敌军。他的同母之弟多尔衮拥有十五牛录，幼弟多铎系镶白旗旗主。阿济格兄弟三人拥有二旗，母亲阿巴亥又是后金国母，“有机变”，善于处事，这个集团也颇有威力，但弱点是三人年龄不大，阿济格二十一岁，仅是一青年贝勒，多尔衮十三岁，多铎十二岁，很难与久历戎阵饱经政治风霜的年长诸兄比高低。
此外，二贝勒阿敏，因是努尔哈赤的侄子，照说是不能继承汗位的，但是，他身为镶蓝旗旗主，在建立后金国过程中，南征北战，屡建功勋，起了很大的作用，他的弟弟斋桑古和济尔哈朗，也是统兵辖民的“执政贝勒”，势力也不小，而且此人素有割据地区自为国主的想法，是不大愿意屈居诸弟之下的。三贝勒莽古尔泰是努尔哈赤第二个大福金富察氏之子，虽因生母被汗父休离而在政治上受到严重影响，但他是正蓝旗旗主，同母之弟德格类也是有权有势的“执政贝勒”，他又生性鲁莽，爱生事端，也有争当国君的愿望。
在这矛盾错综复杂、形势十分紧张、人心惶惶的时刻，势力最大、最有可能继承汗位的大贝勒代善，作出了一个使人料想不到的但是又是十分明智的、唯一的正确决定，他提议任置四贝勒皇太极为新汗。
代善心中很明白，他的势力最强，他的威望最高，他的年龄最大，他是努尔哈赤第一个大福金所生的唯一皇子（兄长褚英已死），他是最有可能继承父位登基为汗的，其他贝勒不会也不敢起来反对。但是，他对几个弟弟的性格、抱负、才干、势力和当时的国情，也同样是十分清楚，深悉这个新汗肩负的担子之重。他知道，阿敏素有野心，莽古尔泰桀傲不驯，皇太极胸怀大志，阿济格刚强好斗，多尔衮虽小，也不愿甘为人下，何况还有汗父宣布确定的八和硕贝勒共治国政制，自己没有力量把他们制服，使他们如同汗父在世那样听从国主的管辖。而且，半年前兵败于宁远城下，士气不振，汗父晚年的弊政又激起辽民强烈反抗，“叛逃不绝”，田园荒芜，百业凋敝，粮食奇缺，物价腾贵。周围四面皆敌，明辽东巡抚袁崇焕利用宁远大捷，广修城池，赶造军械，训练士卒，欲图乘机反攻，收复失地。蒙古察哈尔部林丹汗领取明帝上百万两银子，联明反金，喀尔喀五部诸贝勒心怀二意。朝鲜久欲助明反击，支持明平辽总兵官毛文龙。这种内外交困的艰难重任，代善是担当不起的。这一点，代善内心十分清楚，他的左右手岳讬、萨哈廉也非常明白。
从八月初七日努尔哈赤病危到十一日未时去世，这段期间，代善不能不反复考虑这一大事，结论也就逐步形成了。因此，当岳讬、萨哈廉向父提议立皇太极时，他赞同说：“汝等之言，正合我意”，遂“计议已定，书之于纸”。第二日（十二日），代善通告阿敏、莽古尔泰、阿济格、多尔衮、多铎等十一位贝勒，“皆曰善”，“议遂定”，皇太极便被任置为金国天聪汗。
代善推立贤君的决策，稳定了动荡的形势，保持了皇族集团的统一和团结，使后金能够革除弊政，克服困难，排除障碍，转危为安，继续前进。代善为巩固、安定爱新觉罗江山，建立清皇朝作出了巨大贡献。
天命十一年九月初一日，皇太极继位为汗，与十四位贝勒“议定君臣之仪，上下和睦”，书写誓词，昭告天地。誓词规定，新汗皇太极要“敬兄长，爱子侄”，“行正道”，不得藉口“兄弟子侄微有过失”，就“削夺父汗所予之人民，或贬或杀”，若违此誓，则短命夭折。誓词赋予代善与阿敏、莽古尔泰三位大贝勒“训子弟”的特权，他们对阿巴泰、阿济格等十一位“子弟贝勒”，有管教之权、辖束之权，如果这些贝勒“藐其父兄，媚君希宠”，即藐视代善三人，背叛三位大贝勒，投靠天聪汗，则将短命而亡。这次盟誓，抬高了代善等三位大贝勒的地位，增强了他们的影响，形成了金国新的政治权力格局，即以天聪汗皇太极与代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒为主，加上阿巴泰等十一位小贝勒，共同治理后金国。
十月初，代善偕阿敏等八位贝勒，率精兵一万，往攻蒙古喀尔喀扎鲁特部，生擒巴克贝勒父子及喇什希布、戴青、桑噶尔寨等十四贝勒，斩鄂尔塞图贝勒，“尽俘获其子女人民牲畜而还”。这一仗，振奋了军威，对促使蒙古喀尔喀五部贝勒重守旧誓与金和好，起了相当大的作用。
天聪元年（明天启七年，1622）正月初一日，金国举行新年朝贺仪式，皇太极居中，代善与阿敏、莽古尔泰分坐其左右，四人并肩端坐殿上，接受群臣叩拜。外藩蒙古贝勒来谒时，亦依“谒汗之礼，会见三大贝勒”。
天聪三年十月初二，皇太极统兵征明，代善同行，十一日扎营于辽河。十五日，皇太极命八旗贝勒、大臣及外藩蒙古贝勒商议，大军所向，是先征明还是先攻蒙古察哈尔部，人言言殊，有的主张，距察哈尔太远，人马劳苦， “宜退兵”；有的建议，“大军已动，群力已合，宜以见集兵征明”。皇太极认为，“征明之议为是”，遂统军向明境前进。二十日，军抵喀喇沁的青城。代善与莽古尔泰于途中私议，认为此次进攻，危险性很大，遂于当夜来到汗幄，令诸贝勒、大臣停在外边，不许进入。他们见汗密议，力主退兵，代善、莽古尔泰说：
我兵深入敌境，劳师袭远，若不获入明边，则粮匮马疲，何以为归计？纵得入边，而明人会各路兵环攻，则众寡不敌。且我等既入边口，倘明兵自后堵截，恐无归路。
代善二人的主张，并非毫无道理。他们担心难进明境，众寡不敌，断了退路，国势就很危险了。联系三年半的军事政治形势来看，这一担心是很有根据的。金国自天命十一年正月兵败于宁远以后，虽然打败了朝鲜，击败了蒙古扎鲁特部，但天聪元年五月进攻锦州，又受挫未下，曾经威震中外的八旗劲旅，竟变得“怯于攻城”，士气不振。而明国一获宁远大胜，再获“宁锦大捷”，却一变昔日争相奔溃的懦风。在军队数量上，金兵只有五万，明军却数倍于此，力量对比也很悬殊。兼之，金兵是千里跋涉，粮草短缺，深入明地，人生路不熟，万一明军坚壁清野，凭城死守，援兵四面包围，截断退路，那时八旗军就会落个全军覆没的悲惨下场，大金国也就土崩瓦解了。
但是，如果此次出征半途而废，那将在精神上给八旗官兵沉重打击，长明国威风，灭己军志气，后果也很难设想，倒不如冒险进取，打个大胜仗，彻底扭转军事上的被动局面。
皇太极碍于代善二人的反对，几乎放弃征明决策，后来由于岳讬、济尔哈朗诸贝勒的坚决支持，以及八旗固山额真的赞同，才再次下决心进攻明国。代善二人遂从众议，统率部下，一同杀向明国。此次进攻，历时五月，直抵北京城下，屡败明兵，攻克不少州县，又施用反间计使明督师袁崇焕冤死，斩杀明武经略满桂、总兵孙祖寿、赵率教，生擒总兵黑云龙、麻登云等，军威大震，从此金国转入主动进攻的新阶段。
天聪五年八月，代善与子岳讬率正红、镶红二旗兵丁，参加了皇太极发动的进攻大凌河之战，父子分领本旗兵攻城之西面。金军围城历时三月，击败总兵吴襄等来援明兵四万，生擒监军张春，迫使粮尽援断的大凌河总兵祖大寿开城投降。
十月二十日，代善召集诸贝勒议处三贝勒莽古尔泰军中之过。两个月以前，莽古尔泰向皇太极说，属下不少将领受伤，要求取回随正白旗、镶白旗行走的正蓝旗护军。皇太极对此正当要求置之不理，反指责三贝勒之部下“凡有差遣，每至违误”。莽古尔泰埋怨天聪汗处事不公，“独与我为难”，“遂举佩刀之柄前向，频摩视之”。皇太极回营后大骂莽古尔泰，并愤怒谴责众侍卫说：“朕恩养尔等何用？彼露刃欲犯朕，尔等奈何不拔刀趋立朕前耶？”皇太极既然将此事的性质定为臣欲弑君的叛逆大罪，显系暗示要加重惩治，但代善集诸贝勒商议后，却主张从轻了结。他们提出：“以大贝勒莽古尔泰在御前露刃，议革去大贝勒，降居诸贝勒之列，夺五牛录属员”，罚银一万两及鞍马甲胄。皇太极同意此议，不久并还其所罚五牛录人口及供役汉人庄屯等。这场有可能导致最高统治集团内部公开分裂和争斗的重大纠纷，终于在代善的明智主持下，得到了妥当的解决。
天聪五年十二月二十八日，皇太极欲改定朝贺礼仪，叫代善与诸贝勒会议，是否让革去大贝勒称号的莽古尔泰继续与己并坐？诸贝勒中，一半认为“不可并坐”。最初代善主张可以并坐，他说：“上谕诚是，彼之过不足介怀，即仍令并坐亦可。”这种态度，与天聪汗的想法，是抵触的，皇太极希望取消莽古尔泰与汗并坐的特权，以突出汗的地位。这样一来，陷于僵局，难以收场。在这可能影响政局稳定的重要时刻，代善再一次以大局为重，主动退让。他提出：“自今以后，上南面中坐，以昭至尊之体，我与莽古尔泰侍坐上侧。”众皆赞同，皇太极更为高兴。从第二年（天聪六年）正月初一起，朝贺时，皇太极坐在殿正中，两旁设二榻，代善与莽古尔泰各坐一榻，群臣叩拜于殿下。
天聪六年四月，代善随皇太极远征察哈尔，过兴安岭，林丹汗率部众牲畜逃到青海大草滩，出痘病死。金兵转攻归化城，往大同、宣府，出塞，与明沙河堡、张家口、得胜堡议和回师。天聪八年五月，代善又从征明园，出榆林口，至宣府边外，克得胜堡，往马邑，于大同会师返沈。
尽管代善一再退让，但随着天聪汗的势力不断增强，先后幽禁二贝勒阿敏、降三大贝勒莽古尔泰为和硕贝勒（不久即病故），汗权日大，皇太极便对兄长大贝勒代善发动进攻了。天聪九年九月，皇太极下达长谕，列举十余罪状，指责“正红旗固山贝勒等轻肆之处甚多”，宣称要“杜门而居”，叫八旗贝勒、大臣“别举一强有力者为君”。诸贝勒，八固山额真、六部承政遂根据汗之谕旨，集议代善及其子岳讬、萨哈廉、瓦克达之过，议革代善大贝勒和硕贝勒名号，夺十牛录属人，罚银万两，夺萨哈廉二牛录，罚银二千两，罚岳讬银一千两，夺瓦克达在外所属满洲、蒙古、汉人牛录，没其庄田仆役，交与其兄萨哈廉约束。皇太极命免革代善大贝勒、和硕贝勒名号，发还代善、萨哈廉应没的十二牛录余依议。实际上，代善并没有什么大错误，只不过是皇太极要抬高君权、压抑旗主而已，其目的是取消大贝勒与汗并尊的特权，最终废除汗父努尔哈赤确立的八和硕贝勒共治国政的制度。
代善被责以后，更加克制退让，自居臣僚。天聪九年十二月，他偕诸贝勒再三劝进，拥戴皇太极为帝。当天聪汗要诸贝勒立誓以表忠心时，以代善年迈，令其免誓，代善却坚请参与盟誓。他上奏说：
上念臣年老，恐犯誓词以致死亡，然已往之事，臣不载诸誓词，自今以后，若不与诸贝勒同誓，臣且食不下咽坐不安席矣。倘皇上不令臣与议事之列，臣亦何敢违背上命，即不与盟誓可也。若皇上怜臣而仍令居议事之列，臣性顽钝善亡，必出誓词，庶臣心不忘警惕，或可免于皇上之谴责也。
经皇太极同意后，代善对天立誓说：
代善誓告天地，自今以后，若不克守忠贞，殚心竭力，而言与行违，又或如莽古尔泰、德格类谋逆作乱者，天地谴之，俾代善不得令终。若国中子弟，或如莽古尔泰、德格类谋为不轨，代善闻知，不告于皇上者，亦俾代善不得令终。凡与皇上谋议机密重事，出告于妻妾旁人者，天地谴之，亦俾代善不得令终。