明代的生物学著作为数不少。在植物方面的重要著作还有朱橚撰写的《救荒本草》。朱橚是明太祖第五子，封周王。他看到当时黄淮地区灾害频繁，人民以草根树皮为食，甚至误食丧生。为此，他致力于救荒植物的研究，组织收采和整理野生食用植物，于永乐四年（1406）编成《救荒本草》。这是一部从传统本草派生出来、结合食用以救荒为宗旨的植物书。全书分上、下两卷，记载植物四百十四种，分草、木、米谷、果、菜五部，其中有三分之二的植物描述是来自朱橚对植物的直接观察，他用通俗简洁的语言叙述这些植物的产地形态、生境及食用部位和用法。每描述一种植物，都附有精美插图，图的精确程度远胜于以往的本草著作。朱橚在封地河南开封府拥有自己的园圃，这实际上是一座实验植物园。他经常在园子里进行观察和研究，以掌握植物的主要特征，如花的结构、颜色，生长部位，以及果实形态等，并以之作为识别植物的依据。可以说《救荒本草》在植物描述方面具有相当高的水平。此外，书中还记载了一些消除某些食用植物毒性的方法，也很有实际价值。《救荒本草》是中世纪最卓越的本草著作之一，得到了国内外学者的高度评价。在朱橚的影响下，这一时期还出现了周履靖《茹草编》、王磐《野菜谱》、鲍山《野菜博录》等同类著作。
在动物方面，屠本畯著《闽中海错疏》是很有名的。此书写于明万历二十四年（1596）。书中主要记载福建沿海一带水产动物（包括少数淡水种类）二百多种，以海产经济鱼类为主，计有八十多种，其中包括著名的海产品大黄鱼、小黄鱼、带鱼、乌贼、对虾和蟹等，分属于二十目四十科。此外，还有腔肠动物、节肢动物、两栖动物和少数海洋哺乳动物。这部著作根据动物生物学特性，将它们分成许多群，在大群中还有小群，从而体现了彼此的亲缘关系，发展了自然分类体系。此书描述动物的重点是命名、形态、生境、生活习性和经济价值等。这与现在动物志的编写体例十分相似。《闽中海错疏》是我国现存最早的地区性水产动物志。
万历二十四年（1596）张丑（字谦德）著《硃砂鱼谱》。全书分上、下两篇。上篇从十个方面叙述金鱼的形态品种、遗传变异和人工选择；下篇，也从十个方面记载了金鱼的生态习性、繁殖及饲养方法。书中正确指出金鱼的尾、颜色、花纹、躯干，各部形色都不同于普通的鱼，特别是其具有躯干粗短肥壮的特点，并首次记述应用混合选择法培育金鱼新品种。《硃砂鱼谱》是中国古代较早一部阐述观赏金鱼的专著。