司马迁生活于汉武帝时代，按他父亲司马谈的说法，开始还是独尊黄老道家的，这一点从六家要旨可以看出。后来独尊儒术，说明在汉武帝统治的这几十年中产生了这一巨大转变。这可以认为，在汉武帝时代，儒学开始独尊。《史记》中有《孔子世家》、《仲尼弟子列传》和《儒林列传》，分别记载孔子身世、孔子弟子的情况以及孔子以后直至汉代研究儒学的状况。
《孔子世家》详细叙述了孔子的家世以及他的成长过程，东游各国，所遭遇的困难。与诸侯王答对中，讲了一些话，有的就是现在《论语》中的语录。司马迁记述这些内容时，字里行间透露出一种崇拜心理。他在最后说：“《诗》有之：‘高山仰止，景行行止。’虽不能至，然心乡（向）往之。余读孔氏书，想见其为人。适鲁，观仲尼庙堂车服礼器，诸生以时习礼其家，余祗回留之不能去云。天下君王至于贤人众矣，当时则荣，没则已焉。孔子布衣，传十余世，学者宗之。自天子王侯，中国言《六艺》者折中于夫子，可谓至圣矣！”以历代天下君王作为这个布衣的陪衬，可见他的崇拜心情。“至圣”的说法，这也是第一次。从此以后，历代称孔子为圣人、大圣、至圣不断，帽子越来越大越高。有的人看了这些帽子有点眼红，但中国只有这一个最高的圣人，作为中华民族的文化象征，帽子怎么高也不过分。
《仲尼弟子列传》他列了三十五人有年龄的，又列了四十二人无准确年龄的。共七十七人。这也是其他各家所没有的特殊待遇。
《儒林列传》列了孔子最主要的弟子，战国时代的儒家代表人物，直到汉代的经学博士，最后是董仲舒。司马迁听过董仲舒的讲学，他在《史记》中多次提到董仲舒。记载了从孔子到董仲舒的儒学传授过程，以及儒家人物。在《太史公自序》中，有这么一段记载：太史公曰：“余闻董生曰：‘周道衰废，孔子为鲁司寇，诸侯害之，大夫壅之。孔子知言之不用，道之不行也，是非二百四十二年之中，以为天下仪表，贬天子，退诸侯，讨大夫，以达王事而已矣。’子曰：‘我欲载之空言，不如见之于行事之深切著明也。’”“董生”，服虔曰：“仲舒也。”这就是说，司马迁撰写《史记》的指导思想，与董仲舒和孔子的说法有一定的关系。这就是说，司马迁亲聆董仲舒的教诲。
先秦诸子百家，著名的有管子、孙子、老子、墨子、商鞅、庄子、公孙龙子、惠施……诸多名人名家，哪一位学者也没有进入“世家”与诸侯并列，哪一位大师的系列弟子也没有专门列传，研究哪一派的历代学者也没有专门列传，道、墨也称显学，却没有《道林列传》，也没有《墨林列传》。要不是独尊儒术，《史记》的这些写法，就很难解释。
当然，也有学者引述《史记》中的一些说法，证明司马迁是黄老道家的代表人物。如何说明这个矛盾呢？如果前面的现象都是肯定的，那么就是说司马迁既有黄老道家的思想，也有儒家的思想。由于汉代的思潮是先有黄老道家的思想盛行，后有儒家思想的独尊。那么，如果承认司马迁的思想是随着时代的变化而变化的，那么，我们可以推测司马迁开始受到他的父亲的影响，也是受到时代的影响而有黄老道家的思想，后来受到董仲舒等儒家的影响，也是受到时代的影响而有儒家的思想。这就是说，司马迁先有黄老道家的思想，最后归入独尊的儒术。这里有一个转变的过程。这个转变过程，就是独尊儒术开始形成的时期。这就证明汉武帝时代正是独尊儒术产生的时代，汉武帝是独尊儒术的。
独尊儒术的影响：一是奠定中华民族的民族魂，二是增强民族凝聚力，三是稳定了和谐社会，四是巩固了统一大国的局面，五是为世界和平提供一种思想资源。独尊儒术的弊端在于，后儒思想僵化，搞教条主义，或者片面强调仁爱，不重视国防建设而遭外来侵略，宋代国势软弱就反映了这种弊端。任何一种思想一旦僵化，都是会有弊端的。孔子强调“权”的意义也就在这里。多年来，我们在阶级斗争的观念影响下，将所有的统治阶级都作为批判的对象，没有可以歌颂的地方。一概非古而颂今，这与秦代儒生一味颂古而非今正相反，都是走极端，殊途同归，归于错误。现代有些人批评司马迁有“扭曲的国家意识”，“天真的观念”。用现代西方的观念批评两千多年前的大史学家，到底谁更“扭曲”？谁更“天真”？