巨细胞病毒感染的治疗，可应用各种抗病毒制剂如GCV、抗巨细胞病毒的免疫球蛋白制剂、干扰素及转移因子等。但这些药物并不能解决根本问题，往往停药后病毒又潜伏地回升，鉴于此种病毒可能作为艾滋病的病因之一，各国学者均在致力于控制其感染的研究。最近，美国学者研制出两种活疫苗，初试后颇见效。一种是由AD169菌株研制成的;另一种是从TOWn菌株制成的，经非肠道给药后，已明显表现出有抗巨细胞病毒的效能，CMV抗体升高，导致免疫功能增强。

1.抗病毒药物 使症状缓解但不能清除感染。如阿糖胞苷阿糖腺苷以及阿昔洛韦(无环鸟苷)等对HCMV均能起到短暂的抑制作用。

2. 阿昔洛韦衍生物 更昔洛韦(丙氧鸟苷)效果较好。

对先天性感染：可用12mg/(kg·d)连续治疗6周疗法。不良反应有白细胞及血小板下降、肝功能异常，但停药后可迅速恢复正常，偶可致不可逆性无精症。

重症感染者：用7.5～10mg/(kg· d)，分2～3次静滴，14天后继以5mg/(kg·d)维持治疗1～2个月。

3.干扰素 对HCMV的抑制作用效果欠佳，并可能导致抗药性。