孔姓起源有四：
一、出自子姓
黄帝是后世所尊崇的“三皇五帝”之一，相传为远古时期有熊国君之子，因生长于姬水(即岐山，流经今陕西省)，便以姬为姓。后长期居于轩辕之丘(又称寿丘，在今山东曲阜东北)，又称轩辕氏。他登上帝位后，在位百年，历尽艰难，终成大业，实现了中原各原始部落的大一统。他和传说中大约同时期的炎帝一起被后人尊为华夏民族的共同祖先。
黄帝一生有25个儿子，有14位得到了姓氏，像后世的姬、酉、祁、己、膝、箴、任、荀、佶、儇、依等姓，可由此寻到源头。
黄帝之子玄嚣，为己姓，名挚，后采继位为天子，修太昊之法，后人称为少昊氏。玄嚣死后，葬于曲阜的云阳山。玄嚣之孙喾为姬姓，成年后，代颛顼为天子，称为帝喾。他治理部族成绩卓著，和玄嚣都被后世尊为“三皇五帝”之列。
相传黄帝有曾孙帝喾，帝喾夫人名简狄。一次，简狄出外巡游，见一只燕子(玄鸟)掉下一只蛋，就拿来吞下，不久身感有孕，后来便生下商朝始祖契。契是简狄吞食燕子(卵)所生，此后便以“子”为姓。从契14传到商汤，名履字太乙，加姓为子太乙。他有子孙多人，除其中的一人继承了他的王位外，其余的也都成为贵族。在这些人中，有人为了纪念他，便将他的姓氏和名字加在一起，略加变更，成为孔姓。此外，继承他王位的人则世袭为帝王。至商朝灭亡后，商朝末帝纣王的庶兄微子又被周成王分封于宋(今河南商丘南)，继续奉祀商汤香火。
微仲衍生子宋公稽，宋公稽生子丁公申，丁公申生子闵公共，这些人先后在宋君的职位上。传到第四代弗父何时，弗父何将国君之位让给弟弟鲋祀，自己成为宋卿。他是孔子的先祖中身份由公下降到卿的第一个人物，他这种“让贤”的做法当时被认为是“明德”，他在以后的三百年里甚至被视为圣人。孔子同时代的人甚至把弗父何作为孔子的先祖，比如鲁国大夫孟僖子在评论孔子先世时，曾说：“孔丘，圣人之后也，其祖弗父何。”