天聪十年（明崇祯九年，1636）四月初五日，代善偕诸贝勒奏准，十一日举行大典，皇太极即帝位，尊称“宽温仁圣皇帝”，改国号为清，年号崇德。二十三日，皇太极分封兄弟子侄，封代善为“和硕兄礼亲王”、岳讬为和硕成亲王。

代善父子虽占六个和硕亲王之二，而且代善还是惟一的“兄礼亲王”，似乎是深得帝宠，然而实情并非如此，就在册封之后的第五个月，崇德元年八月初十日，皇太极就谕令郑亲王济尔哈朗等集议代善的之子岳讬之过，议定的五条罪状中第一条便涉及代善。尽管这些罪过缺乏根据，难以成立，可是诸王竟将此定为大罪，拟处死岳讬或“监禁籍家”。皇太极下谕，岳讬免死释放，革王爵为多罗贝勒，罚银一千两。

崇德二年六月二十七日，皇太极命追论征朝鲜时诸王大臣违犯军纪之过。法司给代善定了六条罪：违令多收十二名侍卫，诬称系吏部车尔格令其多收，明知多收侍卫而说不知，以戴翎侍卫充当使令下役，违制在朝鲜王京养马，妄遣家丁私往造船处。法司拟议革代善亲王爵，罚银一千两，马匹人丁入官。八旗亲王、郡王、贝勒、贝子遵谕覆议时，亦“如前议奏闻”。这些所谓“罪状”，也是吹毛求疵，牵强附会，根据不足。皇太极召集王公贝勒大臣，当众宣布这些罪状，羞辱以后，“悉宥之”，但却斩杀庇护其主的户部参政恩克。

崇德三年五月十三日，追论三月进攻喀尔喀时代善属下觉善之罪。当时征毕还师，行至宜扎尔，因水草恶劣，众议军马疲乏，“御马二匹亦乏”，欲停一二日再行。觉善说：“如此，何不将御马用轿抬去”。领队的大臣以“其言狂慢”，向刑部报告。本来这是觉善之过，与远在千里之外身居王府的代善没有什么关系，可是，统摄刑部的和硕郑亲王济尔哈朗，却要藉此来株连代善，竟裁断说：先前进攻朝鲜时，宜希达来献马，硬将已经安睡的皇帝请起。恩克被斩之前，为自己、为旗主辩解多收侍卫之过时说“两黄旗亦多报壮丁，私免徭役”。查看册籍，黄旗并未多收。今觉善又“出狂慢之言”，“是和硕礼亲王一旗中有此三大事”，需特别审理。

济尔哈朗遂集八旗王、贝勒、众固山额真、议事大臣和梅勒章京，于笃恭殿会议。王、贝勒、大臣议定：代善“中怀悖乱，有慢上之心，故所属之官屡行无状如此，应削王爵，籍没所属人员”。觉善应处死籍没。

皇太极认为，如此株连千里以外之人，理由不充分，下谕说：

何可以此，罪及礼亲王耶！尔等所议，无乃谓王不悦朕所行政令，故其属下人员中，常有此傲慢事乎？觉善兴安岭外得罪，岂可累及在家之亲王，其免议。觉善无知狂言，亦从宽免罪。

代善此次虽然没有受到惩治，但八旗王公大臣一致议定他有“慢君”、“怨君”之心，宽温仁圣皇帝也赞同此议，断定他不满国政，这就埋下了祸根，随时都可重新搬出来严重惩处。

三个月以后，崇德三年八月十一日，吏部遣官，追缉阿哈廉牛录下潜逃的新满洲。此时，该镶蓝旗、镶黄旗值班，遂遣派镶蓝旗海塞，以镶黄旗无官，金镶白旗满都户代替。随后，吏部认为海塞、满都户懦弱无能，便“选次班”，命正红旗宜希达、镶白旗宜喇尼同往。代善知道此事后，十分生气，遣人质问吏部承政阿拜说：既是别人的班次，为何要差派宜希达。他还当面责备统摄吏部的和硕睿亲王多尔衮：“他人班次，遣我固山人，不亦误乎？”

代善这样行事，并无大错。既然制度规定八旗各派官员轮班办事，就应依次差遣，为什么该镶黄旗值班时，没有值班之人？为什么镶白、镶蓝二旗要以“无能”之海塞、满都护当差？这难道不会贻误军机？显然，镶黄、镶蓝、镶白三旗的固山额真都有失职之过，三旗的旗主也难辞其责，吏部官员办事不公，统摄吏部的睿亲王多尔衮亦应承担疏忽失察的责任。可是，事件本身的是非，是一回事，对这一事件的处理，又是另一回事，二者并不都是一致的，而且更准确地说，往往是是非屈服于实力，权大势强之人常是案件的胜诉者。代善没有想到，他这一据理力争，得罪了三个势力最大之人，一是镶黄旗旗主宽温仁圣皇帝皇太极，二是镶蓝旗旗主、统摄刑部的和硕郑亲王济尔哈朗，三是镶白旗旗主、统摄吏部的和硕睿亲王多尔衮，因此招来了横祸。多尔衮将此事告诉诸王、贝勒、贝子、固山额真、议政大臣，指责代善对君不敬、自作主张、不服从吏部差遣，欲“另有一部”，成为国中之国、君外之君。八旗王公大臣议定，罚代善银五百两，没其属下五牛录，斩宜希达。皇太极以代善“年迈颠倒”为辞，“姑赦其罪”，下令斩杀宜希达。

代善既然被赫赫君汗宣布为“年迈颠倒”因而犯罪之人，当然就不能治国理政统军出征。他只好听从君命，退居林下，不问朝政了。

崇德八年（1643）八月初九日，皇太极突然去世。因其生前没有指定继承人，诸王大臣便商议推立新君。此时，最有可能的继承人有三位，一是皇太极的长子豪格，他有其父拥有的强大的正黄、镶黄二旗作后盾，他自己南征北战二十年，军功卓著，先后荣任和硕贝勒、和硕肃亲王，统摄户部，在八旗王公大臣中享有较高的威望。另一是和硕睿亲王多尔衮，他有自己的正白旗和弟弟多铎的镶白旗，人马不少，又长期受到皇太极的宠待，势力相当强大。再一位就是代善。代善虽已退居幕后数年，但他拥有正红、镶红二旗，曾经统兵出征咤叱风云三十年，为后金——清国的建立与强大，建树了不可抹灭的功勋，在八旗王公中，他资历最老，地位最高，又有硕讬、瓦克达、阿达礼、罗洛浑、满达海等一批封授王公爵位的儿孙，势力也不小。

在议立新君的过程中，两黄旗的主要大臣欲立豪格为帝，两白旗拥戴多尔衮，斗争异常激烈，大有一触即发之势。代善冷静地、明智地处理了这一问题，既不参与皇位的角逐，又不支持多尔衮，也不推举豪格，而赞同多尔衮提出的拥立六龄幼童皇太极的第九子福临继位，并告发己子硕讬、孙阿达礼的非法活动，从而妥善地解决了争夺皇位的问题，避免了大动干戈骨肉相残的悲剧，保持了统治集团的一致，为八个月以后清军进关、入主中原，创造了极为有利的条件。代善为清皇朝又立了一大功。

顺治初年，多尔衮摄政，排斥代善，代善又年事已高，遂在家闲居。顺治五年（1648）十月十一日，代善病卒于北京，享年六十六岁，葬于西山门头村，帝赐祭葬，立碑纪功。康熙十年（1671），追谥为烈。乾隆十九年（1754），入祀盛京贤王祠，四十三年配享太庙。其第七子满达海袭爵，后世袭罔替。