三殿灾，诏求直言。允贞言咎在辅臣，历数赵志皋、张位罪。且曰：“前二臣以二月加恩，逾月两宫灾。今年又加恩，而三殿复灾。天意昭然。”位等力辨，求罢。帝慰留，责允贞边臣不当言朝事，因屡推不用，遂肆狂言，夺俸五月。顷之，允贞疏举遗贤，请召还王家屏、陈有年、沈鲤、李世达、王汝训及小臣史孟麟、张栋、万国钦、马经纶、顾宪成、赵南星、邹元标等，疏留中。以久次，进右副都御史。
二十八年春，疏陈时政缺失，言：“行取诸臣，几经论荐，陛下犹不轻予一官。彼鲁坤、马堂、高淮、陈朝辈，试之何事，举之何人，乃令其衔命横行，生杀予夺，恣出其口。廷臣所陈率国家大计，一皆寝阁，甚者严谴随之。彼报税之徒，悉无赖奸人，乡党不齿，顾乃朝奏夕报，如响应声。臣不解也。胥徒入乡，民间犹扰，况缇骑四出，如虎若狼，家室立破。如吴宝秀、华钰诸人，祸至惨矣，而陛下曾不一念及。钱谷出入，上下相稽，犹多奸弊。敕使手握利权，动逾数万。有司不敢问，抚按不敢闻，岂无吮膏血以自肥者，而陛下曾不一察及。金取于滇，不足不止；珠取于海，不罄不止；锦绮取于吴越，不极奇巧不止。乃元老听其投闲，直臣几于永锢，是陛下之爱贤士，曾不如爱珠玉锦绮也。”疏奏，亦不省。
先是，张忠以开矿至，后孙朝复至榷税，诛求百方，允贞每事裁抑。会忠杖死太平典史武三杰，朝使者逼杀建雄县丞李逢春，允贞疏暴其罪。朝怒，劾允贞抗命沮挠。帝留允贞疏不下，而下朝疏于部院。吏部尚书李戴、都御史温纯等力称允贞贤，请下允贞疏平议。帝并留中。山西军民数千恐允贞去，相率诣阙诉冤，两京言官亦连章论救。帝乃两置不问。明年，忠以夏县知县彭应春抗礼，劾贬之。允贞请留应春，不报。
允贞父已九十余，允贞岁岁乞侍养，章二十上。廷议以敕使害民，非允贞不能制，固留之。其年五月，请益力，始听归。士民为立祠。已，阅视者奏允贞守边劳，即家进兵部右侍郎。寻卒。天启初，追谥介肃。