孕期菌尿可以带来较多的危害。对胎儿来说，可以引起流产、早产、胎儿宫内发育迟缓、呼吸窘迫综合征、先天性畸形等，并增加胎儿死亡的危险性。岁孕妇来说，菌尿还可能与妊娠高血压、贫血等有关。菌尿可引起急性肾盂肾炎，进一步发展会引起感染性休克、急性肾功能减退甚至肾功能衰竭。一旦患有真性菌尿，如果不治疗，60%将会发展成有症状的感染，30%将发展成肾盂肾炎。即使到了产后，仍有30%的患者会再发生菌尿或尿路感染，而怀孕期无菌尿的妇女，其感染的发生率仅为5%。

孕期菌尿一般不易被发觉，患者往往在出现发热、寒战甚至恶心、呕吐等急性肾盂肾炎的全身症状时，才去就医。为此，专家建议，孕妇在怀孕早、中、晚期和产前，应常规作清洁中段尿的细菌培养，以了解有无菌尿存在。