肠道菌群失调宜用培菲康，作用快速持久。
肠易激惹综合征：
主要病因包括肠道动力和功能紊乱，伴结肠发酵不良。
临床运用微生态制剂如丽珠肠乐（双歧杆菌）治疗该病引起的腹痛和肠道功能紊乱。
乳糖吸收不良症：
对于碳水化合物吸收不良的小儿，在急性腹泻期，每日予服食酸奶后症状明显减轻，这与乳糖吸收增加有关。
抗生素相关性腹泻：
临床在使用抗生素过程中，同时服用双歧杆菌三联制剂能有效预防抗生素相关性腹泻、维护和加强肠道微生态平衡。
伪膜性肠炎或食物中毒宜选用米雅BM片辅助治疗。
幽门螺旋杆菌相关疾病：
儿童胃炎、消化性溃疡发病大多数与幽门螺旋杆菌感染有关，治疗过程中加用乳酸杆菌能明显减轻腹泻、恶心等不良反应。
变态反应性疾病：
有报道称，幼年时增加对细菌的接触可能可以预防过敏。近年来应用微生态疗法辅助治疗食物过敏颇受关注。
湿疹患儿口服发酵乳可缓解湿疹症状，口服乳酸杆菌制剂可提高肠道分泌型水平、缓解特异性变态反应。
新生儿坏死性肠炎的治疗和出院后序贯疗法：
对于NEC胃肠道不成熟的患儿，早期运用益生菌在肠道内定植，可减少肠道内毒素的生成和吸收。NEC新生儿出院后补充外源性益生菌有利于提早恢复肠道屏障功能。
促进婴儿期的营养吸收：
1-6岁的小儿服用加有乳酸杆菌的牛乳，可减少消化道感染和合并症的发生。
益生菌的使用原则和注意事项：
1、益生菌本身无致病性，带有耐药质粒的菌株不可作为益生菌制剂。
2、益生菌不被宿主消化吸收，所以不是营养制剂。
3、大多数益生菌不宜与抗生素配伍，不宜与抗生素同时服用，需要间隔2小时左右。
4、益生菌是一种较安全的制剂，但不是万能药，有适用的人群和适应症，具体要根据临床特点和每一种微生态制剂的生物学特性来选择，不应夸大其疗效，扩大适应症。