值得一提是，当时朱棣在得手后曾命著名文学家宋濂弟子、建文朝辅臣侍讲学士方孝孺起草即位诏书。然而其篡位行径毕竟名声不好，因此也引来了许多朝野臣民不满。很有骨气的方孝孺于是便穿麻衣陛见，并上书一个“篡”字，在哀悼惠帝的同时愤怒地大骂朱棣：“万世后，脱不得此字。”矛头直指其篡位手段卑鄙、不得人心。忠贞无二的方正学被缚后仍誓死不从，后来全家九族均遭满门抄斩，并殃及其门生好友，死者多达873人。史称之为“瓜蔓抄”。由于战乱中朱允炆生死未卜（死因至今仍是个谜团），朱棣一方面为防止后患不测，派兵大肆追逮异己、以图斩草除根。一时间南京城内外刀光剑影、血雨腥风，令人惨不忍睹。因此朱棣的内心世界里一直也很不自在；另一方面他又为了迷惑天下臣民耳目，藉以保住业已夺得的皇帝宝座，遂下令恢复被惠帝所改的一切官制成法，以表明其所作所为均在于恢复祖训。1402年6月17日，他率领文武百官出朝阳门而赴明孝陵，隆重祭祀先祖。随后才入主南京皇宫，在奉天殿正式登基。他又亲自撰文在东郊紫金山上立下了这块所谓告慰苍天的石刻，期盼达到感恩怀念先皇父母及谴责朱允炆“削藩”行为，并为自己行为正名之目的。
1777年（乾隆四十三年），有位樵夫在今紫霞湖北侧的钟山顶上发现了此碑，便禀报了清朝当局，此碑后来便被移入南京朝天宫内。然而历尽沧桑变迁300多年，此石刻曾遭遇战乱失踪。为恢复历史本来面目，南京中山陵园管理局1995年8月根据史实记载，在此又予以重建，明成祖告天石刻碑被立于一座四角攒尖顶的亭子中央。碑文则由当代著名书法家洪炜先生用颜体重新书写。本人曾登山多次亲临该石刻处考察，后经中山陵园的工作人员告知：该碑重立后又让不文明无聊之徒给推倒，我对此倍感遗憾。
2005年梅花谷公园建立时，为了增加其间的历史人文遗韵，中山陵园则在梅花山南麓重新建立了告天石刻碑亭（该亭额篆书体仍由洪炜先生题写），成为人们凭古临今的又一个好去处。该石刻全文如下：“燕王告天文：奉大明皇帝圣旨，伏为皇考太祖高皇帝、纰孝慈皇后登遐日远，痛怀丧葬之未亲，崩失年久，益感劬劳之未报。手足且伤于前后，情怀有恸于死生。骨肉相残。几致屏翰之倾替； 腹心构讼，幸兹家国之安全。洪武三十五年朱棣谨述”（洪武三十五年即公元1402年，史称建文四年。但朱棣对此年号不予认可）。当我满怀思古之情伫立于这座曾经血泪斑斑的石刻碑亭前时，不禁浮想联翩、感慨万千：几千年来封建皇权专制枷锁下人的心灵和骨肉亲情，在残酷复杂的朝廷纷争中却显得那样地苍白扭曲、无情无义！