当顺治元年（1644）清兵蜂拥进关夺取全国政权时，沙俄殖民强盗已悄悄窜犯到中国的黑龙江沿岸。先是以瓦西里·波雅科夫为首的一支有一百三十三人的侵略军，于1643年入侵到黑龙江北岸。二年后，又有哈巴洛夫为首的七十余人的远征军，再次入侵中国黑龙江。继哈巴洛夫之后，又有斯杰潘诺夫所率领的三百七十余名侵略军，进一步扩大对中国的侵略。自波雅科夫首次入侵以来，十年中，沙俄派到黑龙江去的不下一千五百余人。这一批批殖民强盗，执行沙俄的扩张政策，完全以掠夺土地、黄金及财物为目的，所到之处，烧杀淫掳，无恶不作。他们从黑龙江上游，窜至中下游，最严重的是，已入侵到松花江与牡丹江会流处。

这时候，清朝正全力进行国内统一战争，但是它对沙俄日益扩大的猖狂进犯不能置之不理，仍然动员当地军民抗击沙俄入侵。顺治十一年、十二年、十五年、十七年，清军曾在松花江口、呼玛尔诸处及古法坛村等地，大败过沙俄强盗。经过清军反复征剿，基本肃清了黑龙江中下游的俄军，但没有彻底根除。沙俄以尼布楚、雅克萨等处为巢穴，筑城盘踞，不时地出没在上游地区。清军之所以未能彻底驱逐沙俄侵略军，主要原因：一是对沙俄入侵的严重性认识尚不足，把沙俄的入侵仅看作是沙俄不法之徒的骚扰。二是力量不足。顺治时，清朝把几乎全部力量用于同农民军余部和南明作战，没有余力反击沙俄的侵略。三是准备不足。黑龙江地处辽远，“饷不继”，多次征剿，皆因粮饷问题，被迫“中道而返，未获翦除”。

康熙帝即位之初，这种情况仍没有根本改变。他亲政后，“即留意”沙俄对黑龙江的侵略，“细访其土地形胜、道路远近及人物性情”，已经为反击沙俄作好了思想准备。当康熙帝开始把注意力转向黑龙江问题时，爆发了吴三桂发动的大规模武装叛乱，他无力北顾，还把黑龙江、宁古塔（今宁安）等地驻防清军南调，甚至“调兵一空”，全力用于平叛。这又给沙俄以可乘之机，继续阴谋扩大和加紧对中国北疆的侵略。他们以策动当地少数民族头人如根特木尔叛逃的手段，来达到他们侵占中国土地的目的。

康熙帝对沙俄采取了和平外交的方针。他从康熙六年起，在十余年间，一次又一次地派遣使臣前往尼布楚交涉，并给沙皇写信，阐述了清朝对中国领土主权的严正立场，呼吁沙俄停止侵略，交还逃人，和平地解决争端。康熙十五年，沙俄使臣尼果赖来华活动，康熙帝再次要求俄方“归还逋逃，严禁罗刹，毋扰边境，许贸易通好”。但是康熙帝的一切和平努力，沙俄根本不予理会，相反，继续扩大侵略活动，又窜至黑龙江中游的精奇里江各处筑室盘踞。

沙俄野蛮无理和侵略行径，使康熙帝无法容忍。他指出：“向者罗刹无故犯边，收我逋逃，后渐越界而来，扰害索伦、赫哲、飞牙喀（又写作费雅喀）、奇勒尔诸地，不遑宁处，剽劫人口，抢掳村庄，攘夺貂皮，肆恶多端。是以屡遣人宣谕，复移文来使，罗刹竟不报命，反深入赫哲、飞牙喀一带，扰害益甚。”从这段话里，可以看出康熙帝对沙俄无端侵略的愤慨心情。为此，康熙帝着手积极备战，加强东北边防。康熙十五年，康熙帝决定把宁古塔将军衙门移至吉林乌喇（今吉林市），倚江畔，“建木为城”。调来新旧满洲八旗兵二千人，徙关内直隶各省的“流人”数千户来此定居，主要任务是建造战船，屯积粮草，并营建水师营， “日习水战，以备老羌（指沙俄）”。康熙帝显然是把吉林作为反击沙俄侵略的战略基地。

康熙二十一年（1681）春，吴三桂叛乱刚刚被镇压下去，康熙帝不畏长途跋涉之苦，亲自“省观”吉林。此行目的，“巡视边疆，远览形胜”，为反击沙俄作政治动员和军事方面的进一步准备。在吉林期间，他还接见了宁古塔将军巴海、副都统萨布素等高级将领，听取他们的报告，直接了解防务和沙俄入侵的最新事态的发展。这次远足巡视，促使康熙帝下决心向沙俄发起反击。

康熙帝一行是在当年五月初返回北京的。他曾同廷臣讨论征剿罗刹的事。“众皆以路远为难”，对反击沙俄持消极态度。康熙帝指出：“征剿罗刹似非甚紧要，而所关甚巨。罗刹扰我黑龙江、松花江一带三十余年，其所窃据距我朝发祥之地甚近，不速加翦除，恐边徼之民不获宁息。”他力排众议，当即做出“征剿”沙俄的战略决策。他先派遣副都统郎坦、彭春等率二百余人的小股部队，前往黑龙江侦察敌情。行前，康熙帝密授机宜：此行以“扑鹿”为名，迷惑沙俄侵略军，使侦察得以顺利进行。其次，要详细考察黑龙江陆路远近，至额苏里水路里数。最重要的是直抵雅克萨城下，“勘其居址形势”。

年底，郎坦等顺利完成侦察任务，向康熙帝报告说：“攻取罗刹甚易，发兵三千足矣。”还不到三十岁的康熙帝，深谋远虑，当即采取如下措施：一、调取乌拉、宁古塔兵一千五百人，并携带红衣大炮、鸟枪等，由宁古塔将军巴海、萨布素率领至黑龙江。二、在瑷珲、呼玛尔两处“建立木城”，与沙俄“对垒”。三、备足军粮，令科尔沁十旗和锡伯、乌拉地区官庄提供一万二千石粮食，足够三千部队三年之用。清军至驻地，即行屯田耕种，再由索伦人接济牛羊。为保证长期粮饷供应不断，康熙帝又指令开辟辽河、松花江与黑龙江的水陆联运。这就从根本上解决了运饷的困难，保证反侵略战争的最后胜利。从长远看，康熙帝的措置对开发东北也有重大意义。

康熙二十四年二月，萨布素提出攻取雅克萨的作战计划：预定四月水陆并进，沙俄不投降即攻城，如攻取不成，则遵旨“毁其田禾以归”。康熙帝批准了这个计划，又任命都统公彭春任统帅，增派副都统班达尔善、马喇及善使水师的建义侯林兴珠等参赞军务。从京师、东北及河北、山东、河南、山西等省调来八旗官兵，另从福建调来藤牌兵四百人，共计兵力近三千人，先集结于瑷珲。康熙帝还考虑到前线与朝廷之间要保持军事畅达而迅速，特指示自齐齐哈尔（墨尔根）至雅克萨之间设立驿站，令杜尔伯特与扎赉特两旗派兵五百和量拨索伦兵分驻各驿站，负责传递军情。在康熙帝的精心筹划下，军事部署已是十分完备。

四月二十八日，彭春、萨布素统率清军自瑷珲水陆并进，目标直取雅克萨。至六月初，胜利的捷报已飞送北京：沙俄遭到沉重打击，被迫出城投降。康熙帝发出新的指示：“雅克萨虽经克取，防御断不可疏，应于何地驻兵弹压，此时即当定议。”经议，清军毁雅克萨城，分别撤至黑龙江城（瑷珲）、墨尔根两处筑城屯种。

清军撤离雅克萨不久，沙俄派遣拜顿率授军已赶到尼布楚。七月初，他汇合托尔布津的残兵败卒共五百余人，再次返回雅克萨据守。康熙二十五年（1686）初，萨布素紧急上奏，二月，康熙帝明令，要“速行扑剿”

根据双方达成的协议，康熙二十八年，双方使臣会于尼布楚谈判边界问题。康熙帝规定划界的原则，说：“朕以为尼布楚、雅克萨、黑龙江上下，及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于鄂罗斯。”清方代表索额图等坚持康熙帝的指示，顽强谈判，屡屡戳穿俄方诡计。康熙帝为促使和平尽快实现，在领土问题上作出让步，终于在七月共同签署了《尼布楚条约》，确定了中俄东北一段的边界线。从此，我国东北地区获得了一百五十余年的和平时期。

反击沙俄侵略，是伟大的民族自卫战争。它自始至终都是在康熙帝筹划和指挥下进行的。他坚持收复失地，不畏强暴，敢于同一个从未交过手的敌人进行战斗，这显示了他的气魄和勇气。