由于怀孕早期受风疹病毒等感染，或吃了四环素等药物，或接触过农药，或受过放射线照射，或受父母近亲结婚等遗传因素影响，小儿先天性畸形种类繁多，有些患儿根本不能成活，胎死宫内，即便生出来也活不了多长时间；有的畸形是当今医学水平根本无法矫正的。但对有些可以矫正的畸形，应尽早地、及时给予矫正。

先天性心脏病

心脏动脉导管未闭，5~6岁做手术较好。若肺动脉高压下出现得早，还可提前。心房间隔缺损、心室间隔缺损的手术4~5岁进行手术较好。比较复杂的联合瓣据孩子的健康情况和承受能力决定。

唇裂与腭裂

目前主张早期手术，多在学龄前进行。若既有唇裂、又有腭裂，比较复杂，手术要分期进行，手术年龄也要向后推迟。

神经系统畸形

如颅裂，脊椎裂和有脊膜膨出应尽早手术，甚至有主张在新生儿期就做。

疝气

如患有腹股沟疝、直疝、脐疝等，手术早晚问题不大，但以学龄前做为宜，因为手术不影响孩子的学习。对于嵌顿疝应一发应，就随时紧急手术，以免造成肠坏死。

隐睾

在服用一些药物如绒毛膜促性腺激素等治疗无效时，应尽早进行手术——睾丸固定术。对于睾丸或粗索鞘膜积液的孩子，在新生儿期及婴儿期有自愈可能，但2岁仍未愈者也应该手术治疗。尿道上裂、尿道下裂的孩子可在3~4岁后进行手术治疗。

四肢畸形

马蹄内翻足在2~3岁后，可进行软组织手术。带蒂的多指可在1~2岁切除，额外的多指可在学龄前期切除；并指（指尖并指），可在稍晚时进行手术；其他部位并指，可在学龄期进行手术。先瑚性髋关节脱位，则治疗越早，效果越好。